More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_0486 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_0486  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
245 aa  497  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.286945  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0442  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  94.29 
 
 
245 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0388  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  70.49 
 
 
245 aa  342  5e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.522888 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5780  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  71.43 
 
 
245 aa  338  5e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  60.25 
 
 
285 aa  285  5.999999999999999e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0762  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  59.02 
 
 
248 aa  279  3e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.170277  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0372  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  62.86 
 
 
248 aa  269  2.9999999999999997e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.431914  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2999  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  56.97 
 
 
248 aa  269  2.9999999999999997e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2902  protein of unknown function DUF558  54.66 
 
 
253 aa  250  2e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.369328 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0859  protein of unknown function DUF558  53.28 
 
 
250 aa  243  9.999999999999999e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.146486 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0899  hypothetical protein  52.87 
 
 
250 aa  241  7e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0971916  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1342  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.03 
 
 
251 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306242  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1682  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.09 
 
 
250 aa  236  2e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0826  protein of unknown function DUF558  52.46 
 
 
250 aa  235  4e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0503939  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0300  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.61 
 
 
247 aa  235  5.0000000000000005e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2564  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.05 
 
 
257 aa  232  4.0000000000000004e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.355443  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0624  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.27 
 
 
239 aa  230  2e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.171124 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5384  hypothetical protein  51.64 
 
 
250 aa  224  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.28797 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4716  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.19 
 
 
251 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.440412  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2244  hypothetical protein  47.83 
 
 
265 aa  218  7e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00252887  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.33 
 
 
242 aa  218  7.999999999999999e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2249  hypothetical protein  50.61 
 
 
250 aa  216  2e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.368782  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0365  protein of unknown function DUF558  50.61 
 
 
267 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.305196  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1847  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.63 
 
 
251 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000659643 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4116  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.57 
 
 
251 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3186  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.23 
 
 
261 aa  209  4e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.261837  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0216  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.4 
 
 
257 aa  209  5e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2667  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.19 
 
 
257 aa  206  3e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.209667  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3079  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.98 
 
 
246 aa  206  3e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.816692 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.22 
 
 
238 aa  201  8e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1007  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.22 
 
 
257 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.74 
 
 
254 aa  198  7.999999999999999e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198651  normal  0.081106 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3912  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.15 
 
 
245 aa  192  3e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0656  hypothetical protein  45.9 
 
 
264 aa  188  8e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.605183 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3099  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.93 
 
 
249 aa  182  4.0000000000000006e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.377172  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2275  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.35 
 
 
249 aa  172  5.999999999999999e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0571  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.64 
 
 
247 aa  154  1e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.266679  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.52 
 
 
239 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0540  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.32 
 
 
241 aa  150  1e-35  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  decreased coverage  0.00650711  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0950  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.17 
 
 
249 aa  145  5e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.696782  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2363  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.39 
 
 
210 aa  140  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.257572  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1212  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.63 
 
 
228 aa  134  9.999999999999999e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1876  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.79 
 
 
238 aa  129  4.0000000000000003e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.115169  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.93 
 
 
239 aa  122  7e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3113  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.71 
 
 
250 aa  121  9.999999999999999e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  35.97 
 
 
244 aa  119  3e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.6 
 
 
244 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32 
 
 
244 aa  117  1.9999999999999998e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.66 
 
 
244 aa  115  7.999999999999999e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.43 
 
 
244 aa  112  5e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.17 
 
 
239 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.93 
 
 
240 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  35.48 
 
 
245 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.58 
 
 
239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.17 
 
 
239 aa  109  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  32.79 
 
 
244 aa  109  3e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0036  hypothetical protein  30.57 
 
 
227 aa  109  3e-23  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.73 
 
 
239 aa  108  6e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.46 
 
 
241 aa  108  8.000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.61 
 
 
244 aa  108  1e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.13 
 
 
240 aa  107  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.92 
 
 
239 aa  106  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  31.17 
 
 
239 aa  106  4e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  31.13 
 
 
243 aa  105  8e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.26 
 
 
243 aa  104  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.84 
 
 
243 aa  104  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  31.05 
 
 
245 aa  102  6e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  28.29 
 
 
243 aa  102  6e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.69 
 
 
243 aa  102  7e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  29.96 
 
 
242 aa  101  8e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  33.33 
 
 
242 aa  100  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.05 
 
 
241 aa  100  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.17 
 
 
239 aa  99.8  4e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0018  hypothetical protein  35.71 
 
 
243 aa  99.4  5e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.49 
 
 
243 aa  99  6e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.96 
 
 
244 aa  99  6e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.08 
 
 
243 aa  99  6e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2394  protein of unknown function DUF558  30 
 
 
255 aa  99  7e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.691799  normal  0.564861 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.24 
 
 
259 aa  97.8  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000349077  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.08 
 
 
243 aa  98.2  1e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3437  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.24 
 
 
259 aa  97.8  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00490733  hitchhiker  0.000657001 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3341  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.08 
 
 
259 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0620938  normal  0.265707 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.67 
 
 
248 aa  97.1  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0832  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.89 
 
 
243 aa  97.1  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.08 
 
 
259 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0123615  normal  0.0473044 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4321  hypothetical protein  29.57 
 
 
248 aa  97.4  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.333132  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.24 
 
 
243 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.6082 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0543  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.21 
 
 
246 aa  97.4  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.291775  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.08 
 
 
243 aa  97.4  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1288  hypothetical protein  29.15 
 
 
242 aa  96.7  3e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.690176  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.98 
 
 
245 aa  96.7  3e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28 
 
 
243 aa  96.7  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  33.99 
 
 
248 aa  96.7  3e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2974  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.23 
 
 
244 aa  96.3  4e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.46 
 
 
255 aa  96.3  5e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0749  protein of unknown function DUF558  28.57 
 
 
243 aa  95.5  7e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.115865  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.57 
 
 
243 aa  95.5  7e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.57 
 
 
243 aa  95.5  7e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.699703  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0768  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.57 
 
 
243 aa  95.5  7e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000951962  decreased coverage  0.000000313548 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4249  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.57 
 
 
243 aa  95.5  7e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781388  normal  0.255618 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>