More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1386 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_2184  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.39 
 
 
776 aa  667    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.383881 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4667  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  67.45 
 
 
545 aa  685    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.528462  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1589  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  61.37 
 
 
609 aa  640    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1386  DEAD/DEAH box helicase  100 
 
 
677 aa  1345    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0179  DEAD/DEAH box helicase  59.46 
 
 
679 aa  665    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.970165  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0876  DEAD/DEAH box helicase-like  65.05 
 
 
659 aa  662    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3218  DEAD/DEAH box helicase-like  55.85 
 
 
691 aa  649    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2928  DEAD/DEAH box helicase domain protein  66.12 
 
 
545 aa  679    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4525  DEAD/DEAH box helicase domain protein  57.33 
 
 
691 aa  659    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4919  putative DEAD-box cold-shock protein, ATP-independent RNA helicase  59.37 
 
 
656 aa  642    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.730754  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3396  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  63.58 
 
 
583 aa  623  1e-177  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.112042 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0260  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  61.6 
 
 
577 aa  624  1e-177  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.46 
 
 
593 aa  606  9.999999999999999e-173  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.172046 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4450  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.38 
 
 
568 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.181916 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1844  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.64 
 
 
574 aa  601  1e-170  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.360564  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4914  DEAD/DEAH box helicase domain protein  60.19 
 
 
568 aa  600  1e-170  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4964  DEAD/DEAH box helicase domain protein  61.89 
 
 
567 aa  595  1e-168  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.323707  normal  0.0708927 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1119  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.91 
 
 
596 aa  580  1e-164  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.538016 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0900  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.19 
 
 
787 aa  576  1.0000000000000001e-163  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00172468  normal  0.0499652 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1832  DEAD/DEAH box helicase-like protein  53.88 
 
 
610 aa  573  1.0000000000000001e-162  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00214348  normal  0.596692 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0223  DEAD/DEAH box helicase domain protein  70.22 
 
 
505 aa  569  1e-161  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.295607 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2584  DEAD/DEAH box helicase-like  56.65 
 
 
590 aa  571  1e-161  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.780763  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2023  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.35 
 
 
651 aa  566  1e-160  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.995582  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1826  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.54 
 
 
659 aa  558  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00351087 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2871  cold-shock dead-box protein A  48.44 
 
 
673 aa  557  1e-157  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.975529  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0067  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.69 
 
 
626 aa  551  1e-155  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237297  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0120  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  53.96 
 
 
626 aa  543  1e-153  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.352683  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0124  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  53.78 
 
 
626 aa  539  9.999999999999999e-153  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.232236  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0138  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.72 
 
 
644 aa  536  1e-151  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.113541  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0850  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.54 
 
 
730 aa  528  1e-148  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00336665  normal  0.272992 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2913  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.82 
 
 
585 aa  523  1e-147  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.898805  normal  0.138469 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2893  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.59 
 
 
764 aa  521  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0135  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.73 
 
 
793 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.776582  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4366  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.31 
 
 
687 aa  518  1.0000000000000001e-145  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0590  DEAD/DEAH box helicase-like  52.83 
 
 
710 aa  514  1e-144  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00331406 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1574  DEAD/DEAH box helicase-like  50.75 
 
 
706 aa  510  1e-143  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.226882  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3243  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.34 
 
 
565 aa  501  1e-140  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.629149  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3142  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.15 
 
 
565 aa  500  1e-140  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3044  DEAD/DEAH box helicase-like  53.58 
 
 
565 aa  493  9.999999999999999e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1485  ATP-dependent RNA helicase  54.08 
 
 
602 aa  488  1e-136  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16789  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4213  DEAD/DEAH box helicase-like  70.8 
 
 
340 aa  379  1e-104  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.985867  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0508  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.68 
 
 
558 aa  283  5.000000000000001e-75  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000225477  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1725  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.5 
 
 
595 aa  277  4e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3724  ATP-dependent RNA helicase DeaD  34.68 
 
 
664 aa  274  4.0000000000000004e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4001  ATP-dependent RNA helicase DeaD  34.5 
 
 
664 aa  272  1e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3590  ATP-dependent RNA helicase DeaD  34.5 
 
 
664 aa  272  1e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0495  ATP-dependent RNA helicase DeaD  34.5 
 
 
653 aa  266  7e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.148315  normal  0.959969 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0250  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.08 
 
