More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0876 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_4919  putative DEAD-box cold-shock protein, ATP-independent RNA helicase  72.01 
 
 
656 aa  865    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.730754  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4525  DEAD/DEAH box helicase domain protein  77.13 
 
 
691 aa  864    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4667  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  63.14 
 
 
545 aa  669    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.528462  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1386  DEAD/DEAH box helicase  65.05 
 
 
677 aa  684    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0179  DEAD/DEAH box helicase  72.63 
 
 
679 aa  890    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.970165  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0876  DEAD/DEAH box helicase-like  100 
 
 
659 aa  1335    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3218  DEAD/DEAH box helicase-like  72.5 
 
 
691 aa  907    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2928  DEAD/DEAH box helicase domain protein  60.7 
 
 
545 aa  647    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1589  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.79 
 
 
609 aa  726    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3396  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  61.89 
 
 
583 aa  650    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.112042 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0260  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.28 
 
 
577 aa  632  1e-180  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2184  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.11 
 
 
776 aa  630  1e-179  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.383881 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1826  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.52 
 
 
659 aa  622  1e-177  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00351087 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4450  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.28 
 
 
568 aa  618  1e-175  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.181916 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4914  DEAD/DEAH box helicase domain protein  60.11 
 
 
568 aa  615  1e-175  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2023  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.85 
 
 
651 aa  616  1e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.995582  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4964  DEAD/DEAH box helicase domain protein  60.74 
 
 
567 aa  601  1e-170  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.323707  normal  0.0708927 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.93 
 
 
593 aa  596  1e-169  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.172046 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1119  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.42 
 
 
596 aa  592  1e-168  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.538016 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1832  DEAD/DEAH box helicase-like protein  56.14 
 
 
610 aa  582  1.0000000000000001e-165  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00214348  normal  0.596692 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1844  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.99 
 
 
574 aa  582  1.0000000000000001e-165  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.360564  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0067  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.19 
 
 
626 aa  585  1.0000000000000001e-165  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237297  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0223  DEAD/DEAH box helicase domain protein  70.27 
 
 
505 aa  581  1e-164  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.295607 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2584  DEAD/DEAH box helicase-like  52.8 
 
 
590 aa  569  1e-161  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.780763  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0900  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.63 
 
 
787 aa  570  1e-161  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00172468  normal  0.0499652 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2871  cold-shock dead-box protein A  48.54 
 
 
673 aa  562  1.0000000000000001e-159  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.975529  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0138  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.92 
 
 
644 aa  540  9.999999999999999e-153  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.113541  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0590  DEAD/DEAH box helicase-like  50.08 
 
 
710 aa  541  9.999999999999999e-153  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00331406 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0120  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  53.2 
 
 
626 aa  539  9.999999999999999e-153  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.352683  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2893  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.37 
 
 
764 aa  541  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0124  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  53.01 
 
 
626 aa  536  1e-151  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.232236  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2913  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.71 
 
 
585 aa  534  1e-150  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.898805  normal  0.138469 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0135  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.43 
 
 
793 aa  532  1e-150  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.776582  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1574  DEAD/DEAH box helicase-like  53.86 
 
 
706 aa  532  1e-150  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.226882  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4366  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.06 
 
 
687 aa  513  1e-144  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1485  ATP-dependent RNA helicase  55.24 
 
 
602 aa  504  1e-141  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16789  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0850  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.22 
 
 
730 aa  496  1e-139  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00336665  normal  0.272992 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3243  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.52 
 
 
565 aa  493  9.999999999999999e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.629149  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3044  DEAD/DEAH box helicase-like  52.16 
 
 
565 aa  492  9.999999999999999e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3142  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.62 
 
 
565 aa  495  9.999999999999999e-139  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4213  DEAD/DEAH box helicase-like  83.69 
 
 
340 aa  474  1e-132  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.985867  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0508  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.5 
 
 
558 aa  289  1e-76  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000225477  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3724  ATP-dependent RNA helicase DeaD  33.85 
 
 
664 aa  276  8e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3590  ATP-dependent RNA helicase DeaD  33.85 
 
 
664 aa  275  2.0000000000000002e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.92 
 
 
640 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0637  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.75 
 
 
640 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0583  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.92 
 
 
640 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4001  ATP-dependent RNA helicase DeaD  33.85 
 
 
664 aa  275  2.0000000000000002e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0577  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.23 
 
