More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_0958 on replicon NC_009049
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_2283  30S ribosomal protein S4  100 
 
 		 206 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.27424  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0958  30S ribosomal protein S4  100 
 
 		 206 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0208239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2214  30S ribosomal protein S4  97.09 
 
 		 206 aa  417  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4303  30S ribosomal protein S4  86.41 
 
 		 206 aa  381  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0954  30S ribosomal protein S4  87.38 
 
 		 206 aa  381  1e-105  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.86743 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2107  30S ribosomal protein S4  87.86 
 
 		 206 aa  379  1e-104  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2948  30S ribosomal protein S4  85.44 
 
 		 206 aa  377  1e-104  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0134327 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2156  30S ribosomal protein S4  82.93 
 
 		 205 aa  359  1e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.508547 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1947  30S ribosomal protein S4  82.93 
 
 		 205 aa  359  2e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.515321  normal  0.962011 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1514  30S ribosomal protein S4  82.44 
 
 		 205 aa  357  8e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1927  30S ribosomal protein S4  81.95 
 
 		 205 aa  356  9.999999999999999e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0823  30S ribosomal protein S4  80.49 
 
 		 205 aa  353  7.999999999999999e-97  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0830  30S ribosomal protein S4  80.49 
 
 		 205 aa  352  2.9999999999999997e-96  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2396  30S ribosomal protein S4  79.02 
 
 		 205 aa  349  1e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0826  30S ribosomal protein S4  79.02 
 
 		 205 aa  348  2e-95  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0783117  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1270  30S ribosomal protein S4  79.02 
 
 		 205 aa  346  2e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450634  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5388  30S ribosomal protein S4  74.63 
 
 		 205 aa  339  1e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311442  normal  0.936106 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1777  30S ribosomal protein S4  75.12 
 
 		 205 aa  340  1e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0105  30S ribosomal protein S4  76.1 
 
 		 205 aa  338  5e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3699  30S ribosomal protein S4  74.15 
 
 		 205 aa  337  5.9999999999999996e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.658744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4737  30S ribosomal protein S4  75.61 
 
 		 205 aa  336  9.999999999999999e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.231394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5277  30S ribosomal protein S4  75.12 
 
 		 205 aa  336  9.999999999999999e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.9692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1603  30S ribosomal protein S4  73.66 
 
 		 205 aa  336  9.999999999999999e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.176255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5204  30S ribosomal protein S4  75.61 
 
 		 205 aa  336  9.999999999999999e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.795696  normal  0.228879 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1316  30S ribosomal protein S4  74.63 
 
 		 205 aa  336  1.9999999999999998e-91  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2583  30S ribosomal protein S4  74.76 
 
 		 206 aa  336  1.9999999999999998e-91  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.542638  normal  0.610834 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1765  30S ribosomal protein S4  73.66 
 
 		 205 aa  336  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.573109  normal  0.398636 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1644  30S ribosomal protein S4  75.12 
 
 		 205 aa  335  1.9999999999999998e-91  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1740  30S ribosomal protein S4  75.61 
 
 		 205 aa  335  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.31934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4095  30S ribosomal protein S4  76.59 
 
 		 205 aa  335  2.9999999999999997e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3514  30S ribosomal protein S4  76.96 
 
 		 205 aa  333  1e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.512589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1256  30S ribosomal protein S4  74.15 
 
 		 205 aa  331  5e-90  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.966031  normal  0.108405 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0359  30S ribosomal protein S4  74.15 
 
 		 205 aa  330  7.000000000000001e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.193969  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2249  30S ribosomal protein S4  74.15 
 
 		 205 aa  328  3e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0123403  normal  0.0465366 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1016  30S ribosomal protein S4  73.04 
 
 		 205 aa  323  1e-87  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0662506  normal  0.784633 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0664  30S ribosomal protein S4  71.22 
 
 		 204 aa  310  1e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.359087  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1140  30S ribosomal protein S4  70.24 
 
 		 204 aa  306  1.0000000000000001e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.768431  normal  0.840824 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0786  30S ribosomal protein S4  70.73 
 
 		 203 aa  306  1.0000000000000001e-82  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.171275  normal  0.376942 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0416  30S ribosomal protein S4  68.78 
 
 		 205 aa  301  4.0000000000000003e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.338288  normal  0.0195935 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2245  30S ribosomal protein S4  65.37 
 
 		 203 aa  294  5e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.892305  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0701  30S ribosomal protein S4  64.88 
 
 		 204 aa  294  6e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5891  RNA-binding S4 domain protein  70.63 
 
 		 146 aa  214  8e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0388  30S ribosomal protein S4  48.29 
 
 		 204 aa  213  9.999999999999999e-55  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0194  30S ribosomal protein S4  49.49 
 
 		 202 aa  209  3e-53  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0912  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 202 aa  207  7e-53  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0583  ribosomal protein S4  44.61 
 
 		 205 aa  192  3e-48  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  46.34 
 
 		 200 aa  171  6.999999999999999e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0763  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.12 
 
