More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2179 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A2179  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
239 aa  488  1e-137  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4539  transcriptional regulator, LuxR family, autoinducer-regulated  46.86 
 
 
254 aa  226  3e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.542388  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4216  regulatory protein, LuxR  48.09 
 
 
254 aa  223  2e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6196  transcriptional regulator, LuxR family  43.33 
 
 
275 aa  199  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6376  transcriptional regulator, LuxR family  42.92 
 
 
258 aa  195  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.888984 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02209  transcriptional regulator AhyR/AsaR family  43.51 
 
 
254 aa  185  5e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0933251  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  31.51 
 
 
253 aa  89.7  4e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
247 aa  75.9  0.0000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
230 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
230 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  30.77 
 
 
230 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  30.77 
 
 
230 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.77 
 
 
230 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  30.77 
 
 
230 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  30.22 
 
 
230 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  29.39 
 
 
234 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.39 
 
 
236 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.39 
 
 
234 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  30.45 
 
 
244 aa  70.9  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  29.07 
 
 
307 aa  70.1  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  28.28 
 
 
228 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  28.28 
 
 
228 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  28.87 
 
 
248 aa  68.2  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  24.63 
 
 
248 aa  67.4  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  32.98 
 
 
213 aa  66.6  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4359  regulatory protein, LuxR  26.97 
 
 
301 aa  66.2  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.63 
 
 
234 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  28.19 
 
 
237 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  30.93 
 
 
228 aa  63.2  0.000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.63 
 
 
238 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.63 
 
 
238 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.63 
 
 
238 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.63 
 
 
238 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.63 
 
 
238 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  27.23 
 
 
235 aa  62.4  0.000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  27.13 
 
 
237 aa  62  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  28.31 
 
 
242 aa  61.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  29.95 
 
 
321 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  29.27 
 
 
235 aa  60.5  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.42 
 
 
394 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  28.51 
 
 
242 aa  60.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  28.88 
 
 
260 aa  59.7  0.00000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
231 aa  59.3  0.00000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2976  LuxR family transcriptional regulator  27.43 
 
 
255 aa  59.3  0.00000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.575225 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.28 
 
 
425 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  28.86 
 
 
235 aa  58.9  0.00000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  26.6 
 
 
247 aa  58.5  0.00000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5194  LuxR family transcriptional regulator  29.15 
 
 
242 aa  58.5  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0139  GAF modulated transcriptional regulator, LuxR family  37.14 
 
 
506 aa  58.2  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0943  transcriptional regulator, LuxR family  28.11 
 
 
242 aa  57.8  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  30.09 
 
 
243 aa  57.8  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2028  LuxR family transcriptional regulator  25.65 
 
 
242 aa  57.4  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  30.09 
 
 
243 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1935  LuxR family transcriptional regulator  33.82 
 
 
254 aa  57  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0226826  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1266  DNA-binding transcriptional activator SdiA  23.72 
 
 
240 aa  57  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00315864  hitchhiker  0.00193945 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3324  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.21 
 
 
219 aa  56.6  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0107044  normal  0.345616 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  29.58 
 
 
240 aa  56.6  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0915  two component LuxR family transcriptional regulator  52.46 
 
 
202 aa  56.6  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.000299753  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1723  DNA-binding transcriptional activator SdiA  24.65 
 
 
240 aa  55.8  0.0000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00781439  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  29.84 
 
 
243 aa  56.2  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2015  DNA-binding transcriptional activator SdiA  24.65 
 
 
240 aa  55.8  0.0000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000284169  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  33.15 
 
 
239 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  27.27 
 
 
254 aa  55.5  0.0000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1730  transcriptional regulator, LuxR family  23.72 
 
 
240 aa  55.5  0.0000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000557622  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4360  transcriptional regulator, LuxR family  45.12 
 
 
381 aa  55.5  0.0000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2690  DNA-binding transcriptional activator SdiA  23.72 
 
 
240 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0029365  normal  0.0383701 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  28 
 
 
237 aa  54.7  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1655  LuxR family transcriptional regulator  24.08 
 
 
245 aa  54.3  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1044  DNA-binding transcriptional activator SdiA  23.26 
 
 
240 aa  54.7  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000369866  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  28 
 
 
237 aa  54.7  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5781  response regulator receiver protein  28.12 
 
 
243 aa  55.1  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305702  hitchhiker  0.00700374 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1547  LuxR family transcriptional regulator  24.08 
 
 
245 aa  54.3  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0127  transcriptional regulator, LuxR family  24.59 
 
 
236 aa  54.7  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  26.7 
 
 
242 aa  54.7  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2150  DNA-binding transcriptional activator SdiA  23.26 
 
 
240 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1715  LuxR family transcriptional regulator  24.08 
 
 
245 aa  54.3  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00270807  hitchhiker  0.000116776 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2485  transcriptional regulator, LuxR family  47.95 
 
 
316 aa  53.9  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  30.04 
 
 
243 aa  53.9  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4558  LuxR family transcriptional regulator  28.42 
 
 
234 aa  54.3  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.534127  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1997  regulatory protein, LuxR  28.91 
 
 
278 aa  54.3  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2311  LuxR family transcriptional regulator  50.88 
 
 
265 aa  53.9  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0906  transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 
208 aa  53.5  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000244022  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0902  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.46 
 
 
208 aa  53.5  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.154451  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0857  two component LuxR family transcriptional regulator  52.46 
 
 
211 aa  53.1  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00237341  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3567  ATP-dependent transcription regulator LuxR  38.1 
 
 
251 aa  53.1  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1032  LuxR family transcriptional regulator  54.39 
 
 
201 aa  53.5  0.000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1442  transcriptional regulator, LuxR family  21.69 
 
 
245 aa  53.5  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3549  regulatory protein, LuxR  27.27 
 
 
255 aa  53.1  0.000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  31.07 
 
 
239 aa  52.8  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0797  transcriptional regulator, LuxR family  24.21 
 
 
240 aa  52.8  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205827  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  32.02 
 
 
239 aa  52.8  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2088  LuxR family transcriptional regulator  47.54 
 
 
77 aa  52.8  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.33427  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  28.96 
 
 
246 aa  52.8  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  32.02 
 
 
239 aa  52.8  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  32.02 
 
 
239 aa  52.8  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1836  transcriptional regulator, LuxR family  22.22 
 
 
245 aa  52.4  0.000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.28867  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  28.7 
 
 
248 aa  52  0.000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2503  DNA-binding transcriptional activator SdiA  25.88 
 
 
240 aa  52  0.000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000339648  normal  0.514976 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0720  LuxR family transcriptional regulator  23.98 
 
 
247 aa  52  0.000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0182  LuxR family transcriptional regulator  23.98 
 
 
247 aa  52  0.000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00268604  hitchhiker  0.00000585836 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>