More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_3456 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011663  Sbal223_1486  polysaccharide biosynthesis protein CapD  59.11 
 
 
646 aa  756    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0306155  normal  0.36533 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0594  polysaccharide biosynthesis protein  58.82 
 
 
646 aa  791    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1680  polysaccharide biosynthesis protein CapD  60.38 
 
 
642 aa  776    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.981888  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3171  polysaccharide biosynthesis protein  60.79 
 
 
646 aa  788    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001764  nucleoside-diphosphate sugar epimerase/dehydratase  58.58 
 
 
662 aa  751    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000353165  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3033  polysaccharide biosynthesis protein, putative epimerase/dehydratase  59.88 
 
 
644 aa  786    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0813  polysaccharide biosynthesis protein CapD  60.44 
 
 
659 aa  790    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.32823  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2876  polysaccharide biosynthesis protein CapD  59.59 
 
 
646 aa  773    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2527  polysaccharide biosynthesis protein CapD  59.52 
 
 
646 aa  775    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2645  polysaccharide biosynthesis protein CapD  58.32 
 
 
649 aa  764    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1416  polysaccharide biosynthesis protein CapD  59.18 
 
 
647 aa  759    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.181862  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2244  polysaccharide biosynthesis protein  58.56 
 
 
644 aa  763    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36548  normal  0.0653141 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3456  nucleotide sugar epimerase/dehydratase  100 
 
 
635 aa  1301    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.360155  normal  0.018 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2638  mannosyl-transferase  52.03 
 
 
621 aa  625  1e-178  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2611  polysaccharide biosynthesis protein CapD  49.52 
 
 
653 aa  621  1e-176  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.116735  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3389  polysaccharide biosynthesis protein CapD  50.89 
 
 
630 aa  611  1e-173  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3273  polysaccharide biosynthesis protein CapD  51.13 
 
 
628 aa  607  9.999999999999999e-173  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1986  nucleotide sugar epimerase/dehydratase WbpM  47.5 
 
 
670 aa  599  1e-170  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23470  nucleotide sugar epimerase/dehydratase WbpM  47.58 
 
 
665 aa  601  1e-170  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.00000000136897  hitchhiker  0.00347476 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1379  polysaccharide biosynthesis protein CapD  48.18 
 
 
675 aa  597  1e-169  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.136886  hitchhiker  0.000537083 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1131  polysaccharide biosynthesis protein CapD  47.97 
 
 
671 aa  592  1e-168  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00726608  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4051  polysaccharide biosynthesis protein CapD  47.55 
 
 
664 aa  590  1e-167  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.8742  normal  0.411044 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1414  polysaccharide biosynthesis protein CapD  47.87 
 
 
669 aa  586  1e-166  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.987327  normal  0.0491926 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1805  polysaccharide biosynthesis protein CapD  48.4 
 
 
688 aa  584  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.287116  normal  0.196663 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0577  polysaccharide biosynthesis protein CapD  52.38 
 
 
627 aa  582  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.155394  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3636  polysaccharide biosynthesis protein CapD  47.26 
 
 
664 aa  580  1e-164  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.49195 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4002  polysaccharide biosynthesis protein CapD  48.06 
 
 
615 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1756  nucleotide sugar epimerase/dehydratase WbpM  47.03 
 
 
664 aa  569  1e-161  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0505797  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3936  polysaccharide biosynthesis protein CapD  46.58 
 
 
670 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.218283 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6495  polysaccharide biosynthesis protein CapD  46.49 
 
 
646 aa  560  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2679  polysaccharide biosynthesis protein CapD  47.45 
 
 
647 aa  558  1e-157  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.999244  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0802  polysaccharide biosynthesis protein CapD  47.6 
 
 
676 aa  556  1e-157  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6005  polysaccharide biosynthesis protein CapD  46.03 
 
 
655 aa  553  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.104997  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1573  polysaccharide biosynthesis protein CapD  47.44 
 
 
634 aa  550  1e-155  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.883555  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1878  polysaccharide biosynthesis protein CapD  48.85 
 
 
622 aa  548  1e-154  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.822308  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2723  polysaccharide biosynthesis protein CapD  45.66 
 
 
649 aa  545  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1842  polysaccharide biosynthesis protein CapD type  45.71 
 
 
684 aa  541  9.999999999999999e-153  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3480  polysaccharide biosynthesis protein CapD  46.3 
 
 
655 aa  536  1e-151  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.179961  normal  0.331186 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30080  Polysaccharide biosynthesis protein  46.82 
 
 
765 aa  531  1e-149  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.819591  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3983  polysaccharide biosynthesis protein CapD  45.45 
 
 
643 aa  528  1e-148  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1939  polysaccharide biosynthesis protein CapD  45.48 
 
 
664 aa  516  1.0000000000000001e-145  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0612  polysaccharide biosynthesis protein CapD  46.23 
 
