More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3891 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2159  pyruvate dehydrogenase subunit beta  75.76 
 
 		 451 aa  700    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.881738  normal  0.475194 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0520  pyruvate dehydrogenase subunit beta  71.24 
 
 		 460 aa  652    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1093  pyruvate dehydrogenase subunit beta  80.39 
 
 		 464 aa  744    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.584062  normal  0.0239853 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1148  pyruvate dehydrogenase subunit beta  80.35 
 
 		 463 aa  740    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.236454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6516  pyruvate dehydrogenase subunit beta  68.25 
 
 		 480 aa  646    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4049  pyruvate dehydrogenase subunit beta  80.35 
 
 		 463 aa  741    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0911544  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2060  pyruvate dehydrogenase subunit beta  69.89 
 
 		 465 aa  643    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.546434  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1690  pyruvate dehydrogenase subunit beta  78.66 
 
 		 464 aa  727    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.872037 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0989  pyruvate dehydrogenase subunit beta  67.15 
 
 		 480 aa  638    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.114856  normal  0.908498 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2910  pyruvate dehydrogenase subunit beta  68.12 
 
 		 483 aa  658    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1078  pyruvate dehydrogenase subunit beta  76.86 
 
 		 458 aa  689    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00798693  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3015  pyruvate dehydrogenase subunit beta  67.84 
 
 		 482 aa  653    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.259687 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5897  pyruvate dehydrogenase subunit beta  66 
 
 		 497 aa  635    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.128447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3891  pyruvate dehydrogenase subunit beta  100 
 
 		 456 aa  924    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0362581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3890  pyruvate dehydrogenase subunit beta  70.39 
 
 		 456 aa  633  1e-180  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.440755  normal  0.418556 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1604  pyruvate dehydrogenase subunit beta  69.41 
 
 		 461 aa  632  1e-180  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00806914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4462  pyruvate dehydrogenase subunit beta  69.28 
 
 		 459 aa  629  1e-179  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.150502 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1629  pyruvate dehydrogenase subunit beta  68.3 
 
 		 466 aa  630  1e-179  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.407235  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2787  pyruvate dehydrogenase subunit beta  67.02 
 
 		 469 aa  624  1e-178  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1077  pyruvate dehydrogenase subunit beta  69.46 
 
 		 465 aa  625  1e-178  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.406758  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1128  pyruvate dehydrogenase subunit beta  68.26 
 
 		 461 aa  624  1e-177  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.997621  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2770  pyruvate dehydrogenase subunit beta  67.67 
 
 		 467 aa  623  1e-177  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1797  pyruvate dehydrogenase subunit beta  66.95 
 
 		 463 aa  620  1e-176  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.211938  hitchhiker  0.000618352 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0535  pyruvate dehydrogenase subunit beta  66.59 
 
 		 454 aa  616  1e-175  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2811  pyruvate dehydrogenase subunit beta  66.1 
 
 		 469 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.344502  normal  0.77685 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5153  pyruvate dehydrogenase subunit beta  68.26 
 
 		 456 aa  612  9.999999999999999e-175  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.467221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1506  pyruvate dehydrogenase subunit beta  71.83 
 
 		 458 aa  611  9.999999999999999e-175  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.100072  normal  0.335973 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1750  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.97 
 
 		 474 aa  610  1e-173  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2114  pyruvate dehydrogenase subunit beta  69.41 
 
 		 461 aa  605  9.999999999999999e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.518252  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3140  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.25 
 
 		 467 aa  605  9.999999999999999e-173  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324911 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1086  pyruvate dehydrogenase subunit beta  67.79 
 
 		 448 aa  605  9.999999999999999e-173  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1817  pyruvate dehydrogenase subunit beta  67.24 
 
 		 465 aa  607  9.999999999999999e-173  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.416682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1880  pyruvate dehydrogenase subunit beta  66.24 
 
 		 468 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3208  pyruvate dehydrogenase subunit beta  67.52 
 
 		 469 aa  601  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.410078  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2490  pyruvate dehydrogenase subunit beta  66.24 
 
 		 465 aa  597  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.423706 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1225  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.38 
 
 		 466 aa  593  1e-168  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.541326 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1418  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.28 
 
 		 456 aa  575  1.0000000000000001e-163  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000135962 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0526  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.67 
 
 		 466 aa  572  1.0000000000000001e-162  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.190561 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2820  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.34 
 
 		 449 aa  559  1e-158  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1909  pyruvate dehydrogenase subunit beta  67.03 
 
 		 461 aa  561  1e-158  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0434985  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2759  pyruvate dehydrogenase subunit beta  63.74 
 
 		 454 aa  538  9.999999999999999e-153  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.884776  hitchhiker  0.000123714 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0162  pyruvate dehydrogenase subunit beta  63.41 
 
 		 448 aa  535  1e-151  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00341074 
 
 
-
 
NC_002978  WD0473  pyruvate dehydrogenase subunit beta  64.85 
 
 		 332 aa  452  1.0000000000000001e-126  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.867083  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0149  pyruvate dehydrogenase subunit beta  66.26 
 
 		 332 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0098  pyruvate dehydrogenase subunit beta  66.57 
 
 		 332 aa  450  1e-125  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_12625  predicted protein  62.88 
 
 		 327 aa  428  1e-118  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.549131  normal  0.616561 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0746  pyruvate dehydrogenase subunit beta  62.39 
 
 		 332 aa  412  1e-114  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.339264  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3509  Transketolase central region  60.55 
 
