More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3612 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1902  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  85.05 
 
 		 518 aa  931    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.889055  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1681  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  94.36 
 
 		 514 aa  1022    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  83.37 
 
 		 512 aa  899    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.100628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  79.65 
 
 		 513 aa  874    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3612  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  100 
 
 		 514 aa  1067    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1347  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  58.59 
 
 		 512 aa  618  1e-176  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0848  AMP-dependent synthetase and ligase  59.14 
 
 		 517 aa  617  1e-175  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1905  AMP-dependent synthetase and ligase  57.2 
 
 		 512 aa  607  9.999999999999999e-173  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.97218  normal  0.26016 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3266  AMP-dependent synthetase and ligase  57.68 
 
 		 511 aa  607  9.999999999999999e-173  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3605  acyl-CoA synthetase  55.62 
 
 		 514 aa  580  1e-164  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.133038  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0221  AMP-dependent synthetase and ligase  55.19 
 
 		 510 aa  560  1e-158  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.09 
 
 		 512 aa  542  1e-153  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3161  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.27 
 
 		 516 aa  540  9.999999999999999e-153  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0681  acyl-CoA synthetase  52.24 
 
 		 520 aa  531  1e-149  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0912  AMP-dependent synthetase and ligase  50.97 
 
 		 515 aa  521  1e-146  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.881726 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4700  acyl-CoA synthetase  52.27 
 
 		 516 aa  513  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4410  acyl-CoA synthetase  51.47 
 
 		 516 aa  511  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.648302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5310  acyl-CoA synthetase  51.74 
 
 		 516 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2714  AMP-dependent synthetase and ligase  49.21 
 
 		 546 aa  494  9.999999999999999e-139  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0449  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.8 
 
 		 516 aa  491  1e-137  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.93416 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0218  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.22 
 
 		 516 aa  489  1e-137  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0925378 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5158  putative o-succinylbenzoate-CoA ligase  48.43 
 
 		 527 aa  489  1e-137  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.20469 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2397  AMP-dependent synthetase and ligase  49.71 
 
 		 516 aa  488  1e-136  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.264456  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2738  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.12 
 
 		 522 aa  486  1e-136  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0015  acyl-CoA synthetase  49.51 
 
 		 511 aa  484  1e-135  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.323665 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0166  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.6 
 
 		 506 aa  484  1e-135  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.278782 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1525  acyl-CoA synthetase  47.69 
 
 		 515 aa  479  1e-134  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1502  acyl-CoA synthetase  47.5 
 
 		 515 aa  479  1e-134  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0177  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.4 
 
 		 506 aa  481  1e-134  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.761031  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1502  acyl-CoA synthetase  47.69 
 
 		 515 aa  479  1e-134  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0186  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.4 
 
 		 506 aa  481  1e-134  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0230763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3399  AMP-dependent synthetase and ligase  47.72 
 
 		 522 aa  475  1e-133  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2695  AMP-dependent synthetase and ligase  46.78 
 
 		 516 aa  470  1.0000000000000001e-131  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4161  acyl-CoA synthetase  47.9 
 
 		 517 aa  468  9.999999999999999e-131  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2936  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.9 
 
 		 536 aa  465  1e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.098527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10216  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.78 
 
 		 537 aa  459  9.999999999999999e-129  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5032  acyl-CoA synthetase  49.11 
 
 		 501 aa  460  9.999999999999999e-129  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.672582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4737  acyl-CoA synthetase  48.92 
 
 		 501 aa  457  1e-127  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.987006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4649  acyl-CoA synthetase  48.92 
 
 		 501 aa  457  1e-127  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1124  AMP-dependent synthetase and ligase  47.83 
 
 		 509 aa  450  1e-125  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.719867  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6056  AMP-dependent synthetase and ligase  45.13 
 
 		 515 aa  444  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0121  AMP-dependent synthetase and ligase  46.09 
 
 		 522 aa  441  9.999999999999999e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0104  AMP-dependent synthetase and ligase  45.24 
 
 		 524 aa  435  1e-121  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.256556 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0696  AMP-dependent synthetase and ligase  44.62 
 
 		 521 aa  429  1e-119  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1465  acyl-CoA synthetase  42.8 
 
 		 487 aa  377  1e-103  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.845905  normal  0.967698 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3984  AMP-dependent synthetase and ligase  42.58 
 
 		 521 aa  376  1e-103  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.446284  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2641  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.78 
 
