More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_2738 on replicon NC_009049
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_2738  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  594  1e-169  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154223  normal  0.240014 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1077  LysR family transcriptional regulator  98.99 
 
 		 296 aa  588  1e-167  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.337774  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2856  LysR family transcriptional regulator  87.97 
 
 		 294 aa  521  1e-147  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.73032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3639  transcriptional regulator, LysR family  63.92 
 
 		 297 aa  385  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3928  transcriptional regulator, LysR family  63.92 
 
 		 297 aa  385  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4101  transcriptional regulator LysR family  62.54 
 
 		 311 aa  383  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0491587  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2900  LysR family transcriptional regulator  63.14 
 
 		 298 aa  376  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3482  LysR family transcriptional regulator  60.82 
 
 		 309 aa  355  6.999999999999999e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.532099 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4916  transcriptional regulator, LysR family  57.44 
 
 		 311 aa  342  5.999999999999999e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.656935  normal  0.431385 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4871  transcriptional regulator, LysR family  57.44 
 
 		 311 aa  342  5.999999999999999e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0284682 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0259  transcriptional regulator, LysR family  57.44 
 
 		 302 aa  339  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4408  LysR substrate-binding  57.44 
 
 		 311 aa  338  5e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3577  LysR family transcriptional regulator  55.67 
 
 		 305 aa  338  8e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.995392 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2350  LysR family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 302 aa  335  5e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0404  transcriptional regulator, LysR family  55.67 
 
 		 299 aa  329  4e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.924897 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3092  LysR family transcriptional regulator  55.67 
 
 		 297 aa  327  1.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2859  LysR family transcriptional regulator  60 
 
 		 290 aa  327  1.0000000000000001e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.691654 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4648  LysR family transcriptional regulator  56.01 
 
 		 297 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0842  LysR family transcriptional regulator  54.86 
 
 		 299 aa  320  9.999999999999999e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.875433  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0626  LysR, substrate-binding  55.33 
 
 		 318 aa  315  5e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0727  LysR family transcriptional regulator  54.98 
 
 		 297 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0802  transcriptional regulator, LysR family  54.98 
 
 		 297 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914807  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0987  LysR family transcriptional regulator  53.95 
 
 		 316 aa  312  4.999999999999999e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2561  LysR family transcriptional regulator  55.48 
 
 		 297 aa  306  4.0000000000000004e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0506375  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4560  LysR family transcriptional regulator  51.55 
 
 		 299 aa  297  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2452  transcriptional regulator, LysR family  44.93 
 
 		 303 aa  252  6e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.842427 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3700  transcriptional regulator, LysR family  42.16 
 
 		 307 aa  221  9e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3778  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 336 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0954002 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3197  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 302 aa  214  1.9999999999999998e-54  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10118  oxidative stress response regulatory protein oxyS  39.6 
 
 		 314 aa  210  3e-53  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4918  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 302 aa  208  1e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2595  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 311 aa  194  1e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4031  LysR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 314 aa  193  4e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.567915  normal  0.632902 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1476  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 300 aa  192  6e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2713  transcriptional regulator, LysR family  36.54 
 
 		 340 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7619  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 340 aa  188  7e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0262862  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1650  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.47658  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4074  transcriptional regulator, LysR family  37.87 
 
 		 308 aa  179  4.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0823  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 316 aa  179  5.999999999999999e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2729  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2387  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 317 aa  168  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1847  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 322 aa  167  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8356  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 351 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2753  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 320 aa  162  4.0000000000000004e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.097787 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0115  transcriptional regulator, LysR family  34.27 
 
 		 313 aa  161  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4130  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 295 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3909  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 295 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1288  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 295 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.442115 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4601  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 295 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180418  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3192  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 268 aa  143  4e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03700  Transcriptional regulator, LysR-family  32.64 
 
 		 296 aa  135  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.207536  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2635  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 298 aa  134  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.136197 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0281  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 295 aa  133  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5919  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 306 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2629  transcriptional regulator, LysR family  34.16 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1712  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 298 aa  130  3e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00729088  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4944  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.85 
 
 		 293 aa  129  6e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000094  Transcriptional regulator, LysR family  30.24 
 
 		 294 aa  129  8.000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2149  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68420  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244196  normal  0.506187 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2355  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 		 300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5405  transcriptional regulator, LysR family  31.47 
 
 		 293 aa  126  5e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  31.45 
 
 		 296 aa  123  3e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  32.34 
 
 		 296 aa  123  5e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.58 
 
 		 295 aa  116  5e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0749  transcriptional regulator, LysR family protein  29.24 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 304 aa  110  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  31.42 
 
 		 299 aa  109  7.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 313 aa  105  1e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3755  LysR substrate-binding  27.34 
 
 		 294 aa  103  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.51 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.51 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 316 aa  103  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  28.26 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.51 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.51 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.51 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 297 aa  102  5e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30 
 
 		 305 aa  103  5e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.11 
 
 		 304 aa  102  5e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 300 aa  102  6e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 319 aa  102  6e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 300 aa  102  7e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 319 aa  102  8e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 319 aa  102  8e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 319 aa  102  8e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 319 aa  102  9e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 319 aa  102  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  28.88 
 
 		 300 aa  101  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 319 aa  101  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 318 aa  101  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  29.96 
 
 		 319 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  30.11 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  29.96 
 
 		 319 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  36.26 
 
 		 319 aa  100  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  29.96 
 
 		 319 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  29.96 
 
 		 319 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>