 
643 aa  266  8e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.173354  decreased coverage  0.00154512 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0814  ATP-dependent RNA helicase DeaD  34.37 
 
 
632 aa  266  1e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0212558  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0637  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.84 
 
 
640 aa  265  2e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0583  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.53 
 
 
640 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.53 
 
 
640 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0552  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.53 
 
 
640 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0577  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.44 
 
 
640 aa  263  8.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0430169 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0591  ATP-dependent RNA helicase DeaD  33.83 
 
 
625 aa  262  1e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3818  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.1 
 
 
527 aa  261  2e-68  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00215503  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1182  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.78 
 
 
541 aa  260  5.0000000000000005e-68  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00431867  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.22 
 
 
546 aa  260  5.0000000000000005e-68  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.661924  normal  0.15207 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3459  ATP-dependent RNA helicase DeaD  33.77 
 
 
624 aa  259  8e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.319039  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0456  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.85 
 
 
546 aa  258  2e-67  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.441946  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0368  ATP-independent RNA helicase  35.86 
 
 
561 aa  258  3e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0512  ATP-dependent RNA helicase DeaD  32.01 
 
 
637 aa  258  3e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.782929 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1046  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.5 
 
 
627 aa  256  7e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.835563  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3340  ATP-dependent RNA helicase DeaD  34.09 
 
 
621 aa  256  9e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3317  DEAD/DEAH box helicase-like protein  32.47 
 
 
611 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.289713  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0528  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.42 
 
 
622 aa  254  3e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0531  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.57 
 
 
599 aa  254  3e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1040  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.12 
 
 
550 aa  254  5.000000000000001e-66  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2250  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.42 
 
 
574 aa  254  5.000000000000001e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.460178  normal  0.714612 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.27 
 
 
610 aa  254  5.000000000000001e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00643169 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3424  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.42 
 
 
622 aa  254  5.000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.51 
 
 
619 aa  253  7e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1305  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.29 
 
 
602 aa  253  8.000000000000001e-66  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1118  helicase, C-terminal:DbpA, RNA-binding:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  34.48 
 
 
606 aa  252  1e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.892999  normal  0.51461 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0636  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.35 
 
 
605 aa  252  1e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0593463 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3714  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.12 
 
 
634 aa  252  2e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00250632  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1477  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.6 
 
 
559 aa  251  3e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.682084  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3573  ATP-dependent RNA helicase DeaD  33.4 
 
 
629 aa  251  4e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3467  ATP-dependent RNA helicase DeaD  33.4 
 
 
629 aa  251  4e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3467  ATP-dependent RNA helicase DeaD  33.4 
 
 
629 aa  251  4e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3536  ATP-dependent RNA helicase DeaD  33.4 
 
 
629 aa  250  5e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3635  ATP-dependent RNA helicase DeaD  33.4 
 
 
629 aa  250  7e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4034  ATP-dependent RNA helicase DeaD  31.8 
 
 
623 aa  250  7e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0371  hypothetical protein  30.86 
 
 
656 aa  250  7e-65  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1472  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.52 
 
 
541 aa  250  7e-65  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.000000440496  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09651  putative ATP-dependent RNA helicase  34.06 
 
 
636 aa  250  8e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2815  DEAD/DEAH box helicase  44.67 
 
 
533 aa  249  1e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.386188  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03693  ATP-dependent RNA helicase  31.83 
 
 
589 aa  249  1e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0741  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.88 
 
 
617 aa  249  2e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000324399  unclonable  0.0000000000803743 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0589  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family  34.88 
 
 
617 aa  249  2e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.159875  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28600  DNA/RNA helicase, superfamily II  35.67 
 
 
570 aa  248  2e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.219312 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2106  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.27 
 
 
579 aa  249  2e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.119399  normal  0.0955445 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2144  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.06 
 
 
560 aa  248  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.101709  normal  0.616746 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1921  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.46 
 
 
532 aa  248  3e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000118371  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05480  DEAD/DEAH box helicase domain protein  29.76 
 
 
527 aa  248  3e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.00000000000000471221  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1989  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.85 
 
 
597 aa  248  3e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.805069  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0423  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.08 
 
 
550 aa  248  4e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109819  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1680  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.93 
 
 
677 aa  247  4e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.139881  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4481  ATP-dependent RNA helicase DeaD  33.02 
 
 
629 aa  247  4e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1629  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.06 
 
 
538 aa  247  4.9999999999999997e-64  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.343673  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>