More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0577 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3171  polysaccharide biosynthesis protein  54.92 
 
 		 646 aa  646    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0577  polysaccharide biosynthesis protein CapD  100 
 
 		 627 aa  1277    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.155394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2527  polysaccharide biosynthesis protein CapD  53.66 
 
 		 646 aa  635    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1680  polysaccharide biosynthesis protein CapD  54.39 
 
 		 642 aa  637    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.981888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2244  polysaccharide biosynthesis protein  54.44 
 
 		 644 aa  642    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36548  normal  0.0653141 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1986  nucleotide sugar epimerase/dehydratase WbpM  50.61 
 
 		 670 aa  629  1e-179  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2876  polysaccharide biosynthesis protein CapD  52.86 
 
 		 646 aa  629  1e-179  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2645  polysaccharide biosynthesis protein CapD  53.34 
 
 		 649 aa  626  1e-178  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23470  nucleotide sugar epimerase/dehydratase WbpM  51 
 
 		 665 aa  627  1e-178  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.00000000136897  hitchhiker  0.00347476 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1379  polysaccharide biosynthesis protein CapD  51 
 
 		 675 aa  619  1e-176  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.136886  hitchhiker  0.000537083 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3636  polysaccharide biosynthesis protein CapD  51.31 
 
 		 664 aa  617  1e-175  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.49195 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1486  polysaccharide biosynthesis protein CapD  51.74 
 
 		 646 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0306155  normal  0.36533 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1756  nucleotide sugar epimerase/dehydratase WbpM  51.46 
 
 		 664 aa  610  1e-173  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0505797  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1414  polysaccharide biosynthesis protein CapD  49.92 
 
 		 669 aa  608  1e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.987327  normal  0.0491926 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1805  polysaccharide biosynthesis protein CapD  50.08 
 
 		 688 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.287116  normal  0.196663 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4051  polysaccharide biosynthesis protein CapD  50.31 
 
 		 664 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.8742  normal  0.411044 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1416  polysaccharide biosynthesis protein CapD  53.33 
 
 		 647 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.181862  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0594  polysaccharide biosynthesis protein  51.11 
 
 		 646 aa  602  1.0000000000000001e-171  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0802  polysaccharide biosynthesis protein CapD  51.6 
 
 		 676 aa  603  1.0000000000000001e-171  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3936  polysaccharide biosynthesis protein CapD  51.9 
 
 		 670 aa  594  1e-168  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.218283 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1878  polysaccharide biosynthesis protein CapD  51.58 
 
 		 622 aa  593  1e-168  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.822308  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1131  polysaccharide biosynthesis protein CapD  50.63 
 
 		 671 aa  590  1e-167  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00726608  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3456  nucleotide sugar epimerase/dehydratase  52.38 
 
 		 635 aa  582  1.0000000000000001e-165  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.360155  normal  0.018 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2611  polysaccharide biosynthesis protein CapD  50.16 
 
 		 653 aa  583  1.0000000000000001e-165  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.116735  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3033  polysaccharide biosynthesis protein, putative epimerase/dehydratase  48.9 
 
 		 644 aa  580  1e-164  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6495  polysaccharide biosynthesis protein CapD  50.08 
 
 		 646 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2679  polysaccharide biosynthesis protein CapD  49.69 
 
 		 647 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.999244  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6005  polysaccharide biosynthesis protein CapD  50 
 
 		 655 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.104997  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1939  polysaccharide biosynthesis protein CapD  49.84 
 
 		 664 aa  563  1.0000000000000001e-159  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0813  polysaccharide biosynthesis protein CapD  47.77 
 
 		 659 aa  560  1e-158  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.32823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1842  polysaccharide biosynthesis protein CapD type  47.8 
 
 		 684 aa  553  1e-156  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2723  polysaccharide biosynthesis protein CapD  48.58 
 
 		 649 aa  554  1e-156  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0801  polysaccharide biosynthesis protein CapD  52.61 
 
 		 668 aa  553  1e-156  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.950377  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2638  mannosyl-transferase  49.11 
 
 		 621 aa  553  1e-156  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3480  polysaccharide biosynthesis protein CapD  48.65 
 
 		 655 aa  554  1e-156  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.179961  normal  0.331186 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3983  polysaccharide biosynthesis protein CapD  48.9 
 
 		 643 aa  548  1e-155  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001764  nucleoside-diphosphate sugar epimerase/dehydratase  47.42 
 
 		 662 aa  548  1e-155  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000353165  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1573  polysaccharide biosynthesis protein CapD  49.52 
 
 		 634 aa  546  1e-154  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.883555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.82 
 
 		 664 aa  539  9.999999999999999e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.237133  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30080  Polysaccharide biosynthesis protein  50.33 
 
 		 765 aa  540  9.999999999999999e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.819591  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3389  polysaccharide biosynthesis protein CapD  48.37 
 
 		 630 aa  531  1e-149  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0612  polysaccharide biosynthesis protein CapD  46.82 
 
 		 650 aa  530  1e-149  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.301721 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3273  polysaccharide biosynthesis protein CapD  48.46 
 
 		 628 aa  526  1e-148  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4002  polysaccharide biosynthesis protein CapD  47.03 
 