 
650 aa  516  1.0000000000000001e-145  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.301721 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0801  polysaccharide biosynthesis protein CapD  45.3 
 
 
668 aa  518  1.0000000000000001e-145  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.950377  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2635  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.69 
 
 
682 aa  508  9.999999999999999e-143  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0250  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.36 
 
 
665 aa  501  1e-140  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0234353 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0605  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.61 
 
 
666 aa  494  9.999999999999999e-139  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0935812  normal  0.274375 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.83 
 
 
664 aa  491  1e-137  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.237133  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0371  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.56 
 
 
604 aa  479  1e-134  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0520  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.41 
 
 
647 aa  474  1e-132  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02337  dTDP-glucose 4,6-dehydratase transmembrane protein  41.69 
 
 
665 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.029341 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2627  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.16 
 
 
628 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1188  nucleotide sugar epimerase/dehydratase  44.86 
 
 
628 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2850  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.86 
 
 
655 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0697  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.87 
 
 
622 aa  432  1e-120  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2582  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.18 
 
 
647 aa  434  1e-120  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0510  epimerase/dehydratase, putative  41.3 
 
 
622 aa  429  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.798384  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1585  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.86 
 
 
653 aa  430  1e-119  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.216403  normal  0.968528 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1633  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.9 
 
 
647 aa  431  1e-119  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0514  putative epimerase/dehydratase  41.12 
 
 
622 aa  427  1e-118  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0779  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.07 
 
 
644 aa  425  1e-117  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.649745  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4432  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.3 
 
 
626 aa  421  1e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.908556  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4411  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.6 
 
 
644 aa  417  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3857  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.01 
 
 
630 aa  415  1e-114  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0261396  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1513  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.1 
 
 
638 aa  405  1.0000000000000001e-112  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0299792  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4081  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.28 
 
 
612 aa  406  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3994  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.67 
 
 
612 aa  405  1e-111  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.460388 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1338  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.68 
 
 
646 aa  402  1e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0399433 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1009  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.61 
 
 
635 aa  402  9.999999999999999e-111  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000685319  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1871  putative epimerase/dehydratase polysaccharide-related biosynthesis protein  40.58 
 
 
614 aa  400  9.999999999999999e-111  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08591  nucleotide-diphosphate-sugar epimerase, membrane associated  42.05 
 
 
626 aa  399  9.999999999999999e-111  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000225321 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1278  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.53 
 
 
637 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000704719 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2497  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.5 
 
 
613 aa  402  9.999999999999999e-111  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.495773  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2650  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.58 
 
 
607 aa  402  9.999999999999999e-111  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3403  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.46 
 
 
609 aa  396  1e-109  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.397319  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14281  nucleotide-diphosphate-sugar epimerase, membrane associated  40.57 
 
 
629 aa  397  1e-109  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14131  nucleotide-diphosphate-sugar epimerase, membrane-associated protein  44.44 
 
 
520 aa  396  1e-109  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0776  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.7 
 
 
627 aa  398  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.905737  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2334  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.23 
 
 
614 aa  396  1e-109  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000027  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5070  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.94 
 
 
612 aa  396  1e-109  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5448  caspsular polysaccharide biosynthesis protein  42.97 
 
 
604 aa  394  1e-108  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0408  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.24 
 
 
627 aa  393  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0857  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.24 
 
 
627 aa  393  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3050  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.87 
 
 
613 aa  392  1e-108  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0887  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.24 
 
 
627 aa  393  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2504  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.24 
 
 
628 aa  394  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.288119  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5395  caspsular polysaccharide biosynthesis protein  42.58 
 
 
603 aa  391  1e-107  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.638255  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3984  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.28 
 
 
627 aa  389  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.430813 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1306  nucleotide-diphosphate-sugar epimerase, membrane associated  40.71 
 
 
635 aa  390  1e-107  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.238436  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3780  putative epimerase/dehydratase polysaccharide- related biosynthesis protein  40.85 
 
 
625 aa  389  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00473075  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0765  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.79 
 
 
630 aa  390  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.932307  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3360  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.19 
 
 
642 aa  391  1e-107  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4505  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.42 
 
 
610 aa  386  1e-106  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000203589  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0128  hypothetical protein  42.47 
 
 
635 aa  388  1e-106  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0902  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.01 
 
 
625 aa  388  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2289  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.32 
 
 
629 aa  382  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.195008  normal  0.481233 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0039  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.83 
 
 
620 aa  383  1e-105  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1272  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.91 
 
 
656 aa  379  1e-104  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1483  capsular polysaccharide biosynthesis  37.68 
 
 
656 aa  382  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0143  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.89 
 
 
611 aa  379  1e-104  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05820  predicted nucleoside-diphosphate sugar epimerase  40.03 
 
 
613 aa  382  1e-104  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0718639  hitchhiker  0.00116651 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>