89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2205 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2205  Cupin 2 conserved barrel domain protein  100 
 
 		 141 aa  285  1e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4530  cupin 2 domain-containing protein  62.14 
 
 		 140 aa  185  2e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.812738  normal  0.896938 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4460  Cupin 2 conserved barrel domain protein  56.03 
 
 		 140 aa  163  8e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0766179  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0116  cupin 2 domain-containing protein  44.29 
 
 		 136 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1605  cupin 2, barrel  39.83 
 
 		 127 aa  87  9e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.843392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5386  hypothetical protein  37.6 
 
 		 127 aa  82  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.272839  normal  0.670212 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1767  cupin 2, barrel  35.71 
 
 		 127 aa  81.3  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0773162  normal  0.597439 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3695  cupin region  37.5 
 
 		 127 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2440  hypothetical protein  42.16 
 
 		 129 aa  78.2  0.00000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0542121  normal  0.878166 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3737  cupin 2 domain-containing protein  32.58 
 
 		 135 aa  77.8  0.00000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.107824  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4123  hypothetical protein  39.13 
 
 		 129 aa  77  0.00000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.685288  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3906  cupin 2 domain-containing protein  36.22 
 
 		 133 aa  76.3  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000227782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1779  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.1 
 
 		 131 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5381  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.94 
 
 		 132 aa  73.9  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2444  hypothetical protein  32.59 
 
 		 141 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.406383  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4006  cupin 2 domain-containing protein  35 
 
 		 137 aa  71.2  0.000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.244405  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2329  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.63 
 
 		 128 aa  66.2  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0016638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1491  cupin:protein of unknown function DUF861  34.11 
 
 		 133 aa  65.5  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2654  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.01 
 
 		 128 aa  60.5  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.810725  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6741  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.71 
 
 		 112 aa  57.4  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.302286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5828  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.82 
 
 		 112 aa  57.4  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3670  cupin 2 domain-containing protein  36.36 
 
 		 107 aa  55.5  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000183912  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11503  putative pectin degradation protein  33.33 
 
 		 130 aa  53.9  0.0000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.380023  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0348  hypothetical protein  26.9 
 
 		 135 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3893  pectin degradation protein  43.24 
 
 		 113 aa  52.4  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03510  hypothetical protein  28.89 
 
 		 135 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866507  hitchhiker  0.00000000000000348857 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4316  cupin 2  28.36 
 
 		 146 aa  50.8  0.000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0623  cupin 2 domain-containing protein  32.35 
 
 		 148 aa  49.3  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.339889  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0909  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.82 
 
 		 137 aa  48.9  0.00003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.75 
 
 		 114 aa  48.5  0.00003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.218569  normal  0.219448 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02199  hypothetical protein  26.52 
 
 		 139 aa  47  0.00009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000921  putative pectin degradation protein  32.89 
 
 		 109 aa  47  0.00009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1026  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.68 
 
 		 120 aa  46.6  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.208422  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2380  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.04 
 
 		 231 aa  46.6  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3788  cupin 2 domain-containing protein  30.23 
 
 		 133 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.140912  normal  0.456948 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16011  hypothetical protein  26.81 
 
 		 155 aa  46.6  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.8356 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2934  cupin 2 domain-containing protein  34.62 
 
 		 111 aa  45.8  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2699  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30 
 
 		 113 aa  45.8  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.145082  normal  0.135976 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2628  cupin 2 domain-containing protein  31.3 
 
 		 157 aa  45.8  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.074736  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5056  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.42 
 
 		 133 aa  45.8  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370159 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1314  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.39 
 
 		 166 aa  45.8  0.0002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000442476  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2189  cupin 2 domain-containing protein  28.42 
 
 		 116 aa  45.8  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.525757  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1168  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.16 
 
 		 121 aa  45.4  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3287  cupin 2 domain-containing protein  36.36 
 
 		 107 aa  44.7  0.0004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.927122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3469  XRE family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 197 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4742  cupin 2 domain-containing protein  26.88 
 
 		 111 aa  43.9  0.0007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000930389 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1863  cupin 2 domain-containing protein  43.14 
 
 		 100 aa  43.9  0.0008  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.524548 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2272  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  26.5 
 
 		 201 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.306888  normal  0.104106 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2581  DNA-binding protein  26.5 
 
 		 209 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0735  cupin 2 domain-containing protein  28.33 
 
 		 178 aa  43.5  0.0009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1503  cupin 2 domain-containing protein  29.06 
 
 		 133 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0540  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.65 
 
 		 113 aa  43.5  0.001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1948  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.49 
 
 		 161 aa  43.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.161363 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2626  cupin 2, barrel  34.85 
 
 		 135 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.542859  normal  0.174872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3496  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.43 
 
 		 140 aa  43.5  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1740  cupin 2 domain-containing protein  25 
 
 		 135 aa  43.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2041  cupin 2 domain-containing protein  37.7 
 
 		 110 aa  43.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.267736 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4890  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.63 
 
 		 134 aa  43.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.625882 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1795  cupin 2 domain-containing protein  25 
 
 		 135 aa  42.7  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00267571  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2038  transcriptional regulator  30.38 
 
 		 230 aa  42.7  0.002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.547476  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5450  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.25 
 
 		 137 aa  42.7  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.341388 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2840  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.71 
 
 		 118 aa  42  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.862394  normal  0.202643 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3293  cupin 2 domain-containing protein  25.93 
 
 		 141 aa  42  0.003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.661006 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2731  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.25 
 
 		 113 aa  42  0.003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.497805  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 234 aa  42  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1426  hypothetical protein  29.84 
 
 		 130 aa  42  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.416507  normal  0.349881 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1595  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.1 
 
 		 123 aa  41.2  0.004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.040843 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4247  cupin 2 domain-containing protein  27.66 
 
 		 151 aa  41.6  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.308806 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 211 aa  41.2  0.004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  26.92 
 
 		 188 aa  41.6  0.004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3105  cupin 2 domain-containing protein  27.27 
 
 		 115 aa  41.6  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 211 aa  41.2  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4181  cupin 2, barrel  27.66 
 
 		 151 aa  41.6  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4403  cupin 2 domain-containing protein  27.66 
 
 		 151 aa  41.6  0.004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.707936  normal  0.738548 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2037  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.5 
 
 		 112 aa  41.2  0.005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0486792  normal  0.209563 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2195  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.93 
 
 		 189 aa  41.2  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.192313  decreased coverage  0.00112961 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6639  cupin 2 domain-containing protein  25.78 
 
 		 135 aa  41.2  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0292958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1603  cupin 2 domain-containing protein  32.43 
 
 		 87 aa  41.2  0.005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.664487  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2777  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.87 
 
 		 113 aa  41.2  0.005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0722963  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0923  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.87 
 
 		 107 aa  41.2  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8499800000000002e-33 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2471  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.87 
 
 		 113 aa  41.2  0.005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.285762  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2830  cupin region  35.71 
 
 		 135 aa  40.8  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.148707  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1250  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.57 
 
 		 193 aa  40.4  0.007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00015051 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5430  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.52 
 
 		 139 aa  40.8  0.007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0865  cupin 2 domain-containing protein  31.75 
 
 		 109 aa  40.4  0.009  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0257  cupin 2 domain-containing protein  32.14 
 
 		 130 aa  40.4  0.009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 200 aa  40.4  0.009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0273  cupin 2 domain-containing protein  33.9 
 
 		 141 aa  40.4  0.009  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2973  hypothetical protein  25.96 
 
 		 133 aa  40  0.01  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.909683  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>