More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2774 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2774  Endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 132 aa  273  6e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4166  endoribonuclease L-PSP  75.19 
 
 		 130 aa  207  3e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3764  endoribonuclease L-PSP  73.64 
 
 		 131 aa  207  5e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3748  Endoribonuclease L-PSP  73.64 
 
 		 131 aa  207  5e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4820  endoribonuclease L-PSP family protein  73.64 
 
 		 131 aa  207  5e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04079  hypothetical protein  73.64 
 
 		 131 aa  206  6e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04115  predicted mRNA endoribonuclease  73.64 
 
 		 131 aa  206  6e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4728  endoribonuclease L-PSP family protein  73.64 
 
 		 131 aa  206  6e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3519  endoribonuclease L-PSP  75.19 
 
 		 131 aa  206  6e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.129578 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4504  endoribonuclease L-PSP family protein  73.64 
 
 		 131 aa  206  6e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.282438  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0780  Endoribonuclease L-PSP  74.42 
 
 		 129 aa  204  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4836  endoribonuclease L-PSP family protein  72.87 
 
 		 131 aa  204  3e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5769  endoribonuclease L-PSP family protein  72.87 
 
 		 131 aa  204  3e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.81717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5718  Endoribonuclease L-PSP  71.21 
 
 		 132 aa  200  5e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.698181 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1620  endoribonuclease L-PSP family protein  72.09 
 
 		 129 aa  199  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.384169  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1720  endoribonuclease L-PSP family protein  72.09 
 
 		 129 aa  198  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1711  endoribonuclease L-PSP  71.32 
 
 		 135 aa  197  3e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0130  endoribonuclease L-PSP  70.54 
 
 		 130 aa  197  3e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1735  hypothetical protein  72.09 
 
 		 132 aa  197  5e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.338014  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5271  endoribonuclease L-PSP  69.7 
 
 		 140 aa  194  4.0000000000000005e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0759  endoribonuclease L-PSP  65.89 
 
 		 134 aa  177  5.999999999999999e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1357  Endoribonuclease L-PSP  62.02 
 
 		 129 aa  169  1e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3954  Endoribonuclease L-PSP  62.02 
 
 		 129 aa  168  2e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5597  Endoribonuclease L-PSP  61.24 
 
 		 135 aa  168  3e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09920  putative translation initiation inhibitor  58.78 
 
 		 132 aa  164  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00640677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5952  endoribonuclease L-PSP  59.23 
 
 		 132 aa  162  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5273  endoribonuclease L-PSP  60.47 
 
 		 134 aa  161  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2016  endoribonuclease L-PSP  58.59 
 
 		 131 aa  158  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0910058  normal  0.042718 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6257  endoribonuclease L-PSP  56.92 
 
 		 136 aa  159  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2367  endoribonuclease L-PSP  58.27 
 
 		 134 aa  154  4e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0969826 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1654  endoribonuclease L-PSP  73.12 
 
 		 108 aa  147  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.950662  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0849  Endoribonuclease L-PSP  56.15 
 
 		 135 aa  137  6e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.499919  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4432  Endoribonuclease L-PSP  43.94 
 
 		 137 aa  107  6e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0220877  normal  0.494212 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4322  Endoribonuclease L-PSP  43.94 
 
 		 137 aa  107  6e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366226  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3242  endoribonuclease L-PSP  44.19 
 
 		 132 aa  105  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.57366  normal  0.136593 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6135  endoribonuclease L-PSP  44.96 
 
 		 132 aa  104  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7050  endoribonuclease L-PSP  43.18 
 
 		 132 aa  103  5e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.130103 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1302  endoribonuclease L-PSP  44.96 
 
 		 132 aa  104  5e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6528  endoribonuclease L-PSP  44.96 
 
 		 132 aa  104  5e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6580  endoribonuclease L-PSP  44.19 
 
 		 130 aa  103  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.121518  normal  0.64556 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6295  endoribonuclease L-PSP  43.41 
 
 		 130 aa  101  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.114963  hitchhiker  0.00251827 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2736  endoribonuclease L-PSP  41.6 
 
 		 138 aa  100  9e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6837  endoribonuclease L-PSP  40.15 
 
 		 137 aa  99.4  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0440077  normal  0.0291041 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4362  endoribonuclease L-PSP  41.98 
 
 		 137 aa  98.6  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5043  endoribonuclease L-PSP  41.98 
 
 		 137 aa  98.6  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.637864  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5817  endoribonuclease L-PSP  41.98 
 
 		 137 aa  98.6  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3818  endoribonuclease L-PSP  42.19 
 
 		 135 aa  95.1  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.515952  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2243  endoribonuclease L-PSP  40.62 
 
 		 133 aa  93.6  8e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0340055  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2477  endoribonuclease L-PSP family protein  40.62 
 
 		 132 aa  92.8  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395896  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2374  endoribonuclease L-PSP  39.06 
 
 		 131 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00553105 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0180  endoribonuclease L-PSP  39.2 
 
