More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4445 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3807  acetoin dehydrogenase (TPP-dependent) beta chain  91.43 
 
 		 350 aa  658    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4445  Transketolase central region  100 
 
 		 350 aa  708    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0706  pyruvate dehydrogenase E1 component beta subunit  56.9 
 
 		 353 aa  404  1.0000000000000001e-112  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0810  putative pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) E1 component, beta subunit  56.9 
 
 		 353 aa  404  1e-111  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3449  Transketolase domain protein  45.77 
 
 		 346 aa  285  8e-76  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1025  transketolase, central region  46.15 
 
 		 333 aa  263  3e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0434386  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1028  transketolase, central region  45.59 
 
 		 333 aa  263  3e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1475  transketolase, central region  39.38 
 
 		 325 aa  247  2e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0344  acetoin:DCPIP oxidoreductase beta subunit  42.3 
 
 		 337 aa  246  3e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1039  transketolase, central region  44.27 
 
 		 324 aa  246  6e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0489701  normal  0.0714055 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2404  transketolase, central region  43.94 
 
 		 339 aa  245  6e-64  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.232287  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0936  acetoin catabolism protein AcoB  43.54 
 
 		 339 aa  245  8e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2251  Transketolase central region  40.99 
 
 		 328 aa  243  3e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00217042  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0672  Transketolase central region  38.75 
 
 		 325 aa  243  3e-63  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0593  transketolase, central region  42.86 
 
 		 340 aa  243  3e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.90523  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0028  Transketolase central region  40.56 
 
 		 327 aa  243  5e-63  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3771  Transketolase central region  40.56 
 
 		 327 aa  243  5e-63  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0599  transketolase central region  42.55 
 
 		 340 aa  242  6e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.315571  normal  0.029192 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0349  transketolase, central region  41.23 
 
 		 330 aa  242  6e-63  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0164413  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0554  acetoin dehydrogenase, beta subunit  42.55 
 
 		 340 aa  241  9e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.246222  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2803  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  42.22 
 
 		 344 aa  241  1e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.475124  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2824  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  42.22 
 
 		 344 aa  241  1e-62  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.464105  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2504  acetoin dehydrogenase (TPP-dependent) E1 component beta subunit  42.22 
 
 		 344 aa  241  1e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21360  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  41.46 
 
 		 348 aa  241  1e-62  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.578744 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2779  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  42.22 
 
 		 344 aa  241  1e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0388974 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2587  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  42.22 
 
 		 344 aa  241  2e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.296385  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2577  transketolase central region  42.22 
 
 		 344 aa  241  2e-62  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000747615  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2775  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  42.22 
 
 		 344 aa  241  2e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1973  Transketolase central region  40.81 
 
 		 328 aa  241  2e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13273  dihydrolipoamide acetyltransferase  37.5 
 
 		 325 aa  241  2e-62  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2538  acetoin dehydrogenase (TPP-dependent) E1 component beta subunit  41.92 
 
 		 344 aa  240  2.9999999999999997e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2062  Transketolase domain protein  42.27 
 
 		 327 aa  239  4e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.258257  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2436  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  42.95 
 
 		 328 aa  239  5e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287851  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0589  transketolase, central region  44.22 
 
 		 331 aa  239  5e-62  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154165  normal  0.609901 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41740  acetoin:2,6-dichlorophenolindophenol oxidoreductase beta subunit AcoB  41.39 
 
 		 339 aa  239  5.999999999999999e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0225699  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4635  transketolase central region  40.31 
 
 		 332 aa  238  8e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2364  Transketolase central region  42.5 
 
 		 324 aa  238  9e-62  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.177506  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2811  pyruvate dehydrogenase subunit beta  41.58 
 
 		 469 aa  238  9e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.344502  normal  0.77685 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2509  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  41.62 
 
 		 344 aa  238  9e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.398705 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2229  transketolase, central region  46.6 
 
 		 335 aa  238  1e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2784  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  41.62 
 
 		 344 aa  237  2e-61  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4116  transketolase central region  44.9 
 
 		 332 aa  237  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1776  transketolase, central region  43.38 
 
 		 334 aa  237  2e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.174657  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2032  transketolase, central region  41.59 
 
 		 320 aa  236  3e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3770  transketolase, central region  41.46 
 
 		 347 aa  236  3e-61  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.354561  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0091  Transketolase central region  41.06 
 
 		 324 aa  236  4e-61  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10250  acetoin catabolism protein AcoB  43.84 
 
 		 339 aa  236  6e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3038  transketolase central region  39.56 
 
 		 325 aa  235  8e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4462  pyruvate dehydrogenase subunit beta  40.06 
 
 		 459 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.150502 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2753  transketolase, central region  40.82 
 
 		 328 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2770  pyruvate dehydrogenase subunit beta  40.92 
 