 		 615 aa  527  1e-148  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0605  polysaccharide biosynthesis protein CapD  48.49 
 
 		 666 aa  519  1e-146  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0935812  normal  0.274375 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0250  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.44 
 
 		 665 aa  516  1.0000000000000001e-145  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0234353 
 
 
-
 
NC_003296  RS02337  dTDP-glucose 4,6-dehydratase transmembrane protein  45.83 
 
 		 665 aa  509  1e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.029341 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0697  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.1 
 
 		 622 aa  499  1e-140  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2635  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.9 
 
 		 682 aa  493  9.999999999999999e-139  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0371  polysaccharide biosynthesis protein CapD  46.7 
 
 		 604 aa  491  1e-137  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0510  epimerase/dehydratase, putative  45.01 
 
 		 622 aa  485  1e-135  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.798384  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0514  putative epimerase/dehydratase  44.66 
 
 		 622 aa  478  1e-133  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0520  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.07 
 
 		 647 aa  478  1e-133  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0779  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.35 
 
 		 644 aa  463  1e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.649745  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2627  polysaccharide biosynthesis protein CapD  45.55 
 
 		 628 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1188  nucleotide sugar epimerase/dehydratase  44.27 
 
 		 628 aa  449  1e-125  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1585  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.92 
 
 		 653 aa  447  1.0000000000000001e-124  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.216403  normal  0.968528 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2850  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.27 
 
 		 655 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4432  polysaccharide biosynthesis protein CapD  46.42 
 
 		 626 aa  426  1e-118  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.908556  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3857  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.57 
 
 		 630 aa  427  1e-118  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0261396  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2582  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.91 
 
 		 647 aa  424  1e-117  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08591  nucleotide-diphosphate-sugar epimerase, membrane associated  44.42 
 
 		 626 aa  416  9.999999999999999e-116  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000225321 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4411  polysaccharide biosynthesis protein CapD  45.65 
 
 		 644 aa  419  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1633  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.28 
 
 		 647 aa  414  1e-114  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0128  hypothetical protein  41.14 
 
 		 635 aa  413  1e-114  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4081  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.97 
 
 		 612 aa  409  1e-113  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1338  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.34 
 
 		 646 aa  411  1e-113  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0399433 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1513  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.42 
 
 		 638 aa  409  1e-113  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0299792  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14281  nucleotide-diphosphate-sugar epimerase, membrane associated  39.2 
 
 		 629 aa  407  1.0000000000000001e-112  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3994  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.8 
 
 		 612 aa  404  1e-111  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.460388 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0902  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.87 
 
 		 625 aa  402  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1009  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.67 
 
 		 635 aa  397  1e-109  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000685319  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5395  caspsular polysaccharide biosynthesis protein  40.7 
 
 		 603 aa  395  1e-109  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.638255  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5448  caspsular polysaccharide biosynthesis protein  39.04 
 
 		 604 aa  395  1e-109  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1278  polysaccharide biosynthesis protein CapD  45.3 
 
 		 637 aa  396  1e-109  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000704719 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1871  putative epimerase/dehydratase polysaccharide-related biosynthesis protein  43.94 
 
 		 614 aa  393  1e-108  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1483  capsular polysaccharide biosynthesis  41.67 
 
 		 656 aa  395  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5070  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.36 
 
 		 612 aa  394  1e-108  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1997  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.86 
 
 		 650 aa  394  1e-108  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.521686 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2334  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.01 
 
 		 614 aa  393  1e-108  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000027  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3050  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.15 
 
 		 613 aa  393  1e-108  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3090  capsular polysaccharide biosynthesis protein  41.48 
 
 		 637 aa  391  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3127  capsular polysaccharide biosynthesis protein  41.48 
 
 		 637 aa  391  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1976  polysaccharide synthase family protein  41.48 
 
 		 637 aa  391  1e-107  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.113139  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3150  polysaccharide biosynthesis protein  41.48 
 
 		 637 aa  391  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0776  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.61 
 
 		 627 aa  390  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.905737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1838  polysaccharide synthase family protein  41.48 
 
 		 637 aa  391  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1306  nucleotide-diphosphate-sugar epimerase, membrane associated  38.04 
 
 		 635 aa  389  1e-107  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.238436  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3780  putative epimerase/dehydratase polysaccharide- related biosynthesis protein  43.13 
 
 		 625 aa  389  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00473075  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2767  polysaccharide synthase family protein  41.48 
 
 		 637 aa  391  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.149651  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2504  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.65 
 
 		 628 aa  391  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.288119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2650  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.48 
 
 		 607 aa  390  1e-107  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0937  polysaccharide synthase family protein  41.48 
 
 		 637 aa  391  1e-107  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.217913  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4505  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.27 
 
 		 610 aa  387  1e-106  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000203589  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14131  nucleotide-diphosphate-sugar epimerase, membrane-associated protein  42.74 
 
 		 520 aa  386  1e-106  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0857  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.27 
 
 		 627 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0408  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.27 
 
 		 627 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0887  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.27 
 
 		 627 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0631  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.69 
 
 		 670 aa  380  1e-104  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3385  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.37 
 
 		 651 aa  381  1e-104  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>