More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2159 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_2910  pyruvate dehydrogenase subunit beta  66.32 
 
 		 483 aa  644    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0989  pyruvate dehydrogenase subunit beta  66.67 
 
 		 480 aa  637    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.114856  normal  0.908498 
 
 
-
 
NC_004310  BR1128  pyruvate dehydrogenase subunit beta  69.06 
 
 		 461 aa  647    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.997621  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4462  pyruvate dehydrogenase subunit beta  68.04 
 
 		 459 aa  642    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.150502 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3015  pyruvate dehydrogenase subunit beta  66.67 
 
 		 482 aa  638    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.259687 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1604  pyruvate dehydrogenase subunit beta  68.39 
 
 		 461 aa  655    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00806914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1148  pyruvate dehydrogenase subunit beta  76.82 
 
 		 463 aa  735    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.236454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4049  pyruvate dehydrogenase subunit beta  76.82 
 
 		 463 aa  735    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0911544  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3890  pyruvate dehydrogenase subunit beta  69.37 
 
 		 456 aa  634    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.440755  normal  0.418556 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0520  pyruvate dehydrogenase subunit beta  70.59 
 
 		 460 aa  653    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5897  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.79 
 
 		 497 aa  644    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.128447  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1690  pyruvate dehydrogenase subunit beta  76.72 
 
 		 464 aa  712    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.872037 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1750  pyruvate dehydrogenase subunit beta  67.37 
 
 		 474 aa  639    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1797  pyruvate dehydrogenase subunit beta  67.82 
 
 		 463 aa  637    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.211938  hitchhiker  0.000618352 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1078  pyruvate dehydrogenase subunit beta  76.86 
 
 		 458 aa  705    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00798693  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1077  pyruvate dehydrogenase subunit beta  68.17 
 
 		 465 aa  646    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.406758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2060  pyruvate dehydrogenase subunit beta  70.75 
 
 		 465 aa  671    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.546434  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1629  pyruvate dehydrogenase subunit beta  70.11 
 
 		 466 aa  654    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.407235  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1093  pyruvate dehydrogenase subunit beta  76.66 
 
 		 464 aa  726    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.584062  normal  0.0239853 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2159  pyruvate dehydrogenase subunit beta  100 
 
 		 451 aa  919    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.881738  normal  0.475194 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3891  pyruvate dehydrogenase subunit beta  74.57 
 
 		 456 aa  670    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0362581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6516  pyruvate dehydrogenase subunit beta  69.17 
 
 		 480 aa  665    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2811  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.74 
 
 		 469 aa  631  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.344502  normal  0.77685 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0535  pyruvate dehydrogenase subunit beta  67.55 
 
 		 454 aa  632  1e-180  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1086  pyruvate dehydrogenase subunit beta  68.39 
 
 		 448 aa  627  1e-178  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2770  pyruvate dehydrogenase subunit beta  66.03 
 
 		 467 aa  625  1e-178  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1506  pyruvate dehydrogenase subunit beta  70.96 
 
 		 458 aa  622  1e-177  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.100072  normal  0.335973 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2114  pyruvate dehydrogenase subunit beta  66.88 
 
 		 461 aa  620  1e-176  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.518252  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3208  pyruvate dehydrogenase subunit beta  67.02 
 
 		 469 aa  616  1e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.410078  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1817  pyruvate dehydrogenase subunit beta  66.31 
 
 		 465 aa  617  1e-175  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.416682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3140  pyruvate dehydrogenase subunit beta  63.5 
 
 		 467 aa  615  1e-175  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324911 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2787  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.53 
 
 		 469 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5153  pyruvate dehydrogenase subunit beta  67.11 
 
 		 456 aa  609  1e-173  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.467221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1880  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.11 
 
 		 468 aa  608  1e-173  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2490  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.59 
 
 		 465 aa  610  1e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.423706 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1225  pyruvate dehydrogenase subunit beta  64.52 
 
 		 466 aa  594  1e-168  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.541326 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2820  pyruvate dehydrogenase subunit beta  66.3 
 
 		 449 aa  571  1.0000000000000001e-162  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1418  pyruvate dehydrogenase subunit beta  64.98 
 
 		 456 aa  573  1.0000000000000001e-162  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000135962 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0526  pyruvate dehydrogenase subunit beta  64.76 
 
 		 466 aa  567  1e-160  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.190561 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1909  pyruvate dehydrogenase subunit beta  64.15 
 
 		 461 aa  555  1e-157  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0434985  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0162  pyruvate dehydrogenase subunit beta  63.45 
 
 		 448 aa  539  9.999999999999999e-153  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00341074 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2759  pyruvate dehydrogenase subunit beta  63.58 
 
 		 454 aa  536  1e-151  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.884776  hitchhiker  0.000123714 
 
 
-
 
NC_002978  WD0473  pyruvate dehydrogenase subunit beta  68.18 
 
 		 332 aa  475  1e-133  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.867083  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0098  pyruvate dehydrogenase subunit beta  67.78 
 
 		 332 aa  466  9.999999999999999e-131  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0149  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.96 
 
 		 332 aa  462  1e-129  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0746  pyruvate dehydrogenase subunit beta  62.69 
 
 		 332 aa  429  1e-119  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.339264  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_12625  predicted protein  61.66 
 
 		 327 aa  418  9.999999999999999e-116  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.549131  normal  0.616561 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_68238  pyruvate dehydrogenase E1 component, beta subunit (PDH)  60.55 
 
