More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0386 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0386  transketolase  100 
 
 		 329 aa  658    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0763  transketolase, central region  85.41 
 
 		 330 aa  541  1e-153  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0780624  normal  0.62016 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0929  pyruvate dehydrogenase complex, E1 component, pyruvate dehydrogenase beta subunit  76.31 
 
 		 324 aa  502  1e-141  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3570  Transketolase central region  78.4 
 
 		 327 aa  473  1e-132  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0714201 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7030  transketolase central region  73.54 
 
 		 324 aa  473  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.520255  normal  0.858404 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4646  Transketolase central region  78.4 
 
 		 327 aa  473  1e-132  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1092  transketolase, central region  70.86 
 
 		 325 aa  469  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1120  transketolase, central region  70.86 
 
 		 325 aa  469  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1109  transketolase, central region  70.86 
 
 		 325 aa  469  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46160  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  73.91 
 
 		 323 aa  456  1e-127  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.6913  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1409  transketolase, central region  72.76 
 
 		 325 aa  456  1e-127  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831703 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1414  Transketolase central region  78.95 
 
 		 323 aa  453  1.0000000000000001e-126  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.713226  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0509  transketolase, central region  72.22 
 
 		 326 aa  447  1.0000000000000001e-124  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1610  transketolase, central region  70.53 
 
 		 333 aa  436  1e-121  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.120355  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3467  Transketolase central region  70.13 
 
 		 335 aa  423  1e-117  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.538791  normal  0.0707668 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2176  pyruvate dehydrogenase complex, E1 beta2 component  63.47 
 
 		 327 aa  421  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.70271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3602  pyruvate dehydrogenase complex, E1 beta2 component  64.91 
 
 		 334 aa  409  1e-113  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2596  dehydrogenase, E1 component  69.54 
 
 		 669 aa  405  1.0000000000000001e-112  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.817741  hitchhiker  0.000871115 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0091  Transketolase central region  54.06 
 
 		 324 aa  362  7.0000000000000005e-99  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2811  pyruvate dehydrogenase subunit beta  50 
 
 		 469 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.344502  normal  0.77685 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1616  Transketolase central region  50.16 
 
 		 332 aa  334  1e-90  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0824016 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0589  transketolase, central region  51.85 
 
 		 331 aa  334  1e-90  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154165  normal  0.609901 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2770  pyruvate dehydrogenase subunit beta  49.84 
 
 		 467 aa  333  2e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4635  transketolase central region  48.91 
 
 		 332 aa  333  3e-90  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2490  pyruvate dehydrogenase subunit beta  49.38 
 
 		 465 aa  331  9e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.423706 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5165  Transketolase central region  47.37 
 
 		 326 aa  331  1e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4462  pyruvate dehydrogenase subunit beta  48.9 
 
 		 459 aa  331  1e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.150502 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5215  Transketolase central region  50.77 
 
 		 343 aa  330  3e-89  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1418  pyruvate dehydrogenase subunit beta  49.84 
 
 		 456 aa  328  9e-89  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000135962 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2680  pyruvate dehydrogenase E1 component  47.37 
 
 		 326 aa  325  5e-88  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1727  transketolase, central region  50.47 
 
 		 322 aa  325  6e-88  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.35739  normal  0.316381 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0651  hypothetical protein  46.44 
 
 		 325 aa  323  2e-87  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.208884 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4178  Transketolase central region  47.53 
 
 		 328 aa  323  2e-87  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.008867 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2436  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  49.53 
 
 		 328 aa  323  3e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287851  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4805  Transketolase central region  49.39 
 
 		 337 aa  323  3e-87  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2012  transketolase central region  50.16 
 
 		 322 aa  323  4e-87  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0679386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1225  pyruvate dehydrogenase subunit beta  49.53 
 
 		 466 aa  322  8e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.541326 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1750  pyruvate dehydrogenase subunit beta  49.06 
 
 		 474 aa  321  9.999999999999999e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3890  pyruvate dehydrogenase subunit beta  47.96 
 
 		 456 aa  320  1.9999999999999998e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.440755  normal  0.418556 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1817  pyruvate dehydrogenase subunit beta  49.68 
 
 		 465 aa  320  1.9999999999999998e-86  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.416682  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1128  pyruvate dehydrogenase subunit beta  46.25 
 
 		 461 aa  319  3.9999999999999996e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.997621  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5153  pyruvate dehydrogenase subunit beta  48.6 
 
 		 456 aa  319  3.9999999999999996e-86  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.467221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1093  pyruvate dehydrogenase subunit beta  47.52 
 
 		 464 aa  319  3.9999999999999996e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.584062  normal  0.0239853 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1086  pyruvate dehydrogenase subunit beta  46.25 
 
 		 448 aa  319  3.9999999999999996e-86  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0473  pyruvate dehydrogenase subunit beta  50 
 
 		 332 aa  318  6e-86  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.867083  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2753  transketolase, central region  48.91 
 
 		 328 aa  318  7e-86  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2820  pyruvate dehydrogenase subunit beta  47.37 
 
 		 449 aa  318  7.999999999999999e-86  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2060  pyruvate dehydrogenase subunit beta  46.71 
 
 		 465 aa  316  3e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.546434  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3050  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  51.7 
 
 		 331 aa  316  3e-85  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3208  pyruvate dehydrogenase subunit beta  50 
 
