More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3597 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3597  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  100 
 
 		 543 aa  1110    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2927  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  78.06 
 
 		 509 aa  834    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.686689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1871  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  86.19 
 
 		 524 aa  922    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.394568  normal  0.852293 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1967  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  83.76 
 
 		 514 aa  902    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.595404  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0423  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.48 
 
 		 509 aa  525  1e-148  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0804  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.49 
 
 		 516 aa  517  1.0000000000000001e-145  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.48042 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3839  AMP-dependent synthetase and ligase  49.71 
 
 		 508 aa  504  1e-141  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5528  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50 
 
 		 509 aa  499  1e-140  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3057  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.49 
 
 		 499 aa  478  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.847241  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3215  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.11 
 
 		 500 aa  471  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3874  AMP-dependent synthetase and ligase  48.77 
 
 		 510 aa  468  9.999999999999999e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0282  AMP-dependent synthetase and ligase  46.89 
 
 		 492 aa  454  1.0000000000000001e-126  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.376129  normal  0.234171 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3166  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.53 
 
 		 501 aa  446  1.0000000000000001e-124  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130976  hitchhiker  0.0000354644 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4093  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.68 
 
 		 497 aa  444  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0327517  normal  0.151728 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6480  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.89 
 
 		 513 aa  444  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3980  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.68 
 
 		 497 aa  444  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.310048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1368  AMP-dependent synthetase and ligase  40.38 
 
 		 515 aa  367  1e-100  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.663143  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2641  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.55 
 
 		 516 aa  367  1e-100  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.517138  normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1681  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.64 
 
 		 514 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2838  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.22 
 
 		 515 aa  358  9.999999999999999e-98  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.153198 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3089  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.55 
 
 		 522 aa  354  2.9999999999999997e-96  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.196285  normal  0.363977 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01193  acyl-CoA synthase  39.24 
 
 		 544 aa  352  8.999999999999999e-96  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0176178  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3612  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.69 
 
 		 514 aa  352  1e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6823  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase I  41.28 
 
 		 492 aa  351  2e-95  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2695  AMP-dependent synthetase and ligase  42.14 
 
 		 516 aa  349  7e-95  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2397  AMP-dependent synthetase and ligase  39.26 
 
 		 516 aa  348  1e-94  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.264456  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1465  acyl-CoA synthetase  41.33 
 
 		 487 aa  347  3e-94  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.845905  normal  0.967698 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.79 
 
 		 513 aa  344  2e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40 
 
 		 512 aa  345  2e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.100628  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1902  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.85 
 
 		 518 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.889055  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0912  AMP-dependent synthetase and ligase  38.39 
 
 		 515 aa  337  2.9999999999999997e-91  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.881726 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3161  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.8 
 
 		 516 aa  336  5e-91  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0166  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.48 
 
 		 506 aa  334  3e-90  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.278782 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2714  AMP-dependent synthetase and ligase  39.69 
 
 		 546 aa  333  6e-90  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0449  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.51 
 
 		 516 aa  330  3e-89  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.93416 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1905  AMP-dependent synthetase and ligase  38.51 
 
 		 512 aa  330  4e-89  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.97218  normal  0.26016 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3399  AMP-dependent synthetase and ligase  39.06 
 
 		 522 aa  330  4e-89  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3984  AMP-dependent synthetase and ligase  40.59 
 
 		 521 aa  330  5.0000000000000004e-89  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.446284  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1481  AMP-dependent synthetase and ligase  39.26 
 
 		 525 aa  330  6e-89  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0015  acyl-CoA synthetase  40 
 
 		 511 aa  329  1.0000000000000001e-88  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.323665 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0177  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.08 
 
 		 506 aa  328  1.0000000000000001e-88  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.761031  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0218  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.29 
 
 		 516 aa  328  1.0000000000000001e-88  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0925378 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0186  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.08 
 
 		 506 aa  328  1.0000000000000001e-88  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0230763  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1124  AMP-dependent synthetase and ligase  38.35 
 
 		 509 aa  325  1e-87  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.719867  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.18 
 
 		 512 aa  325  2e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1347  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.97 
 
 		 512 aa  324  3e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1502  acyl-CoA synthetase  38.39 
 
 		 515 aa  323  3e-87  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2738  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.85 
 
 		 522 aa  323  4e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1502  acyl-CoA synthetase  38.58 
 
 		 515 aa  323  5e-87  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1525  acyl-CoA synthetase  38.58 
 
 		 515 aa  323  5e-87  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10216  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.26 
 
