More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP1728 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP1728  transcription termination factor Rho  100 
 
 		 438 aa  893    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00025665  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2195  transcription termination factor Rho  95.21 
 
 		 438 aa  858    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.00569958  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2157  transcription termination factor Rho  95.21 
 
 		 438 aa  858    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.894966  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5460  transcription termination factor Rho  67.9 
 
 		 423 aa  569  1e-161  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000364812  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5016  transcription termination factor Rho  67.9 
 
 		 423 aa  570  1e-161  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.88034e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5032  transcription termination factor Rho  67.9 
 
 		 423 aa  570  1e-161  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00629962  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3853  transcription termination factor Rho  67.9 
 
 		 423 aa  568  1e-161  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000371532  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5424  transcription termination factor Rho  67.9 
 
 		 423 aa  570  1e-161  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.80667e-59 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5510  transcription termination factor Rho  67.9 
 
 		 423 aa  569  1e-161  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000155234  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5130  transcription termination factor Rho  67.16 
 
 		 423 aa  566  1e-160  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000119523  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5181  transcription termination factor Rho  67.65 
 
 		 423 aa  567  1e-160  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.21574  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5575  transcription termination factor Rho  67.65 
 
 		 423 aa  567  1e-160  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000155129  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5455  transcription termination factor Rho  67.41 
 
 		 423 aa  567  1e-160  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000522794  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5497  transcription termination factor Rho  67.41 
 
 		 423 aa  567  1e-160  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000613532  unclonable  1.32525e-25 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3329  transcription termination factor Rho  67.9 
 
 		 424 aa  567  1e-160  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000488877  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3439  transcription termination factor Rho  66.11 
 
 		 424 aa  564  1.0000000000000001e-159  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2782  transcription termination factor Rho  61.65 
 
 		 434 aa  523  1e-147  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000423025  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0059  transcription termination factor Rho  63.66 
 
 		 436 aa  508  1e-143  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.121136  hitchhiker  0.0035916 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3174  transcription termination factor Rho  62.22 
 
 		 450 aa  505  9.999999999999999e-143  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000371975  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2875  transcription termination factor Rho  61.23 
 
 		 414 aa  495  1e-139  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000596182  hitchhiker  0.0000000051711 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2408  transcription termination factor Rho  61.73 
 
 		 425 aa  494  1e-139  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000414081  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3377  transcription termination factor Rho  56.59 
 
 		 416 aa  493  9.999999999999999e-139  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000542218  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18010  transcription termination factor Rho  59.71 
 
 		 418 aa  494  9.999999999999999e-139  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000155456  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1339  transcription termination factor Rho  58.8 
 
 		 642 aa  489  1e-137  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3710  transcription termination factor Rho  58.05 
 
 		 445 aa  482  1e-135  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.238599  hitchhiker  0.000000242256 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3222  transcription termination factor Rho  57.56 
 
 		 444 aa  479  1e-134  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.584785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2174  transcription termination factor Rho  62.84 
 
 		 653 aa  479  1e-134  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000672374  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3376  transcription termination factor Rho  62.91 
 
 		 690 aa  477  1e-133  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000138614  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1711  transcription termination factor Rho  56.45 
 
 		 437 aa  472  1e-132  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000145962  normal  0.971448 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3627  transcription termination factor Rho  55.77 
 
 		 420 aa  474  1e-132  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.2483  normal  0.795626 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3808  transcription termination factor Rho  57.18 
 
 		 415 aa  470  1.0000000000000001e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3713  transcription termination factor Rho  57.18 
 
 		 415 aa  470  1.0000000000000001e-131  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000184202  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3229  transcription termination factor Rho  56.63 
 
 		 415 aa  470  1.0000000000000001e-131  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000548676  normal  0.0477745 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1025  transcription termination factor Rho  56.2 
 
 		 415 aa  466  9.999999999999999e-131  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0252595  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0058  transcription termination factor Rho  57.76 
 
 		 458 aa  461  1e-129  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00215813  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2695  transcription termination factor Rho  55.96 
 
 		 415 aa  462  1e-129  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000315458  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4065  transcription termination factor Rho  56.45 
 
 		 415 aa  464  1e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000187673  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1655  transcription termination factor Rho  59.41 
 
 		 498 aa  463  1e-129  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.647483  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2651  transcription termination factor Rho  56.45 
 
 		 415 aa  464  1e-129  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000111099  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2173  transcription termination factor Rho  62.3 
 
 		 492 aa  460  9.999999999999999e-129  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2402  transcription termination factor Rho  58.75 
 
 		 429 aa  459  9.999999999999999e-129  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0089  transcription termination factor Rho  58.8 
 
 		 508 aa  459  9.999999999999999e-129  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000346786  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3108  transcription termination factor Rho  55.47 
 
 		 415 aa  457  1e-127  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1562  transcription termination factor Rho  52.1 
 
 		 449 aa  457  1e-127  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.135636  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1864  transcription termination factor Rho  57.14 
 
 		 496 aa  453  1.0000000000000001e-126  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.462467  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0470  transcription termination factor Rho  56.44 
 
 		 414 aa  454  1.0000000000000001e-126  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000467448  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0391  transcription termination factor Rho  57.21 
 
 		 429 aa  451  1.0000000000000001e-126  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000575661  normal  0.0124015 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0376  transcription termination factor Rho  55.23 
 
 		 415 aa  453  1.0000000000000001e-126  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000395561  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0843  transcription termination factor Rho  54.77 
 
