More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1225 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_1909  pyruvate dehydrogenase subunit beta  75.59 
 
 		 461 aa  639    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0434985  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0526  pyruvate dehydrogenase subunit beta  75.54 
 
 		 466 aa  673    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.190561 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5153  pyruvate dehydrogenase subunit beta  80.43 
 
 		 456 aa  733    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.467221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1225  pyruvate dehydrogenase subunit beta  100 
 
 		 466 aa  938    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.541326 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3890  pyruvate dehydrogenase subunit beta  67.53 
 
 		 456 aa  619  1e-176  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.440755  normal  0.418556 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0520  pyruvate dehydrogenase subunit beta  66.02 
 
 		 460 aa  619  1e-176  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0989  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.15 
 
 		 480 aa  614  1e-175  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.114856  normal  0.908498 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3140  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.25 
 
 		 467 aa  613  9.999999999999999e-175  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324911 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1093  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.54 
 
 		 464 aa  608  1e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.584062  normal  0.0239853 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3015  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.36 
 
 		 482 aa  610  1e-173  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.259687 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4462  pyruvate dehydrogenase subunit beta  67.83 
 
 		 459 aa  609  1e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.150502 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4049  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.47 
 
 		 463 aa  608  1e-173  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0911544  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1148  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.47 
 
 		 463 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.236454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1604  pyruvate dehydrogenase subunit beta  64.71 
 
 		 461 aa  604  9.999999999999999e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00806914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2811  pyruvate dehydrogenase subunit beta  63.96 
 
 		 469 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.344502  normal  0.77685 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1750  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.61 
 
 		 474 aa  605  9.999999999999999e-173  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2060  pyruvate dehydrogenase subunit beta  66.59 
 
 		 465 aa  607  9.999999999999999e-173  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.546434  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2910  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.15 
 
 		 483 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1128  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.09 
 
 		 461 aa  599  1e-170  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.997621  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1690  pyruvate dehydrogenase subunit beta  67.17 
 
 		 464 aa  600  1e-170  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.872037 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1077  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.38 
 
 		 465 aa  600  1e-170  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.406758  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1797  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.16 
 
 		 463 aa  597  1e-169  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.211938  hitchhiker  0.000618352 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2159  pyruvate dehydrogenase subunit beta  64.95 
 
 		 451 aa  595  1e-169  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.881738  normal  0.475194 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2770  pyruvate dehydrogenase subunit beta  63.33 
 
 		 467 aa  596  1e-169  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1078  pyruvate dehydrogenase subunit beta  66.02 
 
 		 458 aa  597  1e-169  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00798693  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6516  pyruvate dehydrogenase subunit beta  63.11 
 
 		 480 aa  594  1e-169  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2490  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.38 
 
 		 465 aa  593  1e-168  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.423706 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5897  pyruvate dehydrogenase subunit beta  62.58 
 
 		 497 aa  592  1e-168  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.128447  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2787  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.47 
 
 		 469 aa  588  1e-167  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0535  pyruvate dehydrogenase subunit beta  62.96 
 
 		 454 aa  585  1e-166  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1086  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.41 
 
 		 448 aa  585  1e-166  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3208  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.39 
 
 		 469 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.410078  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3891  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.95 
 
 		 456 aa  582  1.0000000000000001e-165  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0362581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1817  pyruvate dehydrogenase subunit beta  64.01 
 
 		 465 aa  578  1e-164  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.416682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2114  pyruvate dehydrogenase subunit beta  63.24 
 
 		 461 aa  575  1.0000000000000001e-163  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.518252  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1880  pyruvate dehydrogenase subunit beta  64.29 
 
 		 468 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1418  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.52 
 
 		 456 aa  573  1.0000000000000001e-162  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000135962 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1506  pyruvate dehydrogenase subunit beta  64.95 
 
 		 458 aa  571  1e-161  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.100072  normal  0.335973 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1629  pyruvate dehydrogenase subunit beta  63.44 
 
 		 466 aa  571  1e-161  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.407235  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2759  pyruvate dehydrogenase subunit beta  64.94 
 
 		 454 aa  554  1e-156  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.884776  hitchhiker  0.000123714 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0162  pyruvate dehydrogenase subunit beta  61.89 
 
 		 448 aa  509  1e-143  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00341074 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2820  pyruvate dehydrogenase subunit beta  70.66 
 
 		 449 aa  461  1e-129  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0098  pyruvate dehydrogenase subunit beta  68.1 
 
 		 332 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0149  pyruvate dehydrogenase subunit beta  65.95 
 
 		 332 aa  450  1e-125  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0473  pyruvate dehydrogenase subunit beta  64.11 
 
 		 332 aa  441  9.999999999999999e-123  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.867083  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_12625  predicted protein  64.92 
 
 		 327 aa  434  1e-120  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.549131  normal  0.616561 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0746  pyruvate dehydrogenase subunit beta  60.42 
 
 		 332 aa  410  1e-113  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.339264  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_20183  precursor of dehydrogenase pyruvate dehydrogenase E1 component beta subunit  58.05 
 
 		 360 aa  402  1e-111  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_68238  pyruvate dehydrogenase E1 component, beta subunit (PDH)  59.24 
 