 		 467 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0318  transketolase, central region  44.27 
 
 		 336 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.726078  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1616  Transketolase central region  41.12 
 
 		 332 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0824016 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1797  pyruvate dehydrogenase subunit beta  41.83 
 
 		 463 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.211938  hitchhiker  0.000618352 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1491  transketolase  37.65 
 
 		 327 aa  233  5e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2416  transketolase, central region  43.34 
 
 		 327 aa  233  5e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488652 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1077  pyruvate dehydrogenase subunit beta  40.19 
 
 		 465 aa  233  5e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.406758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0583  Transketolase central region  41.57 
 
 		 344 aa  232  6e-60  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.968763 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2060  pyruvate dehydrogenase subunit beta  40.75 
 
 		 465 aa  232  7.000000000000001e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.546434  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1397  Transketolase central region  38.87 
 
 		 327 aa  231  1e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.684408  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4540  transketolase central region  37.96 
 
 		 327 aa  230  2e-59  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.362287  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0449  transketolase domain-containing protein  44.53 
 
 		 325 aa  231  2e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.94075  normal  0.765018 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3062  transketolase central region  41.98 
 
 		 327 aa  230  3e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1750  transketolase central region  40.55 
 
 		 348 aa  230  3e-59  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2490  pyruvate dehydrogenase subunit beta  40.59 
 
 		 465 aa  230  3e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.423706 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0912  transketolase, central region  40.3 
 
 		 341 aa  229  4e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.139539  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4178  Transketolase central region  36.99 
 
 		 328 aa  229  5e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.008867 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0094  Transketolase central region  41.3 
 
 		 328 aa  229  7e-59  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0535  pyruvate dehydrogenase subunit beta  39.56 
 
 		 454 aa  228  8e-59  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3015  pyruvate dehydrogenase subunit beta  41.12 
 
 		 482 aa  228  9e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.259687 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1093  pyruvate dehydrogenase subunit beta  39.13 
 
 		 464 aa  228  1e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.584062  normal  0.0239853 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5078  Transketolase central region  43.89 
 
 		 322 aa  228  1e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.344366 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1303  pyruvate dehydrogenase (lipoamide)  39.56 
 
 		 329 aa  228  1e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.456191  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3730  Transketolase central region  42.86 
 
 		 340 aa  228  1e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.98943 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2811  Transketolase central region  39.56 
 
 		 326 aa  228  1e-58  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5897  pyruvate dehydrogenase subunit beta  40.59 
 
 		 497 aa  227  2e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.128447  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1128  pyruvate dehydrogenase subunit beta  40.13 
 
 		 461 aa  227  2e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.997621  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2820  pyruvate dehydrogenase subunit beta  40.59 
 
 		 449 aa  228  2e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2159  pyruvate dehydrogenase subunit beta  39.44 
 
 		 451 aa  227  2e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.881738  normal  0.475194 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1088  Transketolase central region  39.69 
 
 		 338 aa  227  2e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.589015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2787  pyruvate dehydrogenase subunit beta  40.79 
 
 		 469 aa  227  2e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0953  Transketolase central region  42.81 
 
 		 325 aa  228  2e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2910  pyruvate dehydrogenase subunit beta  39.87 
 
 		 483 aa  227  3e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1862  transketolase central region  43.38 
 
 		 334 aa  227  3e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0703587  hitchhiker  0.00590609 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6241  transketolase, central region  43.38 
 
 		 334 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1838  transketolase, central region  43.38 
 
 		 334 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.267827  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1267  transketolase, central region  41.8 
 
 		 328 aa  226  5.0000000000000005e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0989  pyruvate dehydrogenase subunit beta  40.26 
 
 		 480 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.114856  normal  0.908498 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1078  pyruvate dehydrogenase subunit beta  39.08 
 
 		 458 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00798693  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2269  transketolase, central region  45.14 
 
 		 336 aa  226  5.0000000000000005e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1833  Transketolase central region  42.12 
 
 		 325 aa  226  6e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0651  hypothetical protein  36.25 
 
 		 325 aa  225  9e-58  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.208884 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3050  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  40.67 
 
 		 331 aa  225  9e-58  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3140  pyruvate dehydrogenase subunit beta  39.13 
 
 		 467 aa  225  9e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324911 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6516  pyruvate dehydrogenase subunit beta  39.93 
 
 		 480 aa  225  1e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5551  transketolase, central region:transketolase, C-terminal  42.46 
 
 		 338 aa  224  1e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.198983  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3966  transketolase  41.34 
 
 		 346 aa  224  1e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4082  Transketolase central region  42.52 
 
 		 335 aa  224  2e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.264112 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4049  pyruvate dehydrogenase subunit beta  38.51 
 
 		 463 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0911544  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3502  Transketolase central region  41.9 
 
 		 342 aa  224  2e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.257276  normal  0.0335061 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>