More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3038 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3038  transketolase central region  100 
 
 		 325 aa  657    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0535  pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta  77.88 
 
 		 327 aa  488  1e-137  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.289294  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2436  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  51.1 
 
 		 328 aa  315  8e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287851  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0091  Transketolase central region  46.67 
 
 		 324 aa  311  1e-83  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2753  transketolase, central region  49.53 
 
 		 328 aa  305  5.0000000000000004e-82  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2251  Transketolase central region  48.1 
 
 		 328 aa  304  2.0000000000000002e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00217042  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1973  Transketolase central region  47.78 
 
 		 328 aa  302  4.0000000000000003e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1267  transketolase, central region  49.84 
 
 		 328 aa  294  2e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1039  transketolase, central region  46.54 
 
 		 324 aa  293  4e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0489701  normal  0.0714055 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0028  Transketolase central region  44.14 
 
 		 327 aa  290  2e-77  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3771  Transketolase central region  44.14 
 
 		 327 aa  290  2e-77  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4462  pyruvate dehydrogenase subunit beta  45.31 
 
 		 459 aa  289  4e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.150502 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2811  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.69 
 
 		 469 aa  286  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.344502  normal  0.77685 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2032  transketolase, central region  47.08 
 
 		 320 aa  287  2e-76  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1616  Transketolase central region  46.67 
 
 		 332 aa  286  2.9999999999999996e-76  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0824016 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2770  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.69 
 
 		 467 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1727  transketolase, central region  46.28 
 
 		 322 aa  283  2.0000000000000002e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.35739  normal  0.316381 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0856  putative 2-oxo acid dehydrogenase beta subunit  46.5 
 
 		 324 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.389429  normal  0.709595 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6516  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.06 
 
 		 480 aa  281  7.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1817  pyruvate dehydrogenase subunit beta  45.51 
 
 		 465 aa  281  1e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.416682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0589  transketolase, central region  48.12 
 
 		 331 aa  281  1e-74  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154165  normal  0.609901 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2811  Transketolase central region  48.53 
 
 		 326 aa  281  1e-74  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2490  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.69 
 
 		 465 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.423706 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2910  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.55 
 
 		 483 aa  279  5e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2012  transketolase central region  45.31 
 
 		 322 aa  279  5e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0679386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1093  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.44 
 
 		 464 aa  279  6e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.584062  normal  0.0239853 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2364  Transketolase central region  43.83 
 
 		 324 aa  278  8e-74  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.177506  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2060  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.59 
 
 		 465 aa  278  8e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.546434  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1128  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.27 
 
 		 461 aa  278  9e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.997621  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1148  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.95 
 
 		 463 aa  278  9e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.236454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3015  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.51 
 
 		 482 aa  278  9e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.259687 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4049  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.63 
 
 		 463 aa  277  1e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0911544  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5897  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.75 
 
 		 497 aa  278  1e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.128447  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4540  transketolase central region  42.28 
 
 		 327 aa  278  1e-73  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.362287  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2176  pyruvate dehydrogenase complex, E1 beta2 component  42.37 
 
 		 327 aa  277  2e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.70271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2787  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.2 
 
 		 469 aa  276  2e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1086  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.27 
 
 		 448 aa  276  3e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1880  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.91 
 
 		 468 aa  275  7e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1077  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.27 
 
 		 465 aa  275  8e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.406758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0520  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.23 
 
 		 460 aa  275  9e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1812  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit, putative  45.99 
 
 		 330 aa  274  1.0000000000000001e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0733461  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1489  Transketolase central region  45.99 
 
 		 330 aa  274  1.0000000000000001e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0989  pyruvate dehydrogenase subunit beta  42.19 
 
 		 480 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.114856  normal  0.908498 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1418  pyruvate dehydrogenase subunit beta  45.66 
 
 		 456 aa  273  2.0000000000000002e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000135962 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1491  transketolase  41.98 
 
 		 327 aa  273  3e-72  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0473  pyruvate dehydrogenase subunit beta  42.41 
 
 		 332 aa  272  5.000000000000001e-72  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.867083  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1120  transketolase, central region  45.05 
 
 		 325 aa  272  6e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1092  transketolase, central region  45.05 
 
 		 325 aa  272  6e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1109  transketolase, central region  45.05 
 
 		 325 aa  272  6e-72  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0879  acetoin dehydrogenase, thymine PPi dependent, E1 component, beta subunit  43.04 
 
 		 332 aa  271  1e-71  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3890  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.38 
 
 		 456 aa  271  1e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.440755  normal  0.418556 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1750  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.75 
 
 		 474 aa  271  1e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4805  Transketolase central region  43.79 
 
 		 337 aa  270  2e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1690  pyruvate dehydrogenase subunit beta  41.19 
 