 
640 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0430169 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0552  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.92 
 
 
640 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3714  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.99 
 
 
634 aa  272  1e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00250632  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03693  ATP-dependent RNA helicase  34.01 
 
 
589 aa  265  3e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1397  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.13 
 
 
533 aa  264  3e-69  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.796672  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0495  ATP-dependent RNA helicase DeaD  32.72 
 
 
653 aa  261  3e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.148315  normal  0.959969 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0528  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.55 
 
 
622 aa  261  3e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0814  ATP-dependent RNA helicase DeaD  34.09 
 
 
632 aa  261  4e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0212558  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4034  ATP-dependent RNA helicase DeaD  32.43 
 
 
623 aa  260  6e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3424  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.55 
 
 
622 aa  260  6e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.55 
 
 
619 aa  259  9e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3753  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.5 
 
 
908 aa  259  1e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.237591  normal  0.30492 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1365  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.61 
 
 
529 aa  259  2e-67  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0649  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.34 
 
 
532 aa  258  3e-67  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1083  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.42 
 
 
536 aa  258  3e-67  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0924  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.18 
 
 
599 aa  257  4e-67  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1921  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.6 
 
 
532 aa  257  4e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000118371  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3459  ATP-dependent RNA helicase DeaD  32.99 
 
 
624 aa  258  4e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.319039  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1118  helicase, C-terminal:DbpA, RNA-binding:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  34.11 
 
 
606 aa  257  5e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.892999  normal  0.51461 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1927  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.75 
 
 
594 aa  257  5e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.118281  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09651  putative ATP-dependent RNA helicase  34.6 
 
 
636 aa  257  5e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0531  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.28 
 
 
599 aa  256  7e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.76 
 
 
514 aa  256  7e-67  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3619  helicase, C-terminal:DbpA, RNA-binding:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  34.86 
 
 
557 aa  256  8e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.219568 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3340  ATP-dependent RNA helicase DeaD  33.16 
 
 
621 aa  256  9e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1775  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  34.55 
 
 
562 aa  256  9e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1443  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.13 
 
 
560 aa  256  9e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.31662  normal  0.276111 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0371  hypothetical protein  31.28 
 
 
656 aa  256  1.0000000000000001e-66  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1477  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.58 
 
 
559 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.682084  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1854  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.04 
 
 
610 aa  254  3e-66  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3818  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.25 
 
 
527 aa  254  3e-66  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00215503  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1868  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  35.11 
 
 
559 aa  254  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0935982  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3847  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.11 
 
 
559 aa  254  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.460611  normal  0.310213 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3034  ATP-dependent RNA helicase DeaD  30.8 
 
 
595 aa  254  4.0000000000000004e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000047314  decreased coverage  0.00000137402 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0591  ATP-dependent RNA helicase DeaD  33.74 
 
 
625 aa  254  4.0000000000000004e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1725  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.94 
 
 
595 aa  254  5.000000000000001e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2820  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.58 
 
 
556 aa  254  5.000000000000001e-66  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00179058  normal  0.0521879 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1648  DEAD/DEAH box helicase-like  38.64 
 
 
607 aa  253  6e-66  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1774  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.76 
 
 
589 aa  253  9.000000000000001e-66  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0189  ATP-dependent RNA helicase DbpA  42.24 
 
 
460 aa  252  1e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4969  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.14 
 
 
584 aa  251  2e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.465149  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0250  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.08 
 
 
643 aa  251  2e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.173354  decreased coverage  0.00154512 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2009  DEAD/DEAH box helicase-like  32.34 
 
 
574 aa  251  2e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0704  ATP-dependent RNA helicase  33.14 
 
 
601 aa  252  2e-65  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0512  ATP-dependent RNA helicase DeaD  31.84 
 
 
637 aa  251  3e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.782929 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28600  DNA/RNA helicase, superfamily II  33.51 
 
 
570 aa  250  5e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.219312 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1040  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.74 
 
 
550 aa  250  5e-65  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3573  ATP-dependent RNA helicase DeaD  33.16 
 
 
629 aa  250  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3467  ATP-dependent RNA helicase DeaD  33.16 
 
 
629 aa  250  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3577  ATP-dependent RNA helicase DbpA  44.19 
 
 
473 aa  250  6e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3467  ATP-dependent RNA helicase DeaD  33.16 
 
 
629 aa  250  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0636  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.29 
 
 
605 aa  250  7e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0593463 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>