More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0372 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 		 334 aa  670    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  86.42 
 
 		 324 aa  551  1e-156  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  85.58 
 
 		 426 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  77.78 
 
 		 326 aa  504  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  75 
 
 		 391 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2431  pseudouridine synthase, RluD  71.51 
 
 		 351 aa  495  1e-139  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0293774 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2859  pseudouridine synthase, RluD  81.35 
 
 		 264 aa  426  1e-118  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  65.52 
 
 		 345 aa  378  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  57.89 
 
 		 377 aa  378  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  64.26 
 
 		 343 aa  372  1e-102  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  64.26 
 
 		 343 aa  370  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  60.06 
 
 		 337 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  57.14 
 
 		 347 aa  357  1.9999999999999998e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  56.97 
 
 		 334 aa  357  1.9999999999999998e-97  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  57.55 
 
 		 334 aa  353  2.9999999999999997e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  56.57 
 
 		 341 aa  352  5e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  56.57 
 
 		 341 aa  350  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  58.73 
 
 		 346 aa  348  5e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  59.15 
 
 		 336 aa  348  8e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  56.27 
 
 		 343 aa  342  5.999999999999999e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  61.56 
 
 		 334 aa  341  9e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2308  pseudouridine synthase, RluA family  59.02 
 
 		 342 aa  340  2e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  52.94 
 
 		 482 aa  338  9e-92  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  54.41 
 
 		 342 aa  337  9.999999999999999e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  53.94 
 
 		 336 aa  328  9e-89  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.63 
 
 		 343 aa  328  1.0000000000000001e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.12 
 
 		 343 aa  298  1e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  53.11 
 
 		 351 aa  290  2e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  51.85 
 
 		 326 aa  286  5e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  47.58 
 
 		 313 aa  283  4.0000000000000003e-75  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  50.62 
 
 		 331 aa  278  7e-74  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  52.37 
 
 		 332 aa  278  1e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.15 
 
 		 321 aa  278  1e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  47.52 
 
 		 306 aa  277  2e-73  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  49.21 
 
 		 313 aa  276  3e-73  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.15 
 
 		 335 aa  273  2.0000000000000002e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  49.05 
 
 		 323 aa  273  3e-72  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  49.27 
 
 		 349 aa  272  5.000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1573  RluA family pseudouridine synthase  49.1 
 
 		 349 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105453  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  48.28 
 
 		 304 aa  269  4e-71  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.12 
 
 		 349 aa  268  8.999999999999999e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  47.38 
 
 		 322 aa  268  1e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.83 
 
 		 312 aa  265  5.999999999999999e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.94 
 
 		 313 aa  265  8e-70  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.32 
 
 		 337 aa  265  1e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.29 
 
 		 332 aa  265  1e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  49.03 
 
 		 304 aa  263  4e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  46.46 
 
 		 329 aa  262  4.999999999999999e-69  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  50.46 
 
 		 376 aa  262  4.999999999999999e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50 
 
 		 304 aa  260  3e-68  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.21 
 
 		 303 aa  259  4e-68  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  44.27 
 
 		 304 aa  259  6e-68  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  46.86 
 
 		 302 aa  258  8e-68  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  46.77 
 
 		 306 aa  258  1e-67  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2215  RluA family pseudouridine synthase  49.55 
 
 		 341 aa  258  1e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.550248  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  46.03 
 
 		 305 aa  258  1e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  45.19 
 
 		 302 aa  257  2e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  45.19 
 
 		 302 aa  257  2e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  47.6 
 
 		 309 aa  257  2e-67  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  45.19 
 
 		 302 aa  256  3e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.19 
 
 		 302 aa  256  3e-67  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  45.19 
 
 		 302 aa  256  3e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  45.19 
 
 		 302 aa  256  3e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  46.13 
 
 		 306 aa  256  3e-67  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.87 
 
 		 302 aa  256  4e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  50.31 
 
 		 322 aa  256  4e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  47.6 
 
 		 306 aa  256  5e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.87 
 
 		 302 aa  256  6e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  44.79 
 
 		 315 aa  255  8e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  44.87 
 
 		 302 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  46.86 
 
 		 305 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  45.9 
 
 		 325 aa  253  5.000000000000001e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  45.7 
 
 		 302 aa  251  1e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.82 
 
 		 303 aa  251  2e-65  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.13 
 
 		 306 aa  249  4e-65  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.94 
 
 		 319 aa  249  5e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  45.94 
 
 		 310 aa  249  6e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  46.08 
 
 		 304 aa  248  1e-64  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  43.75 
 
 		 314 aa  247  2e-64  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46 
 
 		 301 aa  248  2e-64  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  44.92 
 
 		 319 aa  245  6e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  43.31 
 
 		 311 aa  244  9.999999999999999e-64  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  43.63 
 
 		 311 aa  243  3e-63  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  46.42 
 
 		 310 aa  243  3e-63  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  44.92 
 
 		 319 aa  243  3.9999999999999997e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  43.3 
 
 		 303 aa  242  5e-63  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  47.77 
 
 		 315 aa  242  6e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  44.21 
 
 		 320 aa  242  7e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.3 
 
 		 310 aa  241  9e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01440  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.13 
 
 		 327 aa  241  9e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.51 
 
 		 313 aa  241  1e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.85 
 
 		 322 aa  240  2e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.57 
 
 		 319 aa  240  2e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  40.94 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  47.32 
 
 		 320 aa  240  2e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  46.18 
 
 		 326 aa  240  2e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.17 
 
 		 308 aa  239  4e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.53 
 
 		 332 aa  239  5e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  47.16 
 
 		 334 aa  239  5.999999999999999e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  46.39 
 
 		 352 aa  238  8e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>