More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1880 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1880  pyruvate dehydrogenase subunit beta  100 
 
 		 468 aa  947    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2820  pyruvate dehydrogenase subunit beta  69.91 
 
 		 449 aa  629  1e-179  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1750  pyruvate dehydrogenase subunit beta  66.39 
 
 		 474 aa  626  1e-178  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2910  pyruvate dehydrogenase subunit beta  63.75 
 
 		 483 aa  626  1e-178  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0989  pyruvate dehydrogenase subunit beta  63.73 
 
 		 480 aa  621  1e-177  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.114856  normal  0.908498 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4049  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.47 
 
 		 463 aa  624  1e-177  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0911544  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1148  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.47 
 
 		 463 aa  622  1e-177  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.236454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3015  pyruvate dehydrogenase subunit beta  63.89 
 
 		 482 aa  623  1e-177  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.259687 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6516  pyruvate dehydrogenase subunit beta  64.8 
 
 		 480 aa  619  1e-176  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0520  pyruvate dehydrogenase subunit beta  66.6 
 
 		 460 aa  615  1e-175  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1093  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.25 
 
 		 464 aa  617  1e-175  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.584062  normal  0.0239853 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1077  pyruvate dehydrogenase subunit beta  63.6 
 
 		 465 aa  613  9.999999999999999e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.406758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4462  pyruvate dehydrogenase subunit beta  64.58 
 
 		 459 aa  612  9.999999999999999e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.150502 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0162  pyruvate dehydrogenase subunit beta  69.93 
 
 		 448 aa  612  9.999999999999999e-175  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00341074 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0535  pyruvate dehydrogenase subunit beta  64.53 
 
 		 454 aa  612  9.999999999999999e-175  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2060  pyruvate dehydrogenase subunit beta  62.34 
 
 		 465 aa  610  1e-173  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.546434  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2159  pyruvate dehydrogenase subunit beta  64.88 
 
 		 451 aa  609  1e-173  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.881738  normal  0.475194 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2811  pyruvate dehydrogenase subunit beta  64.82 
 
 		 469 aa  610  1e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.344502  normal  0.77685 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5897  pyruvate dehydrogenase subunit beta  62.05 
 
 		 497 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.128447  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1128  pyruvate dehydrogenase subunit beta  63.03 
 
 		 461 aa  602  1.0000000000000001e-171  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.997621  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1817  pyruvate dehydrogenase subunit beta  67.74 
 
 		 465 aa  604  1.0000000000000001e-171  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.416682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3890  pyruvate dehydrogenase subunit beta  64.15 
 
 		 456 aa  603  1.0000000000000001e-171  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.440755  normal  0.418556 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2787  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.67 
 
 		 469 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2770  pyruvate dehydrogenase subunit beta  62.6 
 
 		 467 aa  599  1e-170  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1604  pyruvate dehydrogenase subunit beta  62.11 
 
 		 461 aa  600  1e-170  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00806914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1629  pyruvate dehydrogenase subunit beta  64.53 
 
 		 466 aa  598  1e-170  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.407235  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1418  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.03 
 
 		 456 aa  592  1e-168  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000135962 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3140  pyruvate dehydrogenase subunit beta  61.67 
 
 		 467 aa  590  1e-167  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324911 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3208  pyruvate dehydrogenase subunit beta  63.88 
 
 		 469 aa  589  1e-167  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.410078  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2114  pyruvate dehydrogenase subunit beta  62.42 
 
 		 461 aa  587  1e-166  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.518252  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1690  pyruvate dehydrogenase subunit beta  62.63 
 
 		 464 aa  587  1e-166  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.872037 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1797  pyruvate dehydrogenase subunit beta  61.84 
 
 		 463 aa  584  1.0000000000000001e-165  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.211938  hitchhiker  0.000618352 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3891  pyruvate dehydrogenase subunit beta  63.49 
 
 		 456 aa  583  1.0000000000000001e-165  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0362581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1078  pyruvate dehydrogenase subunit beta  62.98 
 
 		 458 aa  579  1e-164  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00798693  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1086  pyruvate dehydrogenase subunit beta  62.42 
 
 		 448 aa  579  1e-164  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1225  pyruvate dehydrogenase subunit beta  63.22 
 
 		 466 aa  576  1.0000000000000001e-163  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.541326 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1506  pyruvate dehydrogenase subunit beta  64.67 
 
 		 458 aa  570  1e-161  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.100072  normal  0.335973 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5153  pyruvate dehydrogenase subunit beta  61.72 
 
 		 456 aa  566  1e-160  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.467221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2759  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.53 
 
 		 454 aa  558  1e-158  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.884776  hitchhiker  0.000123714 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0526  pyruvate dehydrogenase subunit beta  63.6 
 
 		 466 aa  548  1e-154  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.190561 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1909  pyruvate dehydrogenase subunit beta  60.34 
 
 		 461 aa  517  1.0000000000000001e-145  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0434985  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2490  pyruvate dehydrogenase subunit beta  74.62 
 
 		 465 aa  512  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.423706 
 
 
-
 
NC_002978  WD0473  pyruvate dehydrogenase subunit beta  67.99 
 
 		 332 aa  482  1e-135  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.867083  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0149  pyruvate dehydrogenase subunit beta  69.21 
 
 		 332 aa  483  1e-135  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0098  pyruvate dehydrogenase subunit beta  67.99 
 
 		 332 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_12625  predicted protein  67.79 
 
 		 327 aa  462  1e-129  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.549131  normal  0.616561 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_68238  pyruvate dehydrogenase E1 component, beta subunit (PDH)  66.67 
 
