More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3210 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  100 
 
 		 368 aa  719    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  84.27 
 
 		 374 aa  570  1e-161  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  77.11 
 
 		 379 aa  540  9.999999999999999e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  66.24 
 
 		 386 aa  474  1e-132  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  66.24 
 
 		 386 aa  473  1e-132  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  58.95 
 
 		 371 aa  394  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  57.56 
 
 		 368 aa  388  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  57.64 
 
 		 352 aa  387  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  58.12 
 
 		 401 aa  372  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  58.12 
 
 		 402 aa  367  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  56.86 
 
 		 379 aa  366  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  51.72 
 
 		 367 aa  338  7e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  51.21 
 
 		 355 aa  337  1.9999999999999998e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  51.08 
 
 		 355 aa  335  7e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  51.08 
 
 		 355 aa  335  7e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  51.46 
 
 		 354 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  49.33 
 
 		 358 aa  315  7e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  48.9 
 
 		 355 aa  313  1.9999999999999998e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  46.72 
 
 		 362 aa  313  3.9999999999999997e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  50.14 
 
 		 353 aa  307  2.0000000000000002e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  46.5 
 
 		 352 aa  289  7e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  45.36 
 
 		 392 aa  287  2e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  45.36 
 
 		 392 aa  287  2e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  43.86 
 
 		 389 aa  282  6.000000000000001e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  46.38 
 
 		 377 aa  278  1e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  43.78 
 
 		 383 aa  271  1e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  45.97 
 
 		 383 aa  271  2e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  42.82 
 
 		 383 aa  271  2e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  42.67 
 
 		 383 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  42.67 
 
 		 383 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  43.2 
 
 		 383 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  43.68 
 
 		 356 aa  265  1e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  42.17 
 
 		 387 aa  256  3e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  43.79 
 
 		 354 aa  255  8e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  43.79 
 
 		 354 aa  255  8e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  41.73 
 
 		 357 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  41.73 
 
 		 393 aa  253  4.0000000000000004e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  46.58 
 
 		 351 aa  251  2e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  43.68 
 
 		 353 aa  245  9.999999999999999e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  42.21 
 
 		 386 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  41.06 
 
 		 388 aa  232  9e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01789  porin protein  47.1 
 
 		 273 aa  230  3e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  40.2 
 
 		 398 aa  229  4e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5712  porin  43.72 
 
 		 378 aa  229  6e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  41.71 
 
 		 387 aa  228  9e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  40.73 
 
 		 367 aa  227  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4547  outer membrane porin signal peptide protein  40.41 
 
 		 385 aa  225  8e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000157102  normal  0.308815 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  42.86 
 
 		 367 aa  225  8e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  40.69 
 
 		 387 aa  223  3e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  40.69 
 
 		 363 aa  223  6e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  40 
 
 		 391 aa  221  9.999999999999999e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  39.73 
 
 		 386 aa  220  3e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  39.69 
 
 		 361 aa  220  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  41.55 
 
 		 353 aa  216  5e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  40.53 
 
 		 449 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  39.58 
 
 		 354 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  40.53 
 
 		 363 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  40.53 
 
 		 363 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  40.27 
 
 		 363 aa  211  2e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  40.27 
 
 		 363 aa  211  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  40.27 
 
 		 363 aa  211  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  37.89 
 
 		 358 aa  211  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  39.78 
 
 		 363 aa  209  8e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  39.47 
 
 		 363 aa  208  1e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  39.56 
 
 		 363 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4768  porin  41.1 
 
 		 384 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0225  outer membrane protein (porin)  40.7 
 
 		 383 aa  202  6e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.436147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  39.23 
 
 		 392 aa  202  7e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3276  porin  38.95 
 
 		 363 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0390165  normal  0.139851 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4125  porin  38.67 
 
 		 363 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4241  porin  38.67 
 
 		 363 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0294588  normal  0.0402554 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5311  porin  40 
 
 		 386 aa  197  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  38.4 
 
 		 365 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3860  putative outer membrane porin signal peptide protein  38.15 
 
 		 384 aa  196  6e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.087708  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  36.41 
 
 		 379 aa  196  6e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3342  porin  39 
 
 		 386 aa  192  6e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592431 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3144  porin  38.3 
 
 		 362 aa  192  9e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5031  porin  36.79 
 
 		 357 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  37.77 
 
 		 350 aa  192  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3704  outer membrane porin  37.53 
 
 		 363 aa  190  2.9999999999999997e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0181941 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  36.91 
 
 		 413 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  37.7 
 
 		 364 aa  186  4e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  35.57 
 
 		 378 aa  186  6e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3345  outer membrane porin, putative  35.66 
 
 		 377 aa  186  7e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2079  porin  35.66 
 
 		 377 aa  186  7e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3333  porin  35.66 
 
 		 377 aa  186  7e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3014  porin  35.66 
 
 		 377 aa  186  7e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0484  outer membrane porin protein precursor  35.66 
 
 		 377 aa  185  9e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0302  outer membrane porin  35.66 
 
 		 377 aa  185  9e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0289  outer membrane porin  35.41 
 
 		 377 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05376  porin signal peptide protein  37.04 
 
 		 368 aa  184  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0326647 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3567  porin  37.76 
 
 		 363 aa  184  3e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  35.86 
 
 		 363 aa  182  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5230  outer membrane protein, (porin)  37.02 
 
 		 348 aa  182  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.430005 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5955  porin Gram-negative type  37.47 
 
 		 384 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.144043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5510  porin  36.71 
 
 		 372 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913776  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3080  porin Gram-negative type  36.65 
 
 		 381 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2846  outer membrane protein (porin)  36.56 
 
 		 383 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.42536 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4171  porin  38.79 
 
 		 381 aa  177  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.315389  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1722  outer membrane protein (porin)  38.91 
 
 		 357 aa  177  4e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0914033  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>