More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4410 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_5310  acyl-CoA synthetase  90.5 
 
 		 516 aa  984    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4700  acyl-CoA synthetase  93.02 
 
 		 516 aa  1012    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4410  acyl-CoA synthetase  100 
 
 		 516 aa  1077    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.648302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0681  acyl-CoA synthetase  79.42 
 
 		 520 aa  871    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0848  AMP-dependent synthetase and ligase  55.11 
 
 		 517 aa  566  1e-160  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1502  acyl-CoA synthetase  52.8 
 
 		 515 aa  554  1e-156  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1502  acyl-CoA synthetase  52.42 
 
 		 515 aa  550  1e-155  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1525  acyl-CoA synthetase  52.42 
 
 		 515 aa  550  1e-155  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1347  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.62 
 
 		 512 aa  546  1e-154  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1902  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.28 
 
 		 518 aa  530  1e-149  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.889055  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1905  AMP-dependent synthetase and ligase  50.78 
 
 		 512 aa  523  1e-147  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.97218  normal  0.26016 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1681  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.66 
 
 		 514 aa  518  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3266  AMP-dependent synthetase and ligase  50.78 
 
 		 511 aa  515  1.0000000000000001e-145  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3612  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.47 
 
 		 514 aa  511  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3605  acyl-CoA synthetase  50.29 
 
 		 514 aa  504  1e-141  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.133038  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.69 
 
 		 513 aa  502  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.1 
 
 		 512 aa  504  1e-141  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.47 
 
 		 512 aa  497  1e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.100628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3161  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.89 
 
 		 516 aa  493  9.999999999999999e-139  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0221  AMP-dependent synthetase and ligase  47.96 
 
 		 510 aa  481  1e-134  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0166  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.89 
 
 		 506 aa  469  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.278782 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0177  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.89 
 
 		 506 aa  469  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.761031  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0186  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.89 
 
 		 506 aa  469  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0230763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2738  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.14 
 
 		 522 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2397  AMP-dependent synthetase and ligase  48.75 
 
 		 516 aa  465  9.999999999999999e-131  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.264456  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0218  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.32 
 
 		 516 aa  465  9.999999999999999e-131  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0925378 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0912  AMP-dependent synthetase and ligase  47.66 
 
 		 515 aa  464  1e-129  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.881726 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0449  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.05 
 
 		 516 aa  461  9.999999999999999e-129  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.93416 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2695  AMP-dependent synthetase and ligase  46.46 
 
 		 516 aa  456  1e-127  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2714  AMP-dependent synthetase and ligase  47.85 
 
 		 546 aa  456  1e-127  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10216  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.58 
 
 		 537 aa  452  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3399  AMP-dependent synthetase and ligase  47.13 
 
 		 522 aa  449  1e-125  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1124  AMP-dependent synthetase and ligase  47.09 
 
 		 509 aa  447  1.0000000000000001e-124  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.719867  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2936  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.57 
 
 		 536 aa  446  1.0000000000000001e-124  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.098527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4161  acyl-CoA synthetase  46.37 
 
 		 517 aa  438  9.999999999999999e-123  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0015  acyl-CoA synthetase  45.31 
 
 		 511 aa  432  1e-120  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.323665 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5032  acyl-CoA synthetase  44.69 
 
 		 501 aa  416  9.999999999999999e-116  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.672582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4737  acyl-CoA synthetase  44.49 
 
 		 501 aa  412  1e-114  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.987006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5158  putative o-succinylbenzoate-CoA ligase  43.39 
 
 		 527 aa  412  1e-114  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.20469 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4649  acyl-CoA synthetase  44.49 
 
 		 501 aa  412  1e-114  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0696  AMP-dependent synthetase and ligase  43 
 
 		 521 aa  397  1e-109  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6056  AMP-dependent synthetase and ligase  41.92 
 
 		 515 aa  395  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1481  AMP-dependent synthetase and ligase  44.6 
 
 		 525 aa  386  1e-106  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0104  AMP-dependent synthetase and ligase  41.34 
 
 		 524 aa  380  1e-104  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.256556 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3984  AMP-dependent synthetase and ligase  41.73 
 
 		 521 aa  380  1e-104  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.446284  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2641  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.54 
 
 		 516 aa  377  1e-103  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.517138  normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0121  AMP-dependent synthetase and ligase  41.83 
 
 		 522 aa  371  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2838  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.59 
 
 		 515 aa  367  1e-100  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.153198 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3089  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.39 
 
