79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS03893 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS03893  putative signal peptide protein  100 
 
 		 156 aa  324  3e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.536357 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0038  putative signal peptide protein  65.6 
 
 		 154 aa  184  6e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.274459  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6391  putative signal peptide protein  37.24 
 
 		 145 aa  115  3e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4322  putative signal peptide protein  34.53 
 
 		 144 aa  97.8  5e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.338595  normal  0.0273369 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1090  hypothetical protein  33.1 
 
 		 145 aa  90.9  6e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.177825  normal  0.714021 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6201  Protein of unknown function DUF2147  30.56 
 
 		 151 aa  82.4  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6444  Protein of unknown function DUF2147  34.35 
 
 		 140 aa  82  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3048  hypothetical protein  27.97 
 
 		 143 aa  80.9  0.000000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.904899  normal  0.0139913 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1853  Protein of unknown function DUF2147  29.84 
 
 		 149 aa  77  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1033  hypothetical protein  29.45 
 
 		 148 aa  75.5  0.0000000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3114  hypothetical protein  27.78 
 
 		 142 aa  67.4  0.00000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4374  hypothetical protein  30.47 
 
 		 139 aa  64.3  0.0000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3442  hypothetical protein  27.56 
 
 		 148 aa  63.9  0.0000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000636062  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0575  Protein of unknown function DUF2147  33.64 
 
 		 168 aa  63.5  0.000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3095  hypothetical protein  27.97 
 
 		 143 aa  63.2  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.304289  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01791  hypothetical protein  43.21 
 
 		 149 aa  62.4  0.000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.408108  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3794  hypothetical protein  28.26 
 
 		 134 aa  62  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.134727 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0576  Protein of unknown function DUF2147  26.56 
 
 		 166 aa  60.5  0.000000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3486  hypothetical protein  27.33 
 
 		 142 aa  60.5  0.000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3722  Protein of unknown function DUF2147  26.89 
 
 		 143 aa  60.1  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.861772  normal  0.147522 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0802  hypothetical protein  36.84 
 
 		 144 aa  58.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0773  hypothetical protein  36.84 
 
 		 144 aa  58.9  0.00000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2734  hypothetical protein  25.33 
 
 		 156 aa  57.8  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0802358 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2649  hypothetical protein  25.17 
 
 		 166 aa  56.6  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.799269 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1333  hypothetical protein  26.98 
 
 		 123 aa  55.5  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.497148 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4654  hypothetical protein  32.84 
 
 		 153 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.388163  normal  0.225605 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2841  Protein of unknown function DUF2147  34.25 
 
 		 170 aa  53.1  0.000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6081  hypothetical protein  28.57 
 
 		 168 aa  53.5  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3075  putative signal peptide protein  37.14 
 
 		 153 aa  52.8  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.973881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2874  putative signal peptide protein  36.11 
 
 		 157 aa  52  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000419101  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1489  hypothetical protein  31.34 
 
 		 153 aa  52  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.198805  hitchhiker  0.000316489 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1513  hypothetical protein  31.34 
 
 		 153 aa  52  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.715574  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1033  hypothetical protein  31.34 
 
 		 153 aa  52  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.389649  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1742  hypothetical protein  31.34 
 
 		 153 aa  52  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00050816 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1435  hypothetical protein  28.99 
 
 		 153 aa  50.8  0.000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0152926  normal  0.0416375 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1395  hypothetical protein  28.99 
 
 		 153 aa  50.4  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.573491  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0912  hypothetical protein  23.57 
 
 		 145 aa  48.9  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.423404 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1929  hypothetical protein  31.75 
 
 		 153 aa  48.5  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.612499  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1779  putative lipoprotein  31.75 
 
 		 153 aa  48.5  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.329787  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1716  putative signal peptide protein  30.43 
 
 		 161 aa  48.5  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2631  putative signal peptide protein  36.76 
 
 		 151 aa  48.5  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.66393  normal  0.77547 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1034  hypothetical protein  23.77 
 
 		 168 aa  48.5  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.74359 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1493  hypothetical protein  31.75 
 
 		 153 aa  48.9  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0161  hypothetical protein  31.75 
 
 		 153 aa  48.9  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1757  putative lipoprotein  31.75 
 
 		 160 aa  48.9  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.980329  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1046  hypothetical protein  31.75 
 
 		 153 aa  48.9  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.29497  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1005  hypothetical protein  31.75 
 
 		 153 aa  48.9  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.660844  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29440  hypothetical protein  22.37 
 
 		 149 aa  47.8  0.00006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.809204  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2668  hypothetical protein  28.47 
 
 		 147 aa  47.8  0.00006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0103  hypothetical protein  26.32 
 
 		 174 aa  47.4  0.00007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.52835  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2551  putative lipoprotein  30.77 
 
 		 153 aa  47.4  0.00008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.846128  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3740  hypothetical protein  26.05 
 
 		 147 aa  47.4  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00447243  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1645  putative signal peptide protein  25.17 
 
 		 161 aa  46.6  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.399726 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6885  fatty acid hydroxylase  23.33 
 
 		 413 aa  47  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5160  hypothetical protein  24.59 
 
 		 204 aa  46.6  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.131388 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0487  hypothetical protein  31.58 
 
 		 154 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.492113  normal  0.732049 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5609  hypothetical protein  36.78 
 
 		 136 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.343437  normal  0.446429 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3041  conserved hypothetical signal peptide protein  35.29 
 
 		 151 aa  47  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.434971  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2798  putative signal peptide protein  42 
 
 		 152 aa  45.8  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00624822  normal  0.61981 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2807  putative signal peptide protein  28.99 
 
 		 161 aa  45.4  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.937128  normal  0.0582405 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0322  hypothetical protein  33.82 
 
 		 155 aa  45.4  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.200609  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0175  hypothetical protein  27.08 
 
 		 135 aa  45.4  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2348  hypothetical protein  26.49 
 
 		 146 aa  45.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.553066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2391  hypothetical protein  28.67 
 
 		 147 aa  44.7  0.0004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.69026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0418  hypothetical protein  33.77 
 
 		 147 aa  44.7  0.0005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.130226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3433  hypothetical protein  21.8 
 
 		 145 aa  43.9  0.0008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0944  hypothetical protein  27.56 
 
 		 148 aa  43.9  0.0009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.502231  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3624  hypothetical protein  24.18 
 
 		 147 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.13672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1674  hypothetical protein  21.43 
 
 		 147 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3305  hypothetical protein  27.78 
 
 		 134 aa  42.7  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4354  hypothetical protein  27.34 
 
 		 134 aa  43.1  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1710  hypothetical protein  27.5 
 
 		 134 aa  42  0.003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.661743  normal  0.276056 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1175  putative signal peptide protein  30.43 
 
 		 148 aa  42  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4360  hypothetical protein  26.05 
 
 		 165 aa  42.4  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4924  hypothetical protein  29.91 
 
 		 169 aa  41.6  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195094  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1617  hypothetical protein  34.69 
 
 		 154 aa  41.6  0.005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000464775  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0566  hypothetical protein  34.69 
 
 		 133 aa  41.2  0.006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000406238  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1973  hypothetical protein  23.58 
 
 		 179 aa  40.8  0.006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0974788 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3426  hypothetical protein  24.05 
 
 		 178 aa  40.4  0.009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>