173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1759 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1759  putative phytoene synthase protein  100 
 
 		 282 aa  553  1e-157  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2279  squalene/phytoene synthase  39.85 
 
 		 292 aa  142  7e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1176  putative phytoene synthase protein  36.72 
 
 		 280 aa  130  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.691183  normal  0.0670648 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3040  putative phytoene synthase  37.41 
 
 		 281 aa  128  1.0000000000000001e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2494  squalene/phytoene synthase  38.87 
 
 		 289 aa  126  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2191  Squalene/phytoene synthase  37.84 
 
 		 289 aa  123  4e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0889  hypothetical protein  38.64 
 
 		 277 aa  122  7e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1498  phytoene synthase protein  34.91 
 
 		 285 aa  122  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_004310  BR0893  hypothetical protein  38.64 
 
 		 277 aa  121  9.999999999999999e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4744  Squalene/phytoene synthase  40.56 
 
 		 298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0251048 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2334  phytoene synthase  32.13 
 
 		 277 aa  119  6e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1696  Squalene/phytoene synthase  35.13 
 
 		 285 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4403  putative phytoene synthase (terpenoid synthase)  34.77 
 
 		 288 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0617477  normal  0.124471 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0526  hypothetical protein  34 
 
 		 286 aa  115  6e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4225  squalene/phytoene synthase  40.16 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0742858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4595  Squalene/phytoene synthase  40.16 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.476412  normal  0.0988127 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4312  squalene/phytoene synthase  38.52 
 
 		 276 aa  111  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1802  squalene/phytoene synthase  34.21 
 
 		 287 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.283074  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1794  squalene/phytoene synthase  34.02 
 
 		 274 aa  109  4.0000000000000004e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0830515  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1004  squalene/phytoene synthase  35.27 
 
 		 295 aa  107  2e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.10193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1766  squalene/phytoene synthase  33.59 
 
 		 286 aa  107  3e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0567631  normal  0.0104629 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2858  Squalene/phytoene synthase  32.82 
 
 		 287 aa  105  9e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0793384 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1894  hypothetical protein  33.46 
 
 		 273 aa  104  1e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1180  phytoene/squalene synthetase-like protein  39.66 
 
 		 236 aa  105  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3169  putative phytoene synthase  34.1 
 
 		 290 aa  101  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2656  phytoene synthase  35.52 
 
 		 270 aa  101  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21364  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2774  phytoene synthase  34.48 
 
 		 288 aa  99.8  5e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.775472  normal  0.713554 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2729  phytoene synthase  32.68 
 
 		 287 aa  94.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.241637  normal  0.249922 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1155  hypothetical protein  44.06 
 
 		 258 aa  93.2  4e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0425779 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1695  hypothetical protein  35.2 
 
 		 256 aa  85.9  7e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.305402  normal  0.0354214 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  28.69 
 
 		 279 aa  85.5  9e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  27.43 
 
 		 277 aa  84.7  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2773  phytoene synthase  37.31 
 
 		 288 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.186675 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  28.29 
 
 		 279 aa  84  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1383  putative phytoene/squalene synthetase  38.98 
 
 		 255 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.0024751  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  27.89 
 
 		 293 aa  84  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  25.49 
 
 		 280 aa  83.6  0.000000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2074  phytoene/squalene synthetase-like protein  39.55 
 
 		 255 aa  83.2  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.14342  normal  0.219879 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  28.29 
 
 		 280 aa  83.2  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  29.26 
 
 		 293 aa  82.4  0.000000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2725  phytoene/squalene synthetase  40.11 
 
 		 255 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.629616  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1962  hypothetical protein  39.02 
 
 		 248 aa  80.5  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.000465234  normal  0.472 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3104  hypothetical protein  38.61 
 
 		 246 aa  78.6  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0665725  normal  0.469934 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  28.33 
 
 		 279 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  25.32 
 
 		 278 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0386  hypothetical protein  31.82 
 
 		 292 aa  77.4  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.200827  normal  0.576494 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  27.78 
 
 		 280 aa  75.5  0.0000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0906  squalene/phytoene synthase  29.18 
 
 		 284 aa  75.5  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0584416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1042  squalene/phytoene synthase  27.1 
 
