More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0005 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0005  phosphatidate cytidylyltransferase  100 
 
 		 310 aa  617  1e-176  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5541  phosphatidate cytidylyltransferase  80.65 
 
 		 309 aa  508  1e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31760  putative phosphatidate cytidylyltransferase  81.29 
 
 		 311 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.978332  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2701  putative phosphatidate cytidylyltransferase  80.32 
 
 		 311 aa  488  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06040  Phosphatidate cytidylyltransferase  77.1 
 
 		 310 aa  475  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4663  phosphatidate cytidylyltransferase  70.13 
 
 		 317 aa  442  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4016  phosphatidate cytidylyltransferase  66.99 
 
 		 318 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3655  phosphatidate cytidylyltransferase  65.58 
 
 		 331 aa  402  1e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.627135 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2887  phosphatidate cytidylyltransferase  62.84 
 
 		 298 aa  380  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.423828  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3955  phosphatidate cytidylyltransferase  60.46 
 
 		 310 aa  369  1e-101  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.704173  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1174  phosphatidate cytidylyltransferase  58.71 
 
 		 310 aa  363  2e-99  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0222837  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0114  phosphatidate cytidylyltransferase  57.88 
 
 		 313 aa  350  2e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.659993 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0890  phosphatidate cytidylyltransferase  52.98 
 
 		 309 aa  325  5e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0720  phosphatidate cytidylyltransferase  56.45 
 
 		 314 aa  325  5e-88  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1372  phosphatidate cytidylyltransferase  52.98 
 
 		 309 aa  325  5e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0687684  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1350  phosphatidate cytidylyltransferase  52.98 
 
 		 309 aa  325  7e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.627911  normal  0.044261 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1250  phosphatidate cytidylyltransferase  53.67 
 
 		 309 aa  322  5e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0185  phosphatidate cytidylyltransferase  58.62 
 
 		 316 aa  322  7e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.359155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1275  phosphatidate cytidylyltransferase  53.33 
 
 		 309 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.834933  normal  0.10146 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6363  phosphatidate cytidylyltransferase  55.08 
 
 		 309 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.459085  normal  0.173645 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6184  phosphatidate cytidylyltransferase  55.67 
 
 		 309 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.366901 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4517  phosphatidate cytidylyltransferase  53.64 
 
 		 309 aa  308  5e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2935  phosphatidate cytidylyltransferase  52.24 
 
 		 312 aa  305  6e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.219644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0834  phosphatidate cytidylyltransferase  43.81 
 
 		 334 aa  246  2e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.097428 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1084  phosphatidate cytidylyltransferase  42.39 
 
 		 326 aa  245  6e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00317494  normal  0.495362 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0931  phosphatidate cytidylyltransferase  41.99 
 
 		 329 aa  241  1e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1288  phosphatidate cytidylyltransferase  43.61 
 
 		 309 aa  230  2e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.117983  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1726  phosphatidate cytidylyltransferase  42.52 
 
 		 313 aa  231  2e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3005  phosphatidate cytidylyltransferase  43.28 
 
 		 309 aa  230  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.427788  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3083  phosphatidate cytidylyltransferase  43.28 
 
 		 309 aa  230  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3840  phosphatidate cytidylyltransferase  40.84 
 
 		 318 aa  224  1e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0483  phosphatidate cytidylyltransferase  41.14 
 
 		 324 aa  218  8.999999999999998e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0557769 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1525  putative phosphatidate cytidylyltransferase  38.24 
 
 		 307 aa  209  4e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2778  CDP-diglyceride synthetase/phosphatidate cytidylyltransferase  42.47 
 
 		 313 aa  186  4e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.642152  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1099  phosphatidate cytidylyltransferase  43.33 
 
 		 311 aa  177  2e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2012  phosphatidate cytidylyltransferase  38.21 
 
 		 298 aa  175  8e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.486344  normal  0.255286 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1590  phosphatidate cytidylyltransferase  38.05 
 
 		 298 aa  169  4e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2236  phosphatidate cytidylyltransferase  37.71 
 
 		 298 aa  168  8e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.25879  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1492  phosphatidate cytidylyltransferase  37.71 
 
 		 298 aa  168  8e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2249  phosphatidate cytidylyltransferase  37.71 
 
 		 298 aa  168  8e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.335723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1763  phosphatidate cytidylyltransferase  37.71 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.404043  hitchhiker  0.00115025 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01364  predicted CDP-diglyceride synthase  37.37 
 
 		 298 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.861719  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01376  hypothetical protein  37.37 
 
 		 298 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.896621  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1613  phosphatidate cytidylyltransferase  40.8 
 
 		 280 aa  102  8e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2598  phosphatidate cytidylyltransferase  40.88 
 
 		 296 aa  102  1e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3930  phosphatidate cytidylyltransferase  37.5 
 
 		 282 aa  101  1e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.567007  normal  0.131428 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0691  phosphatidate cytidylyltransferase  36.26 
 
 		 271 aa  100  3e-20  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.0000000011055  unclonable  2.72637e-19 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1449  phosphatidate cytidylyltransferase  43.7 
 
 		 284 aa  100  4e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.620583  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3159  Phosphatidate cytidylyltransferase  43.7 
 
 		 285 aa  99.8  5e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0555993  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1558  phosphatidate cytidylyltransferase  43.51 
 