 		 469 aa  316  3e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.410078  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0672  Transketolase central region  44.58 
 
 		 325 aa  316  4e-85  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4049  pyruvate dehydrogenase subunit beta  46.89 
 
 		 463 aa  315  6e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0911544  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1148  pyruvate dehydrogenase subunit beta  46.89 
 
 		 463 aa  315  7e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.236454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2759  pyruvate dehydrogenase subunit beta  50.31 
 
 		 454 aa  315  8e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.884776  hitchhiker  0.000123714 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2324  transketolase, central region  50 
 
 		 330 aa  315  8e-85  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0989  pyruvate dehydrogenase subunit beta  46.71 
 
 		 480 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.114856  normal  0.908498 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1880  pyruvate dehydrogenase subunit beta  48.39 
 
 		 468 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5897  pyruvate dehydrogenase subunit beta  46.71 
 
 		 497 aa  311  6.999999999999999e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.128447  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18840  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  51.23 
 
 		 356 aa  311  1e-83  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.383381 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3707  Transketolase central region  47.5 
 
 		 327 aa  311  1e-83  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2910  pyruvate dehydrogenase subunit beta  46.27 
 
 		 483 aa  311  1e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6516  pyruvate dehydrogenase subunit beta  46.56 
 
 		 480 aa  311  1e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3015  pyruvate dehydrogenase subunit beta  46.27 
 
 		 482 aa  310  2e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.259687 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1797  pyruvate dehydrogenase subunit beta  45.45 
 
 		 463 aa  310  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.211938  hitchhiker  0.000618352 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0535  pyruvate dehydrogenase subunit beta  45.62 
 
 		 454 aa  310  2e-83  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1077  pyruvate dehydrogenase subunit beta  45.31 
 
 		 465 aa  310  2.9999999999999997e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.406758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0149  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.92 
 
 		 332 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0526  pyruvate dehydrogenase subunit beta  50.46 
 
 		 466 aa  309  4e-83  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.190561 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2787  pyruvate dehydrogenase subunit beta  45.96 
 
 		 469 aa  309  5e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13273  dihydrolipoamide acetyltransferase  43.34 
 
 		 325 aa  309  5e-83  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0162  pyruvate dehydrogenase subunit beta  49.07 
 
 		 448 aa  307  1.0000000000000001e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00341074 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0520  pyruvate dehydrogenase subunit beta  46.88 
 
 		 460 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0098  pyruvate dehydrogenase subunit beta  45.79 
 
 		 332 aa  307  1.0000000000000001e-82  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3140  pyruvate dehydrogenase subunit beta  45.77 
 
 		 467 aa  306  2.0000000000000002e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324911 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_12625  predicted protein  48.58 
 
 		 327 aa  306  2.0000000000000002e-82  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.549131  normal  0.616561 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1604  pyruvate dehydrogenase subunit beta  45 
 
 		 461 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00806914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1475  transketolase, central region  43.65 
 
 		 325 aa  306  4.0000000000000004e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6441  Transketolase central region  45.2 
 
 		 327 aa  304  1.0000000000000001e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.818323 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3891  pyruvate dehydrogenase subunit beta  47.83 
 
 		 456 aa  303  3.0000000000000004e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0362581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2159  pyruvate dehydrogenase subunit beta  45.65 
 
 		 451 aa  302  4.0000000000000003e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.881738  normal  0.475194 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2251  Transketolase central region  45.99 
 
 		 328 aa  302  5.000000000000001e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00217042  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1078  pyruvate dehydrogenase subunit beta  45.14 
 
 		 458 aa  301  8.000000000000001e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00798693  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3509  Transketolase central region  43.52 
 
 		 326 aa  301  1e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1267  transketolase, central region  47.35 
 
 		 328 aa  301  1e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1397  Transketolase central region  44.86 
 
 		 327 aa  300  2e-80  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.684408  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1973  Transketolase central region  45.68 
 
 		 328 aa  299  6e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1690  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.51 
 
 		 464 aa  297  1e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.872037 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0028  Transketolase central region  44 
 
 		 327 aa  295  1e-78  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3771  Transketolase central region  44 
 
 		 327 aa  295  1e-78  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1506  pyruvate dehydrogenase subunit beta  45.62 
 
 		 458 aa  294  1e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.100072  normal  0.335973 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1629  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.37 
 
 		 466 aa  293  2e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.407235  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5126  Transketolase central region  45.43 
 
 		 327 aa  292  4e-78  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0517  pyruvate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  44.38 
 
 		 328 aa  292  7e-78  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3069  pyruvate dehydrogenase, E1 component, pyruvate dehydrogenase beta subunit  47.04 
 
 		 326 aa  291  8e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.829686  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2675  Transketolase central region  47.04 
 
 		 326 aa  291  8e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0746  pyruvate dehydrogenase subunit beta  46.3 
 
 		 332 aa  288  1e-76  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.339264  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5078  transketolase, central region  44.48 
 
 		 327 aa  286  2.9999999999999996e-76  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2110  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex dehydrogenase (E1) component  46.27 
 
 		 326 aa  285  7e-76  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.140374  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4116  transketolase central region  48.28 
 
 		 332 aa  285  9e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2364  Transketolase central region  44.75 
 
 		 324 aa  283  2.0000000000000002e-75  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.177506  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>