 		 286 aa  74.7  0.000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.100807  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  25.3 
 
 		 277 aa  72.8  0.000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  26.23 
 
 		 285 aa  72.4  0.000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4061  hypothetical protein  34.58 
 
 		 271 aa  72  0.000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.607101 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  26.61 
 
 		 278 aa  71.6  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  26.76 
 
 		 302 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  27.45 
 
 		 279 aa  70.9  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  28.27 
 
 		 281 aa  67.8  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1944  squalene/phytoene synthase  25.82 
 
 		 276 aa  66.2  0.0000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.134668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  25.63 
 
 		 288 aa  64.7  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0064  squalene-phytoene synthase  28.57 
 
 		 687 aa  60.8  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00043  conserved hypothetical protein  29.34 
 
 		 392 aa  59.7  0.00000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1287  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.34 
 
 		 287 aa  59.3  0.00000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.200444  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1482  phytoene synthase, putative  28.65 
 
 		 307 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.135853  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2502  phytoene synthase, putative  28.65 
 
 		 307 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1975  putative phytoene synthase  28.57 
 
 		 278 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.264351  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3330  putative phytoene synthase  28.57 
 
 		 278 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.10709  n/a   
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_48985  predicted protein  25.4 
 
 		 2198 aa  58.2  0.0000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1248  putative phytoene synthase  28.57 
 
 		 278 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.245345  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  26.29 
 
 		 286 aa  57  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1006  squalene/phytoene synthase  27.62 
 
 		 302 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.109233  normal  0.62289 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  27.27 
 
 		 332 aa  56.6  0.0000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3241  squalene synthase HpnD  26.61 
 
 		 294 aa  55.8  0.0000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154532 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5424  squalene synthase HpnD  26.24 
 
 		 283 aa  55.1  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.766675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0142  phytoene synthase  27.11 
 
 		 337 aa  55.1  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1718  squalene/phytoene synthase  25.86 
 
 		 279 aa  55.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150887  normal  0.105129 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4263  squalene synthase HpnD  28.23 
 
 		 279 aa  54.7  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2098  phytoene synthase, putative  28.02 
 
 		 278 aa  54.3  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.389143  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2303  putative phytoene synthase  25.38 
 
 		 284 aa  54.7  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_5923  predicted protein  29.24 
 
 		 293 aa  54.7  0.000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.918435 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0299  phytoene synthase  26.5 
 
 		 304 aa  53.5  0.000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.791623  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2347  putative phytoene synthase  29.35 
 
 		 280 aa  53.9  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2389  putative phytoene synthase  29.35 
 
 		 280 aa  53.9  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4441  squalene/phytoene synthase  30.9 
 
 		 312 aa  53.9  0.000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.902716 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1548  squalene/phytoene synthase  24.86 
 
 		 293 aa  53.1  0.000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  28.78 
 
 		 298 aa  53.5  0.000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2218  squalene synthase HpnD  29.34 
 
 		 283 aa  53.1  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.674273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1942  squalene synthase HpnD  29.34 
 
 		 283 aa  53.1  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.802248 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  24.88 
 
 		 310 aa  53.1  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  26.04 
 
 		 281 aa  53.1  0.000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2271  squalene/phytoene synthase  24.89 
 
 		 278 aa  51.6  0.00001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.3606  normal  0.152656 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1337  squalene synthase HpnD  27.65 
 
 		 352 aa  51.6  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00058937 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  26.95 
 
 		 289 aa  52  0.00001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6145  squalene/phytoene synthase  28.73 
 
 		 300 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1934  squalene/phytoene synthase  28.73 
 
 		 300 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1958  squalene synthase HpnD  26.47 
 
 		 300 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0340477  normal  0.450684 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5245  squalene/phytoene synthase  28.73 
 
 		 303 aa  51.2  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1833  squalene synthase HpnD  28.74 
 
 		 283 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4149  phytoene synthase  27.98 
 
 		 282 aa  51.2  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.165993  normal  0.461254 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  23.16 
 
 		 268 aa  50.8  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  28.78 
 
 		 310 aa  51.6  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4931  squalene/phytoene synthase  28.65 
 
 		 303 aa  51.2  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.974749  normal  0.56653 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>