 		 389 aa  447  1.0000000000000001e-124  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.36203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_20183  precursor of dehydrogenase pyruvate dehydrogenase E1 component beta subunit  58.6 
 
 		 360 aa  434  1e-120  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0746  pyruvate dehydrogenase subunit beta  64.6 
 
 		 332 aa  430  1e-119  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.339264  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6441  Transketolase central region  62.73 
 
 		 327 aa  421  1e-116  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.818323 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09403  pyruvate dehydrogenase E1 component, beta subunit (Eurofung)  63.47 
 
 		 375 aa  417  9.999999999999999e-116  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0439392 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3509  Transketolase central region  59.26 
 
 		 326 aa  415  9.999999999999999e-116  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006681  CNL05600  pyruvate dehydrogenase e1 component beta subunit, mitochondrial precursor, putative  57.95 
 
 		 394 aa  417  9.999999999999999e-116  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4178  Transketolase central region  60.68 
 
 		 328 aa  414  1e-114  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.008867 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5165  Transketolase central region  57.28 
 
 		 326 aa  409  1e-113  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0651  hypothetical protein  56.35 
 
 		 325 aa  409  1e-113  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.208884 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3707  Transketolase central region  61.92 
 
 		 327 aa  408  1.0000000000000001e-112  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0672  Transketolase central region  58.02 
 
 		 325 aa  402  1e-111  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2680  pyruvate dehydrogenase E1 component  57.59 
 
 		 326 aa  405  1e-111  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1397  Transketolase central region  57.45 
 
 		 327 aa  392  1e-108  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.684408  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13273  dihydrolipoamide acetyltransferase  56.97 
 
 		 325 aa  387  1e-106  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1475  transketolase, central region  56.17 
 
 		 325 aa  381  1e-104  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0091  Transketolase central region  55.91 
 
 		 324 aa  375  1e-103  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1616  Transketolase central region  52.2 
 
 		 332 aa  364  2e-99  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0824016 
 
 
-
 
NC_002620  TC0517  pyruvate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  54.21 
 
 		 328 aa  357  1.9999999999999998e-97  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2753  transketolase, central region  51.89 
 
 		 328 aa  349  5e-95  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2324  transketolase, central region  53.4 
 
 		 330 aa  348  2e-94  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2436  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  52.52 
 
 		 328 aa  347  3e-94  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287851  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2251  Transketolase central region  51.57 
 
 		 328 aa  345  8e-94  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00217042  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1973  Transketolase central region  50.94 
 
 		 328 aa  342  8e-93  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0589  transketolase, central region  54.57 
 
 		 331 aa  341  1e-92  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154165  normal  0.609901 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4805  Transketolase central region  53.25 
 
 		 337 aa  339  7e-92  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4635  transketolase central region  49.69 
 
 		 332 aa  329  5.0000000000000004e-89  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1267  transketolase, central region  51.89 
 
 		 328 aa  329  8e-89  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3050  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  55.59 
 
 		 331 aa  326  5e-88  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2846  transketolase central region  50.47 
 
 		 325 aa  326  6e-88  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00429271  normal  0.065717 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5215  Transketolase central region  51.62 
 
 		 343 aa  324  3e-87  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18840  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  54.23 
 
 		 356 aa  322  9.999999999999999e-87  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.383381 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0763  transketolase, central region  50 
 
 		 330 aa  311  1e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0780624  normal  0.62016 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1120  transketolase, central region  47.08 
 
 		 325 aa  308  1.0000000000000001e-82  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2012  transketolase central region  45.6 
 
 		 322 aa  308  1.0000000000000001e-82  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0679386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2176  pyruvate dehydrogenase complex, E1 beta2 component  47.2 
 
 		 327 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.70271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1092  transketolase, central region  47.08 
 
 		 325 aa  308  1.0000000000000001e-82  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1109  transketolase, central region  47.08 
 
 		 325 aa  308  1.0000000000000001e-82  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1727  transketolase, central region  45.6 
 
 		 322 aa  308  2.0000000000000002e-82  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.35739  normal  0.316381 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0028  Transketolase central region  47.22 
 
 		 327 aa  308  2.0000000000000002e-82  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3771  Transketolase central region  47.22 
 
 		 327 aa  308  2.0000000000000002e-82  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0929  pyruvate dehydrogenase complex, E1 component, pyruvate dehydrogenase beta subunit  48.43 
 
 		 324 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1610  transketolase, central region  47.52 
 
 		 333 aa  301  2e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.120355  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0509  transketolase, central region  47.81 
 
 		 326 aa  300  5e-80  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4540  transketolase central region  46.5 
 
 		 327 aa  299  8e-80  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.362287  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0143  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex dehydrogenase (E1) component  47.77 
 
 		 326 aa  298  1e-79  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1409  transketolase, central region  48.26 
 
 		 325 aa  296  5e-79  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831703 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4116  transketolase central region  47.96 
 
 		 332 aa  295  1e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3602  pyruvate dehydrogenase complex, E1 beta2 component  45.91 
 
 		 334 aa  295  1e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5126  Transketolase central region  45.54 
 
 		 327 aa  294  2e-78  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1491  transketolase  44.73 
 
 		 327 aa  294  3e-78  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2364  Transketolase central region  47.02 
 
 		 324 aa  293  4e-78  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.177506  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2062  Transketolase domain protein  47.5 
 
 		 327 aa  293  4e-78  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.258257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0386  transketolase  47.96 
 
 		 329 aa  293  6e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>