More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1077 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_0989  pyruvate dehydrogenase subunit beta  71.88 
 
 		 480 aa  682    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.114856  normal  0.908498 
 
 
-
 
NC_004310  BR1128  pyruvate dehydrogenase subunit beta  83.62 
 
 		 461 aa  770    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.997621  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5897  pyruvate dehydrogenase subunit beta  70.2 
 
 		 497 aa  691    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.128447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1086  pyruvate dehydrogenase subunit beta  83.15 
 
 		 448 aa  743    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2787  pyruvate dehydrogenase subunit beta  70.21 
 
 		 469 aa  653    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2114  pyruvate dehydrogenase subunit beta  81.51 
 
 		 461 aa  744    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.518252  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4462  pyruvate dehydrogenase subunit beta  72.98 
 
 		 459 aa  684    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.150502 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1093  pyruvate dehydrogenase subunit beta  72.07 
 
 		 464 aa  670    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.584062  normal  0.0239853 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1148  pyruvate dehydrogenase subunit beta  70.58 
 
 		 463 aa  668    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.236454  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1797  pyruvate dehydrogenase subunit beta  84.73 
 
 		 463 aa  773    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.211938  hitchhiker  0.000618352 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6516  pyruvate dehydrogenase subunit beta  74.38 
 
 		 480 aa  699    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2159  pyruvate dehydrogenase subunit beta  69.25 
 
 		 451 aa  657    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.881738  normal  0.475194 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1817  pyruvate dehydrogenase subunit beta  71.4 
 
 		 465 aa  672    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.416682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4049  pyruvate dehydrogenase subunit beta  70.58 
 
 		 463 aa  669    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0911544  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2770  pyruvate dehydrogenase subunit beta  72.71 
 
 		 467 aa  696    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0520  pyruvate dehydrogenase subunit beta  72.32 
 
 		 460 aa  667    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2490  pyruvate dehydrogenase subunit beta  71.15 
 
 		 465 aa  653    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.423706 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3140  pyruvate dehydrogenase subunit beta  68.31 
 
 		 467 aa  650    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324911 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2811  pyruvate dehydrogenase subunit beta  71.37 
 
 		 469 aa  691    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.344502  normal  0.77685 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1750  pyruvate dehydrogenase subunit beta  71.7 
 
 		 474 aa  686    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1078  pyruvate dehydrogenase subunit beta  71.4 
 
 		 458 aa  657    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00798693  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3890  pyruvate dehydrogenase subunit beta  73.33 
 
 		 456 aa  671    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.440755  normal  0.418556 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1077  pyruvate dehydrogenase subunit beta  100 
 
 		 465 aa  934    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.406758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1629  pyruvate dehydrogenase subunit beta  77.78 
 
 		 466 aa  717    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.407235  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3208  pyruvate dehydrogenase subunit beta  71.88 
 
 		 469 aa  665    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.410078  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1604  pyruvate dehydrogenase subunit beta  85.38 
 
 		 461 aa  795    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00806914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0535  pyruvate dehydrogenase subunit beta  75.97 
 
 		 454 aa  728    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2910  pyruvate dehydrogenase subunit beta  71.19 
 
 		 483 aa  683    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3015  pyruvate dehydrogenase subunit beta  70.78 
 
 		 482 aa  676    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.259687 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2060  pyruvate dehydrogenase subunit beta  85.38 
 
 		 465 aa  788    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.546434  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1506  pyruvate dehydrogenase subunit beta  71.61 
 
 		 458 aa  633  1e-180  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.100072  normal  0.335973 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1690  pyruvate dehydrogenase subunit beta  68.74 
 
 		 464 aa  632  1e-180  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.872037 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1880  pyruvate dehydrogenase subunit beta  64.51 
 
 		 468 aa  620  1e-176  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3891  pyruvate dehydrogenase subunit beta  69.46 
 
 		 456 aa  615  1e-175  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0362581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1225  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.38 
 
 		 466 aa  600  1e-170  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.541326 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1418  pyruvate dehydrogenase subunit beta  68.32 
 
 		 456 aa  595  1e-169  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000135962 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5153  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.81 
 
 		 456 aa  591  1e-167  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.467221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0526  pyruvate dehydrogenase subunit beta  64.38 
 
 		 466 aa  564  1.0000000000000001e-159  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.190561 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2759  pyruvate dehydrogenase subunit beta  64.29 
 
 		 454 aa  560  1e-158  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.884776  hitchhiker  0.000123714 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0162  pyruvate dehydrogenase subunit beta  64.11 
 
 		 448 aa  557  1e-157  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00341074 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1909  pyruvate dehydrogenase subunit beta  63.66 
 
 		 461 aa  552  1e-156  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0434985  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2820  pyruvate dehydrogenase subunit beta  72.33 
 
 		 449 aa  492  9.999999999999999e-139  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0473  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.15 
 
 		 332 aa  467  9.999999999999999e-131  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.867083  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0149  pyruvate dehydrogenase subunit beta  63.22 
 
 		 332 aa  455  1e-127  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0098  pyruvate dehydrogenase subunit beta  64.13 
 
 		 332 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_12625  predicted protein  64.72 
 
 		 327 aa  443  1e-123  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.549131  normal  0.616561 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0746  pyruvate dehydrogenase subunit beta  61.16 
 
 		 332 aa  430  1e-119  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.339264  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_68238  pyruvate dehydrogenase E1 component, beta subunit (PDH)  60.74 
 