 		 131 aa  87.4  6e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00581457  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5714  endoribonuclease L-PSP  41.88 
 
 		 132 aa  84.3  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04775  putative transmembrane protein  38.14 
 
 		 145 aa  83.6  9e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05662  hypothetical protein  38.14 
 
 		 145 aa  83.6  9e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6387  endoribonuclease L-PSP  40.15 
 
 		 137 aa  83.2  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1109  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 132 aa  82  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.912712  normal  0.138441 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3080  endoribonuclease L-PSP  39.06 
 
 		 134 aa  82.4  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0669156  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3756  putative mRNA endoribonuclease  37.29 
 
 		 207 aa  81.3  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3176  endoribonuclease L-PSP  39.86 
 
 		 172 aa  80.9  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3090  endoribonuclease L-PSP  40.35 
 
 		 128 aa  70.9  0.000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04125  conserved hypothetical protein  35.56 
 
 		 135 aa  68.9  0.00000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.386288 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1661  endoribonuclease L-PSP  81.58 
 
 		 38 aa  68.6  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02800  Endoribonuclease L-PSP family protein  45.45 
 
 		 127 aa  67.4  0.00000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140231  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  39.82 
 
 		 129 aa  66.6  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6151  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase and related beta-hydroxyacid dehydrogenase-like protein  40.87 
 
 		 402 aa  65.9  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0200858 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4473  Endoribonuclease L-PSP  32.59 
 
 		 141 aa  64.7  0.0000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.871533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1109  endoribonuclease L-PSP  40.83 
 
 		 128 aa  63.5  0.0000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1252  Endoribonuclease L-PSP  41.23 
 
 		 128 aa  62.8  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3880  putative endoribonuclease L-PSP  41.41 
 
 		 127 aa  61.6  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.196354  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3867  endoribonuclease L-PSP  27.56 
 
 		 129 aa  61.6  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0333  putative endoribonuclease L-PSP  39.6 
 
 		 127 aa  61.2  0.000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2009  endoribonuclease L-PSP  38.14 
 
 		 129 aa  61.2  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3500  putative endoribonuclease L-PSP  40.59 
 
 		 127 aa  61.2  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3087  Endoribonuclease L-PSP  36.21 
 
 		 140 aa  61.2  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2605  endoribonuclease L-PSP  41.96 
 
 		 126 aa  60.8  0.000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.615726  normal  0.989955 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0821  endoribonuclease L-PSP  40.62 
 
 		 126 aa  60.1  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4818  endoribonuclease L-PSP  43.75 
 
 		 125 aa  59.7  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3498  L-PSP family endoribonuclease  38.32 
 
 		 154 aa  59.3  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.23917  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3035  endoribonuclease L-PSP  34.4 
 
 		 134 aa  59.3  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1208  putative endoribonuclease L-PSP  37.61 
 
 		 117 aa  58.5  0.00000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3436  YjgF-like protein  39.18 
 
 		 127 aa  58.5  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4201  Endoribonuclease L-PSP  39.13 
 
 		 127 aa  58.2  0.00000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0467405  normal  0.741048 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5083  endoribonuclease L-PSP  38.54 
 
 		 157 aa  58.2  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.000803015  normal  0.0820919 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1494  endoribonuclease L-PSP  36.94 
 
 		 134 aa  57.8  0.00000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0170  endoribonuclease L-PSP  39.58 
 
 		 126 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0281593 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4894  endoribonuclease L-PSP  36.21 
 
 		 134 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.657922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2582  endoribonuclease L-PSP  37.72 
 
 		 129 aa  57.4  0.00000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0355  endoribonuclease L-PSP  34.15 
 
 		 127 aa  57  0.00000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000606003 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5303  endoribonuclease  38.24 
 
 		 126 aa  57  0.00000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5351  endoribonuclease L-PSP  38.24 
 
 		 126 aa  57  0.00000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120193  normal  0.233615 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5212  putative endoribonuclease L-PSP  38.24 
 
 		 126 aa  57  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.36615 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2099  endoribonuclease L-PSP  35.96 
 
 		 394 aa  56.2  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0409826  normal  0.132893 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4391  endoribonuclease L-PSP  40.21 
 
 		 126 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0665991 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4936  endoribonuclease L-PSP  31.03 
 
 		 150 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.309405  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1052  endoribonuclease L-PSP, putative  42.62 
 
 		 125 aa  56.2  0.0000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0968171  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0968  putative endoribonuclease L-PSP  33.06 
 
 		 130 aa  55.8  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.18464  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4587  endoribonuclease L-PSP  38.05 
 
 		 134 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0320417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2126  endoribonuclease L-PSP  36.08 
 
 		 130 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.158455  hitchhiker  0.000014394 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_920  translation initiation inhibitor, yjgF family  40.98 
 
 		 138 aa  55.8  0.0000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000322084  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0931  endoribonuclease L-PSP  40.98 
 
 		 125 aa  55.8  0.0000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000470161  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>