 		 389 aa  406  1.0000000000000001e-112  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.36203  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5165  Transketolase central region  57.98 
 
 		 326 aa  401  9.999999999999999e-111  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4178  Transketolase central region  58.9 
 
 		 328 aa  399  9.999999999999999e-111  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.008867 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3509  Transketolase central region  60.24 
 
 		 326 aa  400  9.999999999999999e-111  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09403  pyruvate dehydrogenase E1 component, beta subunit (Eurofung)  58.9 
 
 		 375 aa  396  1e-109  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0439392 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_20183  precursor of dehydrogenase pyruvate dehydrogenase E1 component beta subunit  57.45 
 
 		 360 aa  397  1e-109  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0651  hypothetical protein  57.36 
 
 		 325 aa  392  1e-108  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.208884 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2680  pyruvate dehydrogenase E1 component  57.67 
 
 		 326 aa  390  1e-107  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6441  Transketolase central region  59.08 
 
 		 327 aa  387  1e-106  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.818323 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1397  Transketolase central region  57.85 
 
 		 327 aa  387  1e-106  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.684408  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0672  Transketolase central region  58.59 
 
 		 325 aa  385  1e-106  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL05600  pyruvate dehydrogenase e1 component beta subunit, mitochondrial precursor, putative  54.62 
 
 		 394 aa  385  1e-105  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3707  Transketolase central region  57.98 
 
 		 327 aa  377  1e-103  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13273  dihydrolipoamide acetyltransferase  56.75 
 
 		 325 aa  374  1e-102  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1475  transketolase, central region  56.13 
 
 		 325 aa  375  1e-102  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0091  Transketolase central region  54.8 
 
 		 324 aa  368  1e-100  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2753  transketolase, central region  50.77 
 
 		 328 aa  337  2.9999999999999997e-91  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2436  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  51.24 
 
 		 328 aa  336  5.999999999999999e-91  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287851  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1616  Transketolase central region  50.15 
 
 		 332 aa  335  1e-90  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0824016 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2324  transketolase, central region  50.15 
 
 		 330 aa  331  2e-89  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0517  pyruvate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  49.85 
 
 		 328 aa  328  1.0000000000000001e-88  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0589  transketolase, central region  51.08 
 
 		 331 aa  320  1.9999999999999998e-86  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154165  normal  0.609901 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3771  Transketolase central region  49.85 
 
 		 327 aa  320  3e-86  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0028  Transketolase central region  49.85 
 
 		 327 aa  320  3e-86  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2251  Transketolase central region  48.6 
 
 		 328 aa  320  3.9999999999999996e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00217042  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5215  Transketolase central region  50.79 
 
 		 343 aa  320  5e-86  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2846  transketolase central region  50.31 
 
 		 325 aa  318  1e-85  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00429271  normal  0.065717 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1973  Transketolase central region  48.29 
 
 		 328 aa  317  3e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4635  transketolase central region  50.15 
 
 		 332 aa  315  8e-85  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1267  transketolase, central region  51.08 
 
 		 328 aa  310  2e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4805  Transketolase central region  47.72 
 
 		 337 aa  305  1.0000000000000001e-81  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2176  pyruvate dehydrogenase complex, E1 beta2 component  45.96 
 
 		 327 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.70271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1727  transketolase, central region  46.27 
 
 		 322 aa  302  7.000000000000001e-81  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.35739  normal  0.316381 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3050  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  50.15 
 
 		 331 aa  301  2e-80  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2012  transketolase central region  45.65 
 
 		 322 aa  300  4e-80  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0679386  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2364  Transketolase central region  47.37 
 
 		 324 aa  299  8e-80  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.177506  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0929  pyruvate dehydrogenase complex, E1 component, pyruvate dehydrogenase beta subunit  46.44 
 
 		 324 aa  298  1e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1610  transketolase, central region  46.18 
 
 		 333 aa  296  5e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.120355  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1092  transketolase, central region  45.68 
 
 		 325 aa  296  6e-79  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1109  transketolase, central region  45.68 
 
 		 325 aa  296  6e-79  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1120  transketolase, central region  45.68 
 
 		 325 aa  296  6e-79  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18840  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  50.15 
 
 		 356 aa  295  1e-78  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.383381 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4540  transketolase central region  44.76 
 
 		 327 aa  290  4e-77  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.362287  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0879  acetoin dehydrogenase, thymine PPi dependent, E1 component, beta subunit  47.11 
 
 		 332 aa  290  5.0000000000000004e-77  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7030  transketolase central region  47.2 
 
 		 324 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.520255  normal  0.858404 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1409  transketolase, central region  47.96 
 
 		 325 aa  285  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831703 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0763  transketolase, central region  46.86 
 
 		 330 aa  284  2.0000000000000002e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0780624  normal  0.62016 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4116  transketolase central region  48.39 
 
 		 332 aa  284  3.0000000000000004e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0143  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex dehydrogenase (E1) component  45.19 
 
 		 326 aa  283  5.000000000000001e-75  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2032  transketolase, central region  44.69 
 
 		 320 aa  283  5.000000000000001e-75  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5126  Transketolase central region  42.02 
 
 		 327 aa  281  1e-74  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2062  Transketolase domain protein  45.09 
 
 		 327 aa  281  2e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.258257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1035  acetoin dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  46.2 
 
 		 337 aa  279  7e-74  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>