 		 389 aa  400  9.999999999999999e-111  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.36203  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09403  pyruvate dehydrogenase E1 component, beta subunit (Eurofung)  60.25 
 
 		 375 aa  396  1e-109  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0439392 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0651  hypothetical protein  56.79 
 
 		 325 aa  397  1e-109  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.208884 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4178  Transketolase central region  59.38 
 
 		 328 aa  388  1e-106  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.008867 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6441  Transketolase central region  59.44 
 
 		 327 aa  386  1e-106  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.818323 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5165  Transketolase central region  56.88 
 
 		 326 aa  384  1e-105  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3509  Transketolase central region  58.88 
 
 		 326 aa  382  1e-105  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2680  pyruvate dehydrogenase E1 component  57.19 
 
 		 326 aa  384  1e-105  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3707  Transketolase central region  59.88 
 
 		 327 aa  380  1e-104  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0672  Transketolase central region  56.25 
 
 		 325 aa  368  1e-100  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL05600  pyruvate dehydrogenase e1 component beta subunit, mitochondrial precursor, putative  58.84 
 
 		 394 aa  364  2e-99  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1475  transketolase, central region  54.06 
 
 		 325 aa  360  3e-98  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0091  Transketolase central region  54.55 
 
 		 324 aa  358  8e-98  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1397  Transketolase central region  55.17 
 
 		 327 aa  355  1e-96  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.684408  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13273  dihydrolipoamide acetyltransferase  55 
 
 		 325 aa  353  2.9999999999999997e-96  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1616  Transketolase central region  50.47 
 
 		 332 aa  338  9.999999999999999e-92  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0824016 
 
 
-
 
NC_002620  TC0517  pyruvate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  51.69 
 
 		 328 aa  333  3e-90  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0589  transketolase, central region  55.37 
 
 		 331 aa  329  8e-89  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154165  normal  0.609901 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5215  Transketolase central region  51.25 
 
 		 343 aa  324  3e-87  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2753  transketolase, central region  50.47 
 
 		 328 aa  320  5e-86  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4635  transketolase central region  51.41 
 
 		 332 aa  318  2e-85  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2324  transketolase, central region  49.69 
 
 		 330 aa  315  9.999999999999999e-85  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2436  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  51.11 
 
 		 328 aa  314  1.9999999999999998e-84  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287851  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4805  Transketolase central region  50.62 
 
 		 337 aa  312  9e-84  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2251  Transketolase central region  48.28 
 
 		 328 aa  311  2e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00217042  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0763  transketolase, central region  50.78 
 
 		 330 aa  311  2e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0780624  normal  0.62016 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2846  transketolase central region  50 
 
 		 325 aa  310  2.9999999999999997e-83  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00429271  normal  0.065717 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1973  Transketolase central region  48.57 
 
 		 328 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1267  transketolase, central region  51.1 
 
 		 328 aa  306  4.0000000000000004e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1120  transketolase, central region  47.19 
 
 		 325 aa  305  1.0000000000000001e-81  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1092  transketolase, central region  47.19 
 
 		 325 aa  305  1.0000000000000001e-81  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1109  transketolase, central region  47.19 
 
 		 325 aa  305  1.0000000000000001e-81  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0929  pyruvate dehydrogenase complex, E1 component, pyruvate dehydrogenase beta subunit  47.65 
 
 		 324 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2176  pyruvate dehydrogenase complex, E1 beta2 component  46.89 
 
 		 327 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.70271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1029  Transketolase central region  45.2 
 
 		 324 aa  298  2e-79  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005679 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1610  transketolase, central region  48.15 
 
 		 333 aa  297  2e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.120355  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18840  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  50.94 
 
 		 356 aa  295  9e-79  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.383381 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5126  Transketolase central region  45.89 
 
 		 327 aa  295  1e-78  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1727  transketolase, central region  47 
 
 		 322 aa  295  2e-78  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.35739  normal  0.316381 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2012  transketolase central region  46.69 
 
 		 322 aa  293  3e-78  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0679386  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3467  Transketolase central region  50 
 
 		 335 aa  293  4e-78  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.538791  normal  0.0707668 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3050  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  51.96 
 
 		 331 aa  293  4e-78  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1409  transketolase, central region  50 
 
 		 325 aa  293  4e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831703 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3602  pyruvate dehydrogenase complex, E1 beta2 component  47.02 
 
 		 334 aa  291  1e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0386  transketolase  49.53 
 
 		 329 aa  289  8e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0143  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex dehydrogenase (E1) component  46.11 
 
 		 326 aa  288  2e-76  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46160  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  47.83 
 
 		 323 aa  287  2.9999999999999996e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.6913  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1190  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  44.44 
 
 		 327 aa  286  4e-76  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.407117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16211  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  44.44 
 
 		 327 aa  286  5.999999999999999e-76  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.220601 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2675  Transketolase central region  47.62 
 
 		 326 aa  286  5.999999999999999e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2110  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex dehydrogenase (E1) component  46.08 
 
 		 326 aa  286  5.999999999999999e-76  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.140374  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3069  pyruvate dehydrogenase, E1 component, pyruvate dehydrogenase beta subunit  47.62 
 
 		 326 aa  286  5.999999999999999e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.829686  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>