 		 464 aa  270  2e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.872037 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2820  pyruvate dehydrogenase subunit beta  42.37 
 
 		 449 aa  271  2e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1629  pyruvate dehydrogenase subunit beta  41.67 
 
 		 466 aa  270  2.9999999999999997e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.407235  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2159  pyruvate dehydrogenase subunit beta  42.81 
 
 		 451 aa  269  5.9999999999999995e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.881738  normal  0.475194 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1029  Transketolase central region  41.54 
 
 		 324 aa  268  8e-71  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005679 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5126  Transketolase central region  41.05 
 
 		 327 aa  268  8e-71  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4082  Transketolase central region  43.87 
 
 		 335 aa  268  1e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.264112 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1797  pyruvate dehydrogenase subunit beta  41.51 
 
 		 463 aa  268  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.211938  hitchhiker  0.000618352 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0098  pyruvate dehydrogenase subunit beta  42.38 
 
 		 332 aa  268  1e-70  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1604  pyruvate dehydrogenase subunit beta  42.14 
 
 		 461 aa  267  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00806914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0929  pyruvate dehydrogenase complex, E1 component, pyruvate dehydrogenase beta subunit  44.23 
 
 		 324 aa  267  2e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0149  pyruvate dehydrogenase subunit beta  41.49 
 
 		 332 aa  267  2e-70  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4116  transketolase central region  45.45 
 
 		 332 aa  267  2e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3140  pyruvate dehydrogenase subunit beta  40.88 
 
 		 467 aa  267  2e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324911 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3602  pyruvate dehydrogenase complex, E1 beta2 component  41.8 
 
 		 334 aa  267  2e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5215  Transketolase central region  43.18 
 
 		 343 aa  266  2.9999999999999995e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2324  transketolase, central region  41.85 
 
 		 330 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3208  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.75 
 
 		 469 aa  266  4e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.410078  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4635  transketolase central region  39.81 
 
 		 332 aa  266  4e-70  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_12625  predicted protein  43.21 
 
 		 327 aa  266  5e-70  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.549131  normal  0.616561 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1078  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.79 
 
 		 458 aa  265  5e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00798693  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5078  transketolase, central region  41.01 
 
 		 327 aa  265  5.999999999999999e-70  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0143  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex dehydrogenase (E1) component  43.05 
 
 		 326 aa  265  8.999999999999999e-70  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1776  transketolase, central region  44.82 
 
 		 334 aa  264  1e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.174657  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1397  Transketolase central region  40.43 
 
 		 327 aa  264  1e-69  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.684408  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2883  Transketolase central region  41.01 
 
 		 327 aa  263  3e-69  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3213  Transketolase central region  41.01 
 
 		 327 aa  263  3e-69  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3050  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  45.28 
 
 		 331 aa  262  4.999999999999999e-69  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6875  transketolase central region  45.19 
 
 		 330 aa  262  6e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.580767 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1610  transketolase, central region  42.11 
 
 		 333 aa  261  8e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.120355  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2846  transketolase central region  41.54 
 
 		 325 aa  261  1e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00429271  normal  0.065717 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0840  transketolase, central region  42.72 
 
 		 327 aa  261  1e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.272287 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3891  pyruvate dehydrogenase subunit beta  42.81 
 
 		 456 aa  261  1e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0362581  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18840  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  45.74 
 
 		 356 aa  261  1e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.383381 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0554  acetoin dehydrogenase, beta subunit  42.33 
 
 		 340 aa  260  2e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.246222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2110  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex dehydrogenase (E1) component  40.25 
 
 		 326 aa  260  2e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.140374  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0094  Transketolase central region  43.12 
 
 		 328 aa  260  2e-68  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0593  transketolase, central region  42.33 
 
 		 340 aa  260  3e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.90523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09511  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  39.87 
 
 		 329 aa  259  4e-68  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.789221  normal  0.154301 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0566  dehydrogenase E1 component  45.89 
 
 		 666 aa  259  5.0000000000000005e-68  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1034  Transketolase central region  43.65 
 
 		 332 aa  259  5.0000000000000005e-68  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.775121  normal  0.29633 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0599  transketolase central region  42.02 
 
 		 340 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.315571  normal  0.029192 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1025  transketolase, central region  43.25 
 
 		 333 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0434386  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1028  transketolase, central region  43.25 
 
 		 333 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3502  Transketolase central region  42.47 
 
 		 342 aa  258  7e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.257276  normal  0.0335061 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1035  acetoin dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  42.06 
 
 		 337 aa  258  8e-68  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3467  Transketolase central region  44.34 
 
 		 335 aa  258  1e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.538791  normal  0.0707668 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>