 		 211 aa  170  1e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3327  30S ribosomal protein S4  44.88 
 
 		 200 aa  167  9e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000248743  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  44.88 
 
 		 200 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  44.08 
 
 		 206 aa  165  4e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0868  ribosomal protein S4  45.37 
 
 		 200 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.392716  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4793  30S ribosomal protein S4  43.9 
 
 		 200 aa  162  3e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00592592  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4554  30S ribosomal protein S4  43.9 
 
 		 200 aa  162  3e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000221474  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4389  30S ribosomal protein S4  43.9 
 
 		 200 aa  162  3e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000645812  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4399  30S ribosomal protein S4  43.9 
 
 		 200 aa  162  3e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000278276  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4773  30S ribosomal protein S4  43.9 
 
 		 200 aa  162  3e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4908  30S ribosomal protein S4  43.9 
 
 		 200 aa  162  3e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0786166  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4790  30S ribosomal protein S4  43.9 
 
 		 200 aa  162  3e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781758  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4764  30S ribosomal protein S4  43.9 
 
 		 200 aa  162  3e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0013865  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0871  SSU ribosomal protein S4P  47.12 
 
 		 208 aa  162  3e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000406188  hitchhiker  0.0058792 
 
 
-
 
NC_002950  PG1912  30S ribosomal protein S4  43.9 
 
 		 201 aa  161  8.000000000000001e-39  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0471  30S ribosomal protein S4  43.41 
 
 		 200 aa  160  1e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000100944  hitchhiker  4.8786299999999993e-20 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  45.24 
 
 		 206 aa  160  1e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0206  30S ribosomal protein S4  43.87 
 
 		 208 aa  160  1e-38  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0397  30S ribosomal protein S4  44.29 
 
 		 207 aa  160  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  44.76 
 
 		 206 aa  159  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  44.16 
 
 		 203 aa  159  2e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0405  30S ribosomal protein S4  43.81 
 
 		 207 aa  159  3e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.916178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4485  30S ribosomal protein S4  43.41 
 
 		 200 aa  159  4e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.644744  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  48.09 
 
 		 208 aa  158  4e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0625  30S ribosomal protein S4  43.81 
 
 		 207 aa  158  5e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  45.24 
 
 		 206 aa  158  6e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0058  30S ribosomal protein S4  44.33 
 
 		 208 aa  158  6e-38  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1825  30S ribosomal protein S4  43.65 
 
 		 203 aa  157  8e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3727  30S ribosomal protein S4  44.76 
 
 		 206 aa  156  2e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00253397  hitchhiker  0.00505868 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1775  30S ribosomal protein S4  42.44 
 
 		 200 aa  156  2e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.000000344809  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1810  30S ribosomal protein S4  42.44 
 
 		 200 aa  156  2e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000029578  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0500  30S ribosomal protein S4  42.23 
 
 		 201 aa  156  2e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000917743  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2300  30S ribosomal protein S4  43.81 
 
 		 206 aa  156  2e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50143  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0094  30S ribosomal protein S4  45.32 
 
 		 208 aa  156  2e-37  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0810213  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2880  ribosomal protein S4  43.22 
 
 		 205 aa  156  2e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1752  30S ribosomal protein S4  43.87 
 
 		 208 aa  156  2e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000068654  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1009  30S ribosomal protein S4  43.4 
 
 		 208 aa  156  2e-37  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.262144  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2994  30S ribosomal protein S4  42.86 
 
 		 207 aa  155  3e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.63256 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1172  30S ribosomal protein S4  45.63 
 
 		 201 aa  156  3e-37  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  42.64 
 
 		 203 aa  156  3e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1841  30S ribosomal protein S4  44.5 
 
 		 206 aa  155  4e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.470668  normal  0.674871 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09100  30S ribosomal protein S4  44.76 
 
 		 206 aa  155  4e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.908313 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1973  30S ribosomal protein S4  44.66 
 
 		 203 aa  155  5.0000000000000005e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000312348  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0206  30S ribosomal protein S4  42.64 
 
 		 203 aa  154  6e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000707941  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1943  ribosomal protein S4  45.85 
 
 		 208 aa  155  6e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3272  30S ribosomal protein S4  42.86 
 
 		 207 aa  154  7e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00373853 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2925  30S ribosomal protein S4  42.86 
 
 		 207 aa  154  7e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227191 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0959  30S ribosomal protein S4  41.98 
 
 		 208 aa  154  8e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317804  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3302  30S ribosomal protein S4  41.98 
 
 		 208 aa  154  8e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00160725 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0417  ribosomal protein S4  44.29 
 
 		 206 aa  154  9e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000174636  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03098  hypothetical protein  44.29 
 
 		 206 aa  154  9e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.14617  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3490  30S ribosomal protein S4  44.29 
 
 		 206 aa  154  9e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000164824  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3779  30S ribosomal protein S4  44.29 
 
 		 206 aa  154  9e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0105305  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>