 		 389 aa  418  9.999999999999999e-116  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.36203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0651  hypothetical protein  56.75 
 
 		 325 aa  406  1.0000000000000001e-112  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.208884 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3509  Transketolase central region  58.41 
 
 		 326 aa  403  1e-111  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_20183  precursor of dehydrogenase pyruvate dehydrogenase E1 component beta subunit  56.23 
 
 		 360 aa  400  9.999999999999999e-111  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4178  Transketolase central region  58.28 
 
 		 328 aa  399  9.999999999999999e-111  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.008867 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09403  pyruvate dehydrogenase E1 component, beta subunit (Eurofung)  58.81 
 
 		 375 aa  392  1e-108  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0439392 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6441  Transketolase central region  57.85 
 
 		 327 aa  390  1e-107  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.818323 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2680  pyruvate dehydrogenase E1 component  55.21 
 
 		 326 aa  390  1e-107  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3707  Transketolase central region  57.98 
 
 		 327 aa  384  1e-105  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0672  Transketolase central region  56.75 
 
 		 325 aa  380  1e-104  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5165  Transketolase central region  53.99 
 
 		 326 aa  382  1e-104  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0091  Transketolase central region  53.4 
 
 		 324 aa  377  1e-103  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL05600  pyruvate dehydrogenase e1 component beta subunit, mitochondrial precursor, putative  55.79 
 
 		 394 aa  378  1e-103  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13273  dihydrolipoamide acetyltransferase  54.6 
 
 		 325 aa  369  1e-101  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1397  Transketolase central region  53.54 
 
 		 327 aa  365  1e-99  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.684408  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1475  transketolase, central region  53.99 
 
 		 325 aa  364  2e-99  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1616  Transketolase central region  49.85 
 
 		 332 aa  344  2e-93  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0824016 
 
 
-
 
NC_002620  TC0517  pyruvate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  49.39 
 
 		 328 aa  340  2.9999999999999998e-92  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2753  transketolase, central region  48.61 
 
 		 328 aa  327  4.0000000000000003e-88  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2251  Transketolase central region  48.91 
 
 		 328 aa  324  2e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00217042  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1973  Transketolase central region  48.6 
 
 		 328 aa  322  7e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4805  Transketolase central region  50 
 
 		 337 aa  319  6e-86  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0589  transketolase, central region  50 
 
 		 331 aa  319  7e-86  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154165  normal  0.609901 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2324  transketolase, central region  48.77 
 
 		 330 aa  318  9e-86  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4635  transketolase central region  48.92 
 
 		 332 aa  318  1e-85  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2436  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  48.91 
 
 		 328 aa  317  2e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287851  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1267  transketolase, central region  49.85 
 
 		 328 aa  317  3e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2846  transketolase central region  48.75 
 
 		 325 aa  313  2.9999999999999996e-84  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00429271  normal  0.065717 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5215  Transketolase central region  48.7 
 
 		 343 aa  313  3.9999999999999997e-84  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1120  transketolase, central region  45.94 
 
 		 325 aa  308  1.0000000000000001e-82  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1092  transketolase, central region  45.94 
 
 		 325 aa  308  1.0000000000000001e-82  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1109  transketolase, central region  45.94 
 
 		 325 aa  308  1.0000000000000001e-82  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0028  Transketolase central region  46.42 
 
 		 327 aa  305  9.000000000000001e-82  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3771  Transketolase central region  46.42 
 
 		 327 aa  305  9.000000000000001e-82  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0763  transketolase, central region  47.35 
 
 		 330 aa  301  2e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0780624  normal  0.62016 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3050  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  49.69 
 
 		 331 aa  299  9e-80  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18840  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  50.31 
 
 		 356 aa  298  1e-79  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.383381 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0879  acetoin dehydrogenase, thymine PPi dependent, E1 component, beta subunit  47.72 
 
 		 332 aa  297  3e-79  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2176  pyruvate dehydrogenase complex, E1 beta2 component  43.52 
 
 		 327 aa  291  1e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.70271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2012  transketolase central region  43.61 
 
 		 322 aa  291  1e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0679386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1727  transketolase, central region  43.61 
 
 		 322 aa  291  2e-77  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.35739  normal  0.316381 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0929  pyruvate dehydrogenase complex, E1 component, pyruvate dehydrogenase beta subunit  44.34 
 
 		 324 aa  291  2e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1035  acetoin dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  46.81 
 
 		 337 aa  289  9e-77  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5126  Transketolase central region  42.72 
 
 		 327 aa  288  1e-76  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3467  Transketolase central region  46.04 
 
 		 335 aa  288  2e-76  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.538791  normal  0.0707668 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2364  Transketolase central region  44.75 
 
 		 324 aa  287  2.9999999999999996e-76  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.177506  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4540  transketolase central region  43.95 
 
 		 327 aa  287  2.9999999999999996e-76  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.362287  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2062  Transketolase domain protein  46.15 
 
 		 327 aa  287  2.9999999999999996e-76  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.258257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1029  Transketolase central region  43.03 
 
 		 324 aa  287  2.9999999999999996e-76  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005679 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1610  transketolase, central region  44.14 
 
 		 333 aa  286  7e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.120355  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1409  transketolase, central region  47.02 
 
 		 325 aa  285  9e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831703 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2032  transketolase, central region  44.24 
 
 		 320 aa  284  2.0000000000000002e-75  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0143  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex dehydrogenase (E1) component  44.9 
 
 		 326 aa  284  2.0000000000000002e-75  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>