More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0854 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0854  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  639    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.09 
 
 		 302 aa  182  7e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_003296  RS00906  transcription regulator protein  34.6 
 
 		 292 aa  176  3e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.440828 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1475  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 325 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 298 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 290 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  32.59 
 
 		 343 aa  171  2e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16470  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 291 aa  169  4e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0474  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 294 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0604  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 303 aa  166  4e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3968  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 303 aa  165  8e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3219  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00312841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 299 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 306 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4124  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 303 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.774115  decreased coverage  0.0000191033 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 296 aa  162  6e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 305 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 294 aa  162  7e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 316 aa  162  8.000000000000001e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 294 aa  162  9e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3870  putative transcriptional regulator  32.76 
 
 		 289 aa  162  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.405251  normal  0.618692 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0493  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 291 aa  161  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 312 aa  159  4e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 300 aa  159  8e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  29.59 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 317 aa  156  4e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 299 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 399 aa  156  4e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 294 aa  156  4e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 299 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  30.93 
 
 		 295 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 298 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1670  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 295 aa  156  6e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.969341  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 298 aa  155  6e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 306 aa  155  8e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 296 aa  155  8e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 304 aa  155  1e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 299 aa  154  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  31.67 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3156  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000483738  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0579  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.264482  normal  0.0538028 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 292 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 292 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 301 aa  153  5e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 313 aa  152  5e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 303 aa  153  5e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 299 aa  153  5e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3299  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 307 aa  152  5e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.244335  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 292 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3572  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 312 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.439946  hitchhiker  0.00313021 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 292 aa  152  8e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  31.31 
 
 		 308 aa  152  8.999999999999999e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 313 aa  151  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 292 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  29.62 
 
 		 300 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5416  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 312 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.454667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 299 aa  151  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3439  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0327434  normal  0.240925 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3510  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 317 aa  150  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0839  transcriptional regulator, LysR family  27.59 
 
 		 303 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.771385  hitchhiker  0.0000128794 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0695  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000273507  normal  0.730196 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 302 aa  150  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 295 aa  150  3e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3521  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 303 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00124324  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4949  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.58153 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0521  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 317 aa  150  3e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0814  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 303 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000116496  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 292 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0846  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 303 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.579018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0522  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 317 aa  150  3e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3327  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 303 aa  150  3e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.114009  normal  0.9019 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 291 aa  150  4e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  32.06 
 
 		 300 aa  149  4e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 292 aa  149  5e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2119  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 325 aa  149  5e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2190  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 304 aa  149  6e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0283977  normal  0.469173 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 302 aa  149  6e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2240  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 325 aa  149  6e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2963  LysR, substrate-binding  27.34 
 
 		 303 aa  149  6e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0547  transcriptional regulator, LysR family protein  27.34 
 
 		 303 aa  149  7e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444887  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 306 aa  149  7e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  31.38 
 
 		 293 aa  149  7e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2027  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 321 aa  149  7e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.4312  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 289 aa  149  8e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  27.53 
 
 		 307 aa  148  9e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  27.53 
 
 		 307 aa  148  9e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>