More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3215 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A3057  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  78.6 
 
 		 499 aa  804    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.847241  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3215  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  100 
 
 		 500 aa  1011    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3980  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.6 
 
 		 497 aa  634    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.310048  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4093  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.6 
 
 		 497 aa  634    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0327517  normal  0.151728 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3166  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.83 
 
 		 501 aa  590  1e-167  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130976  hitchhiker  0.0000354644 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2927  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.9 
 
 		 509 aa  472  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.686689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3597  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.11 
 
 		 543 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1871  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.32 
 
 		 524 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.394568  normal  0.852293 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1967  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.21 
 
 		 514 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.595404  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3874  AMP-dependent synthetase and ligase  47.9 
 
 		 510 aa  445  1.0000000000000001e-124  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5528  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.99 
 
 		 509 aa  414  1e-114  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0282  AMP-dependent synthetase and ligase  46.3 
 
 		 492 aa  406  1.0000000000000001e-112  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.376129  normal  0.234171 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3839  AMP-dependent synthetase and ligase  42.94 
 
 		 508 aa  402  1e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0804  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.31 
 
 		 516 aa  405  1e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.48042 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0423  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.99 
 
 		 509 aa  383  1e-105  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1368  AMP-dependent synthetase and ligase  39.6 
 
 		 515 aa  361  2e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.663143  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6480  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.91 
 
 		 513 aa  352  7e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1481  AMP-dependent synthetase and ligase  39.21 
 
 		 525 aa  336  5.999999999999999e-91  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01193  acyl-CoA synthase  36.52 
 
 		 544 aa  329  9e-89  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0176178  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3089  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.1 
 
 		 522 aa  327  3e-88  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.196285  normal  0.363977 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2641  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.4 
 
 		 516 aa  323  5e-87  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.517138  normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0912  AMP-dependent synthetase and ligase  40.04 
 
 		 515 aa  322  9.999999999999999e-87  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.881726 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2695  AMP-dependent synthetase and ligase  40.9 
 
 		 516 aa  320  3.9999999999999996e-86  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6823  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase I  38.76 
 
 		 492 aa  315  9.999999999999999e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1465  acyl-CoA synthetase  39.83 
 
 		 487 aa  313  3.9999999999999997e-84  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.845905  normal  0.967698 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1681  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.2 
 
 		 514 aa  313  4.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1905  AMP-dependent synthetase and ligase  37.85 
 
 		 512 aa  313  5.999999999999999e-84  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.97218  normal  0.26016 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.33 
 
 		 513 aa  311  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1902  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.19 
 
 		 518 aa  311  2e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.889055  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3984  AMP-dependent synthetase and ligase  36.71 
 
 		 521 aa  310  5e-83  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.446284  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4161  acyl-CoA synthetase  39.55 
 
 		 517 aa  308  1.0000000000000001e-82  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2838  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.04 
 
 		 515 aa  308  1.0000000000000001e-82  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.153198 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10216  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.02 
 
 		 537 aa  306  6e-82  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0449  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.45 
 
 		 516 aa  306  7e-82  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.93416 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0218  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.3 
 
 		 516 aa  306  7e-82  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0925378 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5158  putative o-succinylbenzoate-CoA ligase  38.26 
 
 		 527 aa  305  2.0000000000000002e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.20469 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2707  AMP-dependent synthetase and ligase  39.67 
 
 		 519 aa  303  3.0000000000000004e-81  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0621527  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0166  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.32 
 
 		 506 aa  303  4.0000000000000003e-81  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.278782 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.74 
 
 		 512 aa  303  6.000000000000001e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3612  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.81 
 
 		 514 aa  303  6.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0177  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.3 
 
 		 506 aa  300  3e-80  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.761031  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0186  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.3 
 
 		 506 aa  300  3e-80  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0230763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3605  acyl-CoA synthetase  35.61 
 
 		 514 aa  299  6e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.133038  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.46 
 
 		 512 aa  299  7e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.100628  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3266  AMP-dependent synthetase and ligase  37.76 
 
 		 511 aa  297  3e-79  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2397  AMP-dependent synthetase and ligase  36.93 
 
 		 516 aa  296  7e-79  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.264456  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2787  AMP-dependent synthetase and ligase  39.92 
 
 		 518 aa  295  2e-78  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.296837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0570  AMP-dependent synthetase and ligase  34.73 
 
 		 525 aa  295  2e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.356446  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1124  AMP-dependent synthetase and ligase  38.56 
 
