More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0282 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_0282  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
492 aa  979    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.376129  normal  0.234171 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2927  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.88 
 
 
509 aa  468  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.686689  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3597  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.89 
 
 
543 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1967  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.69 
 
 
514 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.595404  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1871  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.29 
 
 
524 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.394568  normal  0.852293 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3057  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.06 
 
 
499 aa  426  1e-118  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.847241  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0423  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47 
 
 
509 aa  424  1e-117  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0804  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.8 
 
 
516 aa  419  1e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.48042 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3215  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.3 
 
 
500 aa  415  9.999999999999999e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5528  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.32 
 
 
509 aa  417  9.999999999999999e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3839  AMP-dependent synthetase and ligase  45.22 
 
 
508 aa  410  1e-113  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3874  AMP-dependent synthetase and ligase  46.43 
 
 
510 aa  403  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0918503 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3980  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.14 
 
 
497 aa  405  1e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.310048  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4093  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.14 
 
 
497 aa  405  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0327517  normal  0.151728 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3166  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.2 
 
 
501 aa  390  1e-107  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130976  hitchhiker  0.0000354644 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1465  acyl-CoA synthetase  46.65 
 
 
487 aa  371  1e-101  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.845905  normal  0.967698 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6823  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase I  42.98 
 
 
492 aa  349  5e-95  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1905  AMP-dependent synthetase and ligase  41.24 
 
 
512 aa  348  1e-94  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.97218  normal  0.26016 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6480  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.57 
 
 
513 aa  343  5e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2397  AMP-dependent synthetase and ligase  39.42 
 
 
516 aa  342  1e-92  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.264456  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2641  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.23 
 
 
516 aa  336  5.999999999999999e-91  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.517138  normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2695  AMP-dependent synthetase and ligase  42.56 
 
 
516 aa  335  2e-90  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2838  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.89 
 
 
515 aa  334  3e-90  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.153198 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1124  AMP-dependent synthetase and ligase  42.56 
 
 
509 aa  333  3e-90  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.719867  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0166  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.39 
 
 
506 aa  333  5e-90  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.278782 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0177  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.39 
 
 
506 aa  331  2e-89  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.761031  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0186  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.39 
 
 
506 aa  331  2e-89  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0230763  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3089  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.95 
 
 
522 aa  330  3e-89  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.196285  normal  0.363977 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2714  AMP-dependent synthetase and ligase  42.2 
 
 
546 aa  329  8e-89  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0449  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.08 
 
 
516 aa  325  1e-87  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.93416 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5158  putative o-succinylbenzoate-CoA ligase  39.71 
 
 
527 aa  324  3e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.20469 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1368  AMP-dependent synthetase and ligase  35.33 
 
 
515 aa  323  4e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.663143  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.67 
 
 
512 aa  323  5e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.100628  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3161  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.27 
 
 
516 aa  322  9.999999999999999e-87  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01193  acyl-CoA synthase  36.67 
 
 
544 aa  322  9.999999999999999e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0176178  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10216  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.63 
 
 
537 aa  322  9.999999999999999e-87  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0218  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.64 
 
 
516 aa  322  9.999999999999999e-87  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0925378 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1502  acyl-CoA synthetase  38.35 
 
 
515 aa  320  3e-86  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1525  acyl-CoA synthetase  38.35 
 
 
515 aa  320  3e-86  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1502  acyl-CoA synthetase  38.15 
 
 
515 aa  319  6e-86  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2707  AMP-dependent synthetase and ligase  41.22 
 
 
519 aa  319  7.999999999999999e-86  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0621527  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.34 
 
 
513 aa  318  1e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0104  AMP-dependent synthetase and ligase  40.16 
 
 
524 aa  317  3e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.256556 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2738  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.37 
 
 
522 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1902  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.35 
 
 
518 aa  314  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.889055  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1681  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.22 
 
 
514 aa  314  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3266  AMP-dependent synthetase and ligase  38.6 
 
 
511 aa  314  2.9999999999999996e-84  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0121  AMP-dependent synthetase and ligase  41.84 
 
 
522 aa  312  9e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.2 
 
 
512 aa  310  5e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3612  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.52 
 
 
514 aa  306  8.000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5310  acyl-CoA synthetase  39.87 
 
 
516 aa  305  9.000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0015  acyl-CoA synthetase  39.54 
 
 
511 aa  304  2.0000000000000002e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.323665 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4161  acyl-CoA synthetase  40.5 
 