 		 326 aa  409  1e-113  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_68238  pyruvate dehydrogenase E1 component, beta subunit (PDH)  60.24 
 
 		 389 aa  405  1.0000000000000001e-112  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.36203  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5165  Transketolase central region  58.9 
 
 		 326 aa  408  1.0000000000000001e-112  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4178  Transketolase central region  59.51 
 
 		 328 aa  403  1e-111  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.008867 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0651  hypothetical protein  57.06 
 
 		 325 aa  404  1e-111  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.208884 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6441  Transketolase central region  59.69 
 
 		 327 aa  397  1e-109  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.818323 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09403  pyruvate dehydrogenase E1 component, beta subunit (Eurofung)  57.67 
 
 		 375 aa  394  1e-108  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0439392 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0672  Transketolase central region  58.9 
 
 		 325 aa  392  1e-108  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2680  pyruvate dehydrogenase E1 component  57.36 
 
 		 326 aa  392  1e-108  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3707  Transketolase central region  59.2 
 
 		 327 aa  390  1e-107  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_20183  precursor of dehydrogenase pyruvate dehydrogenase E1 component beta subunit  55.66 
 
 		 360 aa  390  1e-107  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1397  Transketolase central region  57.85 
 
 		 327 aa  387  1e-106  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.684408  n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL05600  pyruvate dehydrogenase e1 component beta subunit, mitochondrial precursor, putative  57.61 
 
 		 394 aa  384  1e-105  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13273  dihydrolipoamide acetyltransferase  56.75 
 
 		 325 aa  376  1e-103  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0091  Transketolase central region  55.11 
 
 		 324 aa  371  1e-101  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1475  transketolase, central region  56.13 
 
 		 325 aa  371  1e-101  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1616  Transketolase central region  49.85 
 
 		 332 aa  337  1.9999999999999998e-91  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0824016 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2324  transketolase, central region  52 
 
 		 330 aa  334  2e-90  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0517  pyruvate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  50.46 
 
 		 328 aa  334  3e-90  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4635  transketolase central region  49.85 
 
 		 332 aa  324  2e-87  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2436  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  49.69 
 
 		 328 aa  318  1e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287851  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2846  transketolase central region  50 
 
 		 325 aa  318  1e-85  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00429271  normal  0.065717 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5215  Transketolase central region  49.22 
 
 		 343 aa  317  4e-85  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2753  transketolase, central region  48.3 
 
 		 328 aa  315  9.999999999999999e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0589  transketolase, central region  49.85 
 
 		 331 aa  315  9.999999999999999e-85  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154165  normal  0.609901 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1109  transketolase, central region  48.15 
 
 		 325 aa  312  7.999999999999999e-84  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1092  transketolase, central region  48.15 
 
 		 325 aa  312  7.999999999999999e-84  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1120  transketolase, central region  48.15 
 
 		 325 aa  312  7.999999999999999e-84  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4805  Transketolase central region  48.63 
 
 		 337 aa  312  9e-84  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2012  transketolase central region  45.65 
 
 		 322 aa  310  5e-83  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0679386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1727  transketolase, central region  45.96 
 
 		 322 aa  310  5e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.35739  normal  0.316381 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0929  pyruvate dehydrogenase complex, E1 component, pyruvate dehydrogenase beta subunit  47.06 
 
 		 324 aa  306  6e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0028  Transketolase central region  48.01 
 
 		 327 aa  305  8.000000000000001e-82  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3771  Transketolase central region  48.01 
 
 		 327 aa  305  8.000000000000001e-82  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0763  transketolase, central region  49.07 
 
 		 330 aa  303  3.0000000000000004e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0780624  normal  0.62016 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2251  Transketolase central region  47.06 
 
 		 328 aa  303  4.0000000000000003e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00217042  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1973  Transketolase central region  46.75 
 
 		 328 aa  301  1e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1267  transketolase, central region  48.92 
 
 		 328 aa  301  2e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1610  transketolase, central region  47.55 
 
 		 333 aa  300  3e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.120355  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3050  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  50.31 
 
 		 331 aa  300  4e-80  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2364  Transketolase central region  48.3 
 
 		 324 aa  298  9e-80  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.177506  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2176  pyruvate dehydrogenase complex, E1 beta2 component  45.34 
 
 		 327 aa  297  2e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.70271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0143  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex dehydrogenase (E1) component  47.3 
 
 		 326 aa  297  3e-79  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4540  transketolase central region  45.08 
 
 		 327 aa  296  5e-79  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.362287  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5126  Transketolase central region  43.56 
 
 		 327 aa  295  1e-78  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7030  transketolase central region  47.2 
 
 		 324 aa  293  4e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.520255  normal  0.858404 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3467  Transketolase central region  48.12 
 
 		 335 aa  291  2e-77  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.538791  normal  0.0707668 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0509  transketolase, central region  47.2 
 
 		 326 aa  291  2e-77  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18840  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  48.92 
 
 		 356 aa  290  3e-77  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.383381 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3602  pyruvate dehydrogenase complex, E1 beta2 component  45.82 
 
 		 334 aa  290  3e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2883  Transketolase central region  44.94 
 
 		 327 aa  290  5.0000000000000004e-77  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3213  Transketolase central region  44.94 
 
 		 327 aa  290  5.0000000000000004e-77  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1029  Transketolase central region  44.13 
 
 		 324 aa  288  1e-76  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005679 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>