 		 509 aa  292  7e-78  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.719867  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2714  AMP-dependent synthetase and ligase  38.98 
 
 		 546 aa  292  8e-78  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5310  acyl-CoA synthetase  36.56 
 
 		 516 aa  291  2e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3855  AMP-dependent synthetase and ligase  37.7 
 
 		 523 aa  291  2e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.713722 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1347  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.33 
 
 		 512 aa  290  3e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3161  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.89 
 
 		 516 aa  290  5.0000000000000004e-77  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4410  acyl-CoA synthetase  36.09 
 
 		 516 aa  288  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.648302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6739  AMP-dependent synthetase and ligase  36.07 
 
 		 532 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0799452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1502  acyl-CoA synthetase  35.34 
 
 		 515 aa  287  2.9999999999999996e-76  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4700  acyl-CoA synthetase  35.79 
 
 		 516 aa  286  5e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0221  AMP-dependent synthetase and ligase  37.08 
 
 		 510 aa  285  1.0000000000000001e-75  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1502  acyl-CoA synthetase  35.09 
 
 		 515 aa  285  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1525  acyl-CoA synthetase  35.09 
 
 		 515 aa  285  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0681  acyl-CoA synthetase  36.35 
 
 		 520 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0104  AMP-dependent synthetase and ligase  36.77 
 
 		 524 aa  282  9e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.256556 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0015  acyl-CoA synthetase  38.64 
 
 		 511 aa  280  4e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.323665 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0848  AMP-dependent synthetase and ligase  33 
 
 		 517 aa  280  6e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5032  acyl-CoA synthetase  38.75 
 
 		 501 aa  276  5e-73  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.672582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3399  AMP-dependent synthetase and ligase  37.6 
 
 		 522 aa  275  1.0000000000000001e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2936  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.45 
 
 		 536 aa  275  2.0000000000000002e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.098527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4649  acyl-CoA synthetase  38.54 
 
 		 501 aa  274  3e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4737  acyl-CoA synthetase  38.54 
 
 		 501 aa  274  3e-72  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.987006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0121  AMP-dependent synthetase and ligase  36.71 
 
 		 522 aa  264  3e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0696  AMP-dependent synthetase and ligase  35.93 
 
 		 521 aa  260  3e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2738  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.87 
 
 		 522 aa  259  6e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  36.38 
 
 		 520 aa  258  2e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4096  AMP-dependent synthetase and ligase  34.78 
 
 		 508 aa  254  3e-66  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0377217  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6618  AMP-dependent synthetase and ligase  35.89 
 
 		 493 aa  253  7e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3247  AMP-dependent synthetase and ligase  33.26 
 
 		 497 aa  250  3e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.640388 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3758  acyl-CoA synthetase  35.44 
 
 		 548 aa  249  6e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.102214  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3831  acyl-CoA synthetase  35.44 
 
 		 548 aa  249  6e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.948087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.31 
 
 		 530 aa  249  1e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3770  acyl-CoA synthetase  35.44 
 
 		 548 aa  249  1e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4225  acyl-CoA synthetase  34.1 
 
 		 530 aa  245  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1034  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 495 aa  243  7.999999999999999e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3694  AMP-dependent synthetase and ligase  33.81 
 
 		 532 aa  241  2e-62  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.178139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.98 
 
 		 525 aa  240  5e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6056  AMP-dependent synthetase and ligase  35.07 
 
 		 515 aa  239  5.999999999999999e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2987  AMP-dependent synthetase and ligase  34.03 
 
 		 534 aa  237  4e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.734432  normal  0.0264415 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  32.66 
 
 		 511 aa  235  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11456  acyl-CoA synthetase  33.92 
 
 		 535 aa  234  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0248769 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2427  acyl-CoA synthetase  34.09 
 
 		 535 aa  234  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.206901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1025  AMP-dependent synthetase and ligase  33.54 
 
 		 498 aa  233  5e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4678  AMP-dependent synthetase and ligase  34.72 
 
 		 539 aa  233  7.000000000000001e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1029  AMP-dependent synthetase and ligase  31.21 
 
 		 499 aa  232  1e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.75 
 
 		 526 aa  231  3e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1211  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.8 
 
 		 527 aa  230  4e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 525 aa  230  4e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  32.32 
 
 		 512 aa  228  1e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0435  acyl-CoA synthetase  32.25 
 
 		 544 aa  228  1e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.232692 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4127  acyl-CoA synthetase  32.58 
 
 		 540 aa  228  2e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  31.46 
 
 		 499 aa  228  2e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>