 		 287 aa  99.4  7e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.17407  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3406  phosphatidate cytidylyltransferase  40.74 
 
 		 290 aa  99.4  7e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00609464  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3784  CDP-diglyceride synthase  42.55 
 
 		 282 aa  99  9e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0388384  hitchhiker  0.0021179 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3934  phosphatidate cytidylyltransferase  44.92 
 
 		 280 aa  98.6  1e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1536  phosphatidate cytidylyltransferase  40.43 
 
 		 241 aa  97.4  2e-19  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.575461  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0186  CDP-diglyceride synthase  44.53 
 
 		 285 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00459839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1579  phosphatidate cytidylyltransferase  40.77 
 
 		 262 aa  97.8  2e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.118655  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2623  phosphatidate cytidylyltransferase  40.88 
 
 		 269 aa  97.4  3e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000229401  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2049  phosphatidate cytidylyltransferase  39.85 
 
 		 252 aa  97.4  3e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.536953  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00173  CDP-diglyceride synthase  44.12 
 
 		 285 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0579105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3428  Phosphatidate cytidylyltransferase  44.12 
 
 		 285 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000894621  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00172  hypothetical protein  44.12 
 
 		 249 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0666446  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0185  CDP-diglyceride synthase  44.12 
 
 		 285 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000611994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3485  CDP-diglyceride synthase  44.12 
 
 		 285 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00144411  normal  0.0353407 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0177  CDP-diglyceride synthase  44.12 
 
 		 285 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000261651  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0713  CDP-diglyceride synthase  44.12 
 
 		 285 aa  96.7  4e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00713923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0179  CDP-diglyceride synthase  44.12 
 
 		 285 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000236154  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0168  CDP-diglyceride synthase  44.12 
 
 		 285 aa  96.7  4e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00227409  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0244  CDP-diglyceride synthase  45.26 
 
 		 285 aa  96.3  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.306198 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0247  CDP-diglyceride synthase  45.26 
 
 		 285 aa  96.3  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.748652 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0262  CDP-diglyceride synthase  45.26 
 
 		 285 aa  96.3  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0277384  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0244  CDP-diglyceride synthase  45.26 
 
 		 285 aa  96.3  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.384885  normal  0.739542 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0260  CDP-diglyceride synthase  45.26 
 
 		 285 aa  96.3  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.451367 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07710  phosphatidate cytidylyltransferase  41.27 
 
 		 266 aa  96.3  6e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.726155  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1321  phosphatidate cytidylyltransferase  36.94 
 
 		 260 aa  96.3  7e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1347  phosphatidate cytidylyltransferase  36.94 
 
 		 260 aa  96.3  7e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00448682  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1072  CDP-diglyceride synthase  42.86 
 
 		 282 aa  95.9  8e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00432402  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1019  CDP-diglyceride synthase  42.86 
 
 		 282 aa  95.9  8e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000480748  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2974  phosphatidate cytidylyltransferase  43.44 
 
 		 285 aa  95.9  8e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3429  CDP-diglyceride synthase  42.86 
 
 		 282 aa  95.9  8e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00445067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1346  phosphatidate cytidylyltransferase  39.72 
 
 		 241 aa  95.5  9e-19  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.584231  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0046  phosphatidate cytidylyltransferase  32.78 
 
 		 284 aa  95.1  1e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0828  phosphatidate cytidylyltransferase  36.31 
 
 		 260 aa  95.5  1e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00232392  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2202  phosphatidate cytidylyltransferase  42.97 
 
 		 339 aa  95.1  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.497209  normal  0.34108 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0947  CDP-diglyceride synthase  45.6 
 
 		 285 aa  95.1  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00468877  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1536  phosphatidate cytidylyltransferase  37.86 
 
 		 242 aa  94.7  2e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1388  phosphatidate cytidylyltransferase  42.15 
 
 		 322 aa  94.7  2e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000329465 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3354  CDP-diglyceride synthase  45.6 
 
 		 285 aa  94.7  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0141568  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0479  phosphatidate cytidylyltransferase  39.84 
 
 		 279 aa  94  3e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1949  phosphatidate cytidylyltransferase  40.44 
 
 		 267 aa  93.6  3e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1667  phosphatidate cytidylyltransferase  40.44 
 
 		 264 aa  94  3e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.114415  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0980  CDP-diglyceride synthetase  41.53 
 
 		 265 aa  94  3e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0459166  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11230  CDP-diglyceride synthetase  42.24 
 
 		 291 aa  93.6  4e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.254783  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0630  Phosphatidate cytidylyltransferase  34.62 
 
 		 475 aa  93.2  5e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.529859  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1107  phosphatidate cytidylyltransferase  34.21 
 
 		 236 aa  92.8  6e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1198  phosphatidate cytidylyltransferase  37.12 
 
 		 260 aa  92.4  9e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.126624  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0595  phosphatidate cytidylyltransferase  39.17 
 
 		 258 aa  92.4  9e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.94345  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1492  phosphatidate cytidylyltransferase  41.6 
 
 		 275 aa  92.4  9e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.199134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1000  phosphatidate cytidylyltransferase  43.8 
 
 		 278 aa  91.7  1e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000130421  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1403  phosphatidate cytidylyltransferase  36.42 
 
 		 254 aa  92  1e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.589617  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11751  phosphatidate cytidylyltransferase  43.75 
 
 		 285 aa  92  1e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.616404  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>