 		 516 aa  374  1e-102  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.517138  normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3089  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.42 
 
 		 522 aa  363  3e-99  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.196285  normal  0.363977 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1481  AMP-dependent synthetase and ligase  43.9 
 
 		 525 aa  362  7.0000000000000005e-99  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2838  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.75 
 
 		 515 aa  361  2e-98  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.153198 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6823  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase I  41.98 
 
 		 492 aa  360  3e-98  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0570  AMP-dependent synthetase and ligase  42.09 
 
 		 525 aa  357  2.9999999999999997e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.356446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3597  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.69 
 
 		 543 aa  352  1e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2927  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.68 
 
 		 509 aa  347  2e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.686689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0804  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.53 
 
 		 516 aa  343  4e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.48042 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3839  AMP-dependent synthetase and ligase  40.48 
 
 		 508 aa  336  5.999999999999999e-91  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1967  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.3 
 
 		 514 aa  335  2e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.595404  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2787  AMP-dependent synthetase and ligase  38.34 
 
 		 518 aa  331  2e-89  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.296837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1871  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.13 
 
 		 524 aa  330  6e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.394568  normal  0.852293 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3057  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.6 
 
 		 499 aa  325  2e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.847241  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2707  AMP-dependent synthetase and ligase  39.54 
 
 		 519 aa  322  9.000000000000001e-87  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0621527  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0423  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.11 
 
 		 509 aa  320  3e-86  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3874  AMP-dependent synthetase and ligase  35.63 
 
 		 510 aa  311  2e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4093  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.08 
 
 		 497 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0327517  normal  0.151728 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3980  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.08 
 
 		 497 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.310048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3166  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.38 
 
 		 501 aa  308  2.0000000000000002e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130976  hitchhiker  0.0000354644 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5528  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.99 
 
 		 509 aa  307  4.0000000000000004e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6480  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.4 
 
 		 513 aa  303  6.000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3215  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.81 
 
 		 500 aa  303  6.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0282  AMP-dependent synthetase and ligase  38.89 
 
 		 492 aa  300  3e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.376129  normal  0.234171 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1368  AMP-dependent synthetase and ligase  34.05 
 
 		 515 aa  286  8e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.663143  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01193  acyl-CoA synthase  34.16 
 
 		 544 aa  263  6e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0176178  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.33 
 
 		 525 aa  262  1e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3247  AMP-dependent synthetase and ligase  34.52 
 
 		 497 aa  261  2e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.640388 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  33.59 
 
 		 509 aa  257  4e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1600  AMP-dependent synthetase and ligase  33.07 
 
 		 496 aa  254  3e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.21 
 
 		 525 aa  252  1e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4604  AMP-dependent synthetase and ligase  32.68 
 
 		 492 aa  251  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.37521 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  34.42 
 
 		 520 aa  251  2e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3855  AMP-dependent synthetase and ligase  33.47 
 
 		 523 aa  249  7e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.713722 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.38 
 
 		 525 aa  249  8e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1666  AMP-dependent synthetase and ligase  31.98 
 
 		 518 aa  248  2e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.144653  normal  0.373713 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1112  putative acyl-CoA ligase  35.38 
 
 		 504 aa  246  9e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.29648 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 509 aa  245  9.999999999999999e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  32.62 
 
 		 511 aa  245  9.999999999999999e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  32.86 
 
 		 525 aa  243  5e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1034  AMP-dependent synthetase and ligase  33.61 
 
 		 495 aa  242  1e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.88 
 
 		 526 aa  242  1e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1029  AMP-dependent synthetase and ligase  33 
 
 		 499 aa  242  1e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.21 
 
 		 526 aa  242  1e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.95 
 
 		 525 aa  241  2e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.88 
 
 		 525 aa  241  2.9999999999999997e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1025  AMP-dependent synthetase and ligase  33.26 
 
 		 498 aa  239  1e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1676  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.3 
 
 		 526 aa  239  1e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4096  AMP-dependent synthetase and ligase  34.43 
 
 		 508 aa  238  3e-61  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0377217  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0707  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.6 
 
 		 518 aa  237  5.0000000000000005e-61  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.413153  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  32.82 
 
 		 515 aa  235  2.0000000000000002e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2026  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.95 
 
 		 517 aa  235  2.0000000000000002e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.342397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  34.71 
 
 		 517 aa  234  4.0000000000000004e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2745  AMP-dependent synthetase and ligase  32.63 
 
 		 519 aa  233  5e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000193004  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>