 		 415 aa  454  1.0000000000000001e-126  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000858809  normal  0.0802102 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1215  transcription termination factor Rho  55.21 
 
 		 424 aa  454  1.0000000000000001e-126  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000539864  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0323  transcription termination factor Rho  57.7 
 
 		 429 aa  451  1.0000000000000001e-126  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0180092  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1189  transcription termination factor  54.74 
 
 		 424 aa  451  1e-125  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.000000000172016  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00336  transcription termination factor Rho  53.14 
 
 		 419 aa  448  1e-125  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1756  transcription termination factor Rho  56.1 
 
 		 429 aa  449  1e-125  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.147978  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1252  transcription termination factor Rho  54.72 
 
 		 457 aa  451  1e-125  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.180774  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0393  transcription termination factor Rho  56.72 
 
 		 429 aa  450  1e-125  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.023811  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2055  transcription termination factor Rho  53.14 
 
 		 419 aa  446  1.0000000000000001e-124  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.224008  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002098  transcription termination factor Rho  52.9 
 
 		 419 aa  446  1.0000000000000001e-124  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000734863  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2130  transcription termination factor Rho  51.06 
 
 		 503 aa  447  1.0000000000000001e-124  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00148034  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0427  transcription termination factor Rho  55.16 
 
 		 429 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000196448  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0424  transcription termination factor Rho  55.64 
 
 		 429 aa  445  1.0000000000000001e-124  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.00623615  normal  0.0254414 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2699  transcription termination factor Rho  53.14 
 
 		 419 aa  448  1.0000000000000001e-124  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000370225  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0137  transcription termination factor Rho  54.35 
 
 		 421 aa  446  1.0000000000000001e-124  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000246562  normal  0.597575 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1503  transcription termination factor Rho  52.79 
 
 		 548 aa  444  1e-123  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000037905  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2064  transcription termination factor Rho  53.64 
 
 		 421 aa  444  1e-123  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244754  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1456  transcription termination factor Rho  52.07 
 
 		 431 aa  444  1e-123  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00134709  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2210  transcription termination factor Rho  52.78 
 
 		 418 aa  442  1e-123  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000272927  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0499  transcription termination factor Rho  54.3 
 
 		 497 aa  442  1e-123  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.00000000619502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3619  transcription termination factor Rho  53.51 
 
 		 418 aa  444  1e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1984  transcription termination factor Rho  53.64 
 
 		 418 aa  443  1e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2471  transcription termination factor Rho  58.65 
 
 		 489 aa  444  1e-123  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.94389  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2181  transcription termination factor Rho  59.02 
 
 		 486 aa  444  1e-123  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2184  transcription termination factor Rho  52.78 
 
 		 418 aa  442  1e-123  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.000000392995  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0491  transcription termination factor Rho  52.07 
 
 		 416 aa  444  1e-123  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000212536 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0856  transcription termination factor Rho  53.64 
 
 		 421 aa  444  1e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.447055  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3935  transcription termination factor Rho  58.47 
 
 		 679 aa  439  9.999999999999999e-123  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0176  transcription termination factor Rho  53.38 
 
 		 419 aa  440  9.999999999999999e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0679  transcription termination factor Rho  52.82 
 
 		 439 aa  439  9.999999999999999e-123  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000809271  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09300  transcription termination factor Rho  53.92 
 
 		 638 aa  439  9.999999999999999e-123  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.270012 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0459  transcription termination factor Rho  54.92 
 
 		 429 aa  438  9.999999999999999e-123  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3991  transcription termination factor Rho  52.78 
 
 		 421 aa  439  9.999999999999999e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.800219  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3656  transcription termination factor Rho  53.75 
 
 		 419 aa  439  9.999999999999999e-123  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.04416  normal  0.624434 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4258  transcription termination factor Rho  52.91 
 
 		 421 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.884099 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1103  transcription termination factor Rho  53.19 
 
 		 425 aa  439  9.999999999999999e-123  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0575951  hitchhiker  0.00481193 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1308  transcription termination factor Rho  53.79 
 
 		 420 aa  440  9.999999999999999e-123  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0264  transcription termination factor Rho  59.34 
 
 		 512 aa  439  9.999999999999999e-123  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4223  transcription termination factor Rho  52.9 
 
 		 433 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0343455  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3474  transcription termination factor Rho  51.65 
 
 		 429 aa  439  9.999999999999999e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169204  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3932  transcription termination factor Rho  53.16 
 
 		 421 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.713144  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0638  transcription termination factor Rho  54.03 
 
 		 420 aa  439  9.999999999999999e-123  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0886  transcription termination factor Rho  58.15 
 
 		 605 aa  439  9.999999999999999e-123  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.562598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0677  transcription termination factor Rho  53.06 
 
 		 415 aa  440  9.999999999999999e-123  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.0000000284119  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0481  transcription termination factor Rho  51.57 
 
 		 420 aa  439  9.999999999999999e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4194  transcription termination factor Rho  51.57 
 
 		 419 aa  435  1e-121  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000794569  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4246  transcription termination factor Rho  51.81 
 
 		 419 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4197  transcription termination factor Rho  51.81 
 
 		 419 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4391  transcription termination factor Rho  52.67 
 
 		 421 aa  437  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4128  transcription termination factor Rho  51.81 
 
 		 419 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1344  transcription termination factor Rho  54.25 
 
 		 431 aa  436  1e-121  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.0000288127  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0584  transcription termination factor Rho  51.21 
 
 		 419 aa  437  1e-121  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.290432  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>