 
517 aa  303  3.0000000000000004e-81  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1347  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.09 
 
 
512 aa  304  3.0000000000000004e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2936  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.32 
 
 
536 aa  303  4.0000000000000003e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.098527  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3399  AMP-dependent synthetase and ligase  41.01 
 
 
522 aa  303  6.000000000000001e-81  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3605  acyl-CoA synthetase  37.23 
 
 
514 aa  301  2e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.133038  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1481  AMP-dependent synthetase and ligase  39.96 
 
 
525 aa  301  2e-80  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3984  AMP-dependent synthetase and ligase  37.5 
 
 
521 aa  300  6e-80  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.446284  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5032  acyl-CoA synthetase  39.31 
 
 
501 aa  299  8e-80  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.672582  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4649  acyl-CoA synthetase  39.31 
 
 
501 aa  298  1e-79  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4737  acyl-CoA synthetase  39.31 
 
 
501 aa  298  1e-79  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.987006  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0221  AMP-dependent synthetase and ligase  39.79 
 
 
510 aa  297  2e-79  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0912  AMP-dependent synthetase and ligase  39.92 
 
 
515 aa  298  2e-79  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.881726 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4410  acyl-CoA synthetase  37.65 
 
 
516 aa  295  9e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.648302  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0696  AMP-dependent synthetase and ligase  40.12 
 
 
521 aa  295  1e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0681  acyl-CoA synthetase  38.49 
 
 
520 aa  295  1e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4700  acyl-CoA synthetase  38.41 
 
 
516 aa  295  2e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2787  AMP-dependent synthetase and ligase  41.58 
 
 
518 aa  290  4e-77  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.296837  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0848  AMP-dependent synthetase and ligase  35.23 
 
 
517 aa  290  4e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0570  AMP-dependent synthetase and ligase  36.14 
 
 
525 aa  285  1.0000000000000001e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.356446  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6739  AMP-dependent synthetase and ligase  37.21 
 
 
532 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0799452  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6056  AMP-dependent synthetase and ligase  37.73 
 
 
515 aa  265  1e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  36.18 
 
 
511 aa  263  4.999999999999999e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3855  AMP-dependent synthetase and ligase  35.57 
 
 
523 aa  250  3e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.713722 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0223  AMP-dependent synthetase and ligase  37.8 
 
 
491 aa  247  3e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.803967  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0233  AMP-dependent synthetase and ligase  37.8 
 
 
491 aa  247  3e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318189  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0213  AMP-dependent synthetase and ligase  37.6 
 
 
491 aa  245  9.999999999999999e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.65945 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3247  AMP-dependent synthetase and ligase  36.4 
 
 
497 aa  243  7.999999999999999e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.640388 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  36.18 
 
 
520 aa  241  2e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  35.61 
 
 
509 aa  238  3e-61  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1029  AMP-dependent synthetase and ligase  35.26 
 
 
499 aa  236  9e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4096  AMP-dependent synthetase and ligase  34.88 
 
 
508 aa  234  3e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0377217  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  33.53 
 
 
499 aa  234  4.0000000000000004e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0419  AMP-dependent synthetase and ligase  36.08 
 
 
492 aa  232  1e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0725647  normal  0.0451868 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1112  putative acyl-CoA ligase  36.23 
 
 
504 aa  231  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.29648 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  34.76 
 
 
520 aa  230  5e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0252  AMP-dependent synthetase and ligase  35.06 
 
 
484 aa  230  6e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.122402 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  35.87 
 
 
520 aa  229  7e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3770  acyl-CoA synthetase  32.89 
 
 
548 aa  228  2e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  34.21 
 
 
515 aa  228  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1600  AMP-dependent synthetase and ligase  33.67 
 
 
496 aa  228  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3694  AMP-dependent synthetase and ligase  32.98 
 
 
532 aa  227  3e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.178139  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3758  acyl-CoA synthetase  32.67 
 
 
548 aa  227  3e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.102214  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  34.13 
 
 
516 aa  227  3e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3831  acyl-CoA synthetase  32.67 
 
 
548 aa  227  3e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.948087  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1666  AMP-dependent synthetase and ligase  32.19 
 
 
518 aa  227  3e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.144653  normal  0.373713 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.54 
 
 
513 aa  226  5.0000000000000005e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  33.6 
 
 
517 aa  226  7e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4595  AMP-dependent synthetase and ligase  31.79 
 
 
525 aa  224  2e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>