 		 522 aa  358  9.999999999999999e-98  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.196285  normal  0.363977 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0570  AMP-dependent synthetase and ligase  40.08 
 
 		 525 aa  352  7e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.356446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1465  acyl-CoA synthetase  40.24 
 
 		 487 aa  350  4e-95  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.845905  normal  0.967698 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6823  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase I  40.43 
 
 		 492 aa  348  2e-94  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0804  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.99 
 
 		 516 aa  318  2e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.48042 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2707  AMP-dependent synthetase and ligase  38.1 
 
 		 519 aa  316  6e-85  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0621527  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3057  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.21 
 
 		 499 aa  313  4.999999999999999e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.847241  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2787  AMP-dependent synthetase and ligase  37.55 
 
 		 518 aa  313  6.999999999999999e-84  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.296837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3839  AMP-dependent synthetase and ligase  38.46 
 
 		 508 aa  310  5.9999999999999995e-83  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1871  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.05 
 
 		 524 aa  309  6.999999999999999e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.394568  normal  0.852293 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3597  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.76 
 
 		 543 aa  304  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2927  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.52 
 
 		 509 aa  304  3.0000000000000004e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.686689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3874  AMP-dependent synthetase and ligase  36 
 
 		 510 aa  303  4.0000000000000003e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1967  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.73 
 
 		 514 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.595404  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0423  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.83 
 
 		 509 aa  302  1e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0282  AMP-dependent synthetase and ligase  37.9 
 
 		 492 aa  290  4e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.376129  normal  0.234171 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3166  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.87 
 
 		 501 aa  289  8e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130976  hitchhiker  0.0000354644 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1368  AMP-dependent synthetase and ligase  35.45 
 
 		 515 aa  288  1e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.663143  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3215  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.09 
 
 		 500 aa  288  2e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5528  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.61 
 
 		 509 aa  278  2e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4093  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36 
 
 		 497 aa  273  4.0000000000000004e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0327517  normal  0.151728 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3980  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36 
 
 		 497 aa  273  4.0000000000000004e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.310048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3247  AMP-dependent synthetase and ligase  36.36 
 
 		 497 aa  267  2.9999999999999995e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.640388 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6480  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.74 
 
 		 513 aa  259  8e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01193  acyl-CoA synthase  35.21 
 
 		 544 aa  258  2e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0176178  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1600  AMP-dependent synthetase and ligase  33.91 
 
 		 496 aa  254  3e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4604  AMP-dependent synthetase and ligase  34.56 
 
 		 492 aa  254  4.0000000000000004e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.37521 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1029  AMP-dependent synthetase and ligase  34.62 
 
 		 499 aa  248  2e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3855  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 523 aa  245  9.999999999999999e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.713722 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1034  AMP-dependent synthetase and ligase  35.2 
 
 		 495 aa  244  1.9999999999999999e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6739  AMP-dependent synthetase and ligase  32.43 
 
 		 532 aa  243  7e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0799452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  32.43 
 
 		 509 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  32.68 
 
 		 525 aa  239  1e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  32.34 
 
 		 520 aa  231  2e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  33.96 
 
 		 520 aa  231  3e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1666  AMP-dependent synthetase and ligase  30.77 
 
 		 518 aa  229  8e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.144653  normal  0.373713 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4096  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 508 aa  229  1e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0377217  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6618  AMP-dependent synthetase and ligase  34.42 
 
 		 493 aa  228  2e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0351  AMP-dependent synthetase and ligase  31.08 
 
 		 507 aa  228  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  31.86 
 
 		 511 aa  226  7e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4908  AMP-dependent synthetase and ligase  33.02 
 
 		 512 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.96823  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  30.57 
 
 		 515 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0350  acyl-CoA synthetase  31.68 
 
 		 574 aa  221  3e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1025  AMP-dependent synthetase and ligase  32.04 
 
 		 498 aa  221  3e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  31.56 
 
 		 526 aa  221  3e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0213  AMP-dependent synthetase and ligase  31.09 
 
 		 491 aa  219  7e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.65945 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0223  AMP-dependent synthetase and ligase  31.29 
 
 		 491 aa  219  7e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.803967  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0233  AMP-dependent synthetase and ligase  31.29 
 
 		 491 aa  219  7e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0361  acyl-CoA synthetase  31.51 
 
 		 577 aa  219  7.999999999999999e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.171367  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0371  acyl-CoA synthetase  31.51 
 
 		 577 aa  219  7.999999999999999e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  29.46 
 
 		 515 aa  219  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1599  AMP-dependent synthetase and ligase  32.22 
 
 		 484 aa  218  2e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>