81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3624 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3624  hypothetical protein  100 
 
 		 147 aa  299  9e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.13672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1674  hypothetical protein  89.12 
 
 		 147 aa  238  2e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1887  hypothetical protein  86.82 
 
 		 146 aa  229  7.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3740  hypothetical protein  75.81 
 
 		 147 aa  201  4e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00447243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0912  hypothetical protein  59.18 
 
 		 145 aa  179  9.000000000000001e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.423404 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1333  hypothetical protein  65.55 
 
 		 123 aa  171  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.497148 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3433  hypothetical protein  56.46 
 
 		 145 aa  164  4e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2734  hypothetical protein  51.33 
 
 		 156 aa  160  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0802358 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4924  hypothetical protein  46.76 
 
 		 169 aa  124  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195094  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4360  hypothetical protein  45.26 
 
 		 165 aa  120  9e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5160  hypothetical protein  41.56 
 
 		 204 aa  119  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.131388 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6942  hypothetical protein  42.96 
 
 		 202 aa  117  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3426  hypothetical protein  42.67 
 
 		 178 aa  113  8.999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4974  hypothetical protein  41.01 
 
 		 203 aa  110  7.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5490  hypothetical protein  40.62 
 
 		 204 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.30695  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2287  hypothetical protein  45.3 
 
 		 170 aa  107  5e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.56667 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2011  hypothetical protein  45.3 
 
 		 170 aa  107  5e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272674  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1973  hypothetical protein  45.3 
 
 		 179 aa  106  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0974788 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2264  hypothetical protein  39.46 
 
 		 213 aa  104  4e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.144386 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0487  hypothetical protein  43.9 
 
 		 154 aa  104  5e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.492113  normal  0.732049 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3606  conserved hypothetical proteinn  41.8 
 
 		 228 aa  103  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00367306  normal  0.482079 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3722  hypothetical protein  41.22 
 
 		 228 aa  102  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.167012  normal  0.0261827 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0175  hypothetical protein  37.32 
 
 		 135 aa  103  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4945  hypothetical protein  36.69 
 
 		 199 aa  102  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2677  hypothetical protein  41.1 
 
 		 231 aa  100  6e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.137476  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3413  hypothetical protein  40.68 
 
 		 230 aa  98.6  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.188559  normal  0.623749 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1710  hypothetical protein  35.82 
 
 		 134 aa  99.4  2e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.661743  normal  0.276056 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4354  hypothetical protein  41.48 
 
 		 134 aa  98.6  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5609  hypothetical protein  46.49 
 
 		 136 aa  97.4  5e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.343437  normal  0.446429 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2974  hypothetical protein  37.24 
 
 		 207 aa  95.5  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.155724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3305  hypothetical protein  39.13 
 
 		 134 aa  94.7  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2668  hypothetical protein  40.15 
 
 		 147 aa  91.3  4e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2391  hypothetical protein  40.29 
 
 		 147 aa  91.3  4e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.69026  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2348  hypothetical protein  38.97 
 
 		 146 aa  88.2  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.553066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2595  hypothetical protein  36.67 
 
 		 167 aa  87  7e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.13732  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1853  Protein of unknown function DUF2147  38.79 
 
 		 149 aa  85.9  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3114  hypothetical protein  37.68 
 
 		 142 aa  83.6  9e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1034  hypothetical protein  35.25 
 
 		 168 aa  82.8  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.74359 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2639  hypothetical protein  36.69 
 
 		 283 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000954423 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1874  hypothetical protein  33.33 
 
 		 225 aa  81.3  0.000000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1740  hypothetical protein  36.55 
 
 		 138 aa  78.2  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4129  hypothetical protein  36 
 
 		 300 aa  77  0.00000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.409896 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4359  hypothetical protein  37.39 
 
 		 133 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3442  hypothetical protein  31.01 
 
 		 148 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000636062  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1747  hypothetical protein  35.71 
 
 		 128 aa  75.9  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.838706  normal  0.0182475 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3048  hypothetical protein  33.81 
 
 		 143 aa  75.9  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.904899  normal  0.0139913 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2829  hypothetical protein  35.2 
 
 		 280 aa  74.7  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.023481  normal  0.780645 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3728  hypothetical protein  36.52 
 
 		 137 aa  73.9  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.607549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1499  hypothetical protein  33.8 
 
 		 272 aa  73.9  0.0000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0914941 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5701  hypothetical protein  34.78 
 
 		 111 aa  74.3  0.0000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.479655 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1379  hypothetical protein  33.78 
 
 		 162 aa  73.6  0.0000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.951506  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6201  Protein of unknown function DUF2147  31.58 
 
 		 151 aa  72  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3095  hypothetical protein  36.88 
 
 		 143 aa  72  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.304289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3794  hypothetical protein  39.66 
 
 		 134 aa  70.9  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.134727 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4374  hypothetical protein  40 
 
 		 139 aa  70.5  0.000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6444  Protein of unknown function DUF2147  37.07 
 
 		 140 aa  68.9  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1884  hypothetical protein  36.36 
 
 		 119 aa  68.6  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6391  putative signal peptide protein  29.63 
 
 		 145 aa  65.1  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1598  hypothetical protein  30.2 
 
 		 144 aa  65.1  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.267519  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0555  hypothetical protein  32.12 
 
 		 136 aa  64.3  0.0000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0594263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6197  hypothetical protein  31.9 
 
 		 262 aa  60.1  0.000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.701843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3722  Protein of unknown function DUF2147  31.15 
 
 		 143 aa  55.5  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.861772  normal  0.147522 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1124  hypothetical protein  31.21 
 
 		 137 aa  54.3  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4794  hypothetical protein  26.96 
 
 		 150 aa  53.9  0.0000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0246667  normal  0.215514 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0038  putative signal peptide protein  27.01 
 
 		 154 aa  53.1  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.274459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4104  hypothetical protein  32.52 
 
 		 141 aa  51.6  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.713286  normal  0.899389 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0129  hypothetical protein  33.9 
 
 		 188 aa  51.2  0.000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.374028  normal  0.0265018 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4317  hypothetical protein  23.4 
 
 		 146 aa  50.4  0.000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2038  hypothetical protein  28.97 
 
 		 129 aa  49.7  0.00001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2791  hypothetical protein  28.68 
 
 		 129 aa  47.4  0.00006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.385318  normal  0.988228 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2244  hypothetical protein  29.66 
 
 		 126 aa  47.4  0.00006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3056  hypothetical protein  25.44 
 
 		 143 aa  47.4  0.00007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.560509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0919  hypothetical protein  29.66 
 
 		 126 aa  47.4  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0539754  normal  0.0895293 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1033  hypothetical protein  28.06 
 
 		 148 aa  47.4  0.00008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0576  Protein of unknown function DUF2147  26.27 
 
 		 166 aa  45.1  0.0003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03893  putative signal peptide protein  22.32 
 
 		 156 aa  45.4  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.536357 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4322  putative signal peptide protein  27.36 
 
 		 144 aa  44.7  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.338595  normal  0.0273369 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2925  hypothetical protein  34.18 
 
 		 147 aa  44.7  0.0005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.771304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2874  putative signal peptide protein  31.43 
 
 		 157 aa  42  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000419101  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2841  Protein of unknown function DUF2147  26.57 
 
 		 170 aa  41.6  0.003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3698  hypothetical protein  25.87 
 
 		 127 aa  40.4  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>