 		 537 aa  319  7e-86  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3605  acyl-CoA synthetase  37.67 
 
 		 514 aa  316  6e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.133038  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0104  AMP-dependent synthetase and ligase  37.94 
 
 		 524 aa  315  9.999999999999999e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.256556 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2707  AMP-dependent synthetase and ligase  39.49 
 
 		 519 aa  315  1.9999999999999998e-84  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0621527  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4161  acyl-CoA synthetase  37.65 
 
 		 517 aa  314  2.9999999999999996e-84  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0848  AMP-dependent synthetase and ligase  35.05 
 
 		 517 aa  312  9e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5032  acyl-CoA synthetase  39.16 
 
 		 501 aa  311  2e-83  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.672582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4737  acyl-CoA synthetase  39.16 
 
 		 501 aa  310  2.9999999999999997e-83  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.987006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4649  acyl-CoA synthetase  39.16 
 
 		 501 aa  310  2.9999999999999997e-83  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5158  putative o-succinylbenzoate-CoA ligase  35.89 
 
 		 527 aa  310  4e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.20469 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3266  AMP-dependent synthetase and ligase  36.61 
 
 		 511 aa  309  6.999999999999999e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5310  acyl-CoA synthetase  37.36 
 
 		 516 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0121  AMP-dependent synthetase and ligase  38.89 
 
 		 522 aa  305  1.0000000000000001e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0696  AMP-dependent synthetase and ligase  37.72 
 
 		 521 aa  305  2.0000000000000002e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4410  acyl-CoA synthetase  36.76 
 
 		 516 aa  304  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.648302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0221  AMP-dependent synthetase and ligase  36.06 
 
 		 510 aa  303  6.000000000000001e-81  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4700  acyl-CoA synthetase  37.89 
 
 		 516 aa  303  7.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2787  AMP-dependent synthetase and ligase  36.78 
 
 		 518 aa  302  8.000000000000001e-81  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.296837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0570  AMP-dependent synthetase and ligase  36.81 
 
 		 525 aa  302  1e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.356446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0681  acyl-CoA synthetase  37.48 
 
 		 520 aa  301  2e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2936  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.33 
 
 		 536 aa  293  7e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.098527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6739  AMP-dependent synthetase and ligase  36.55 
 
 		 532 aa  291  2e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0799452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3855  AMP-dependent synthetase and ligase  37.55 
 
 		 523 aa  284  3.0000000000000004e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.713722 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3247  AMP-dependent synthetase and ligase  35.07 
 
 		 497 aa  271  2.9999999999999997e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.640388 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4096  AMP-dependent synthetase and ligase  36.2 
 
 		 508 aa  267  4e-70  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0377217  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4604  AMP-dependent synthetase and ligase  34.62 
 
 		 492 aa  264  4e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.37521 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1034  AMP-dependent synthetase and ligase  34.31 
 
 		 495 aa  263  6e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  35.37 
 
 		 521 aa  263  8e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  33.99 
 
 		 523 aa  261  2e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6618  AMP-dependent synthetase and ligase  36.31 
 
 		 493 aa  260  5.0000000000000005e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  34.62 
 
 		 512 aa  259  7e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  32.86 
 
 		 524 aa  259  1e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0861  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 514 aa  259  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  33.65 
 
 		 520 aa  257  4e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.05 
 
 		 530 aa  256  6e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1211  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.14 
 
 		 527 aa  256  7e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  32.72 
 
 		 518 aa  254  3e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  32.16 
 
 		 511 aa  254  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  33.71 
 
 		 515 aa  252  1e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1538  AMP-dependent synthetase and ligase  33.71 
 
 		 515 aa  252  1e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  35.23 
 
 		 520 aa  251  2e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6056  AMP-dependent synthetase and ligase  31.55 
 
 		 515 aa  249  8e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  35.88 
 
 		 511 aa  248  2e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  32.68 
 
 		 515 aa  248  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0351  AMP-dependent synthetase and ligase  34.98 
 
 		 507 aa  248  2e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.46 
 
 		 525 aa  247  3e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  33.53 
 
 		 509 aa  248  3e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0868  AMP-dependent synthetase and ligase  34 
 
 		 534 aa  246  6.999999999999999e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1029  AMP-dependent synthetase and ligase  32.39 
 
 		 499 aa  246  8e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1666  AMP-dependent synthetase and ligase  31.27 
 
 		 518 aa  245  9.999999999999999e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.144653  normal  0.373713 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>