More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_23470 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1805  polysaccharide biosynthesis protein CapD  71.1 
 
 
688 aa  1005    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.287116  normal  0.196663 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3171  polysaccharide biosynthesis protein  50.84 
 
 
646 aa  640    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1756  nucleotide sugar epimerase/dehydratase WbpM  73.26 
 
 
664 aa  1016    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0505797  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3636  polysaccharide biosynthesis protein CapD  73.52 
 
 
664 aa  1021    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.49195 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2527  polysaccharide biosynthesis protein CapD  50.46 
 
 
646 aa  635    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4051  polysaccharide biosynthesis protein CapD  76.62 
 
 
664 aa  1065    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.8742  normal  0.411044 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1379  polysaccharide biosynthesis protein CapD  74.25 
 
 
675 aa  1038    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.136886  hitchhiker  0.000537083 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1131  polysaccharide biosynthesis protein CapD  63.6 
 
 
671 aa  825    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00726608  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1986  nucleotide sugar epimerase/dehydratase WbpM  94.29 
 
 
670 aa  1284    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2645  polysaccharide biosynthesis protein CapD  50.23 
 
 
649 aa  642    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30080  Polysaccharide biosynthesis protein  65.69 
 
 
765 aa  813    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.819591  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23470  nucleotide sugar epimerase/dehydratase WbpM  100 
 
 
665 aa  1352    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.00000000136897  hitchhiker  0.00347476 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3936  polysaccharide biosynthesis protein CapD  73.41 
 
 
670 aa  1007    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.218283 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1878  polysaccharide biosynthesis protein CapD  76 
 
 
622 aa  968    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.822308  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2244  polysaccharide biosynthesis protein  51.45 
 
 
644 aa  639    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36548  normal  0.0653141 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1414  polysaccharide biosynthesis protein CapD  70.69 
 
 
669 aa  1010    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.987327  normal  0.0491926 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2679  polysaccharide biosynthesis protein CapD  50.45 
 
 
647 aa  627  1e-178  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.999244  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0802  polysaccharide biosynthesis protein CapD  50.3 
 
 
676 aa  627  1e-178  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1680  polysaccharide biosynthesis protein CapD  50.61 
 
 
642 aa  623  1e-177  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.981888  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2876  polysaccharide biosynthesis protein CapD  50.08 
 
 
646 aa  624  1e-177  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0594  polysaccharide biosynthesis protein  48.4 
 
 
646 aa  617  1e-175  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0577  polysaccharide biosynthesis protein CapD  52.4 
 
 
627 aa  616  1e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.155394  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6005  polysaccharide biosynthesis protein CapD  50.15 
 
 
655 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.104997  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1486  polysaccharide biosynthesis protein CapD  49.85 
 
 
646 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0306155  normal  0.36533 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6495  polysaccharide biosynthesis protein CapD  50.77 
 
 
646 aa  614  9.999999999999999e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0813  polysaccharide biosynthesis protein CapD  48.17 
 
 
659 aa  607  9.999999999999999e-173  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.32823  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1416  polysaccharide biosynthesis protein CapD  51.44 
 
 
647 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.181862  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001764  nucleoside-diphosphate sugar epimerase/dehydratase  47.78 
 
 
662 aa  603  1.0000000000000001e-171  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000353165  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3480  polysaccharide biosynthesis protein CapD  48.48 
 
 
655 aa  602  1.0000000000000001e-171  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.179961  normal  0.331186 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1939  polysaccharide biosynthesis protein CapD  48.57 
 
 
664 aa  599  1e-170  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3456  nucleotide sugar epimerase/dehydratase  47.58 
 
 
635 aa  601  1e-170  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.360155  normal  0.018 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3983  polysaccharide biosynthesis protein CapD  49.69 
 
 
643 aa  598  1e-169  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3033  polysaccharide biosynthesis protein, putative epimerase/dehydratase  46.71 
 
 
644 aa  592  1e-168  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2723  polysaccharide biosynthesis protein CapD  48.23 
 
 
649 aa  587  1e-166  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1842  polysaccharide biosynthesis protein CapD type  47.62 
 
 
684 aa  576  1.0000000000000001e-163  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1573  polysaccharide biosynthesis protein CapD  49.16 
 
 
634 aa  573  1.0000000000000001e-162  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.883555  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0801  polysaccharide biosynthesis protein CapD  49.01 
 
 
668 aa  570  1e-161  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.950377  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3389  polysaccharide biosynthesis protein CapD  46.97 
 
 
630 aa  565  1e-160  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2611  polysaccharide biosynthesis protein CapD  46.77 
 
 
653 aa  567  1e-160  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.116735  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3273  polysaccharide biosynthesis protein CapD  46.89 
 
 
628 aa  565  1.0000000000000001e-159  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2638  mannosyl-transferase  46.92 
 
 
621 aa  560  1e-158  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2635  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.99 
 
 
682 aa  557  1e-157  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0605  polysaccharide biosynthesis protein CapD  48.62 
 
 
666 aa  549  1e-155  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0935812  normal  0.274375 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0520  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.53 
 
 
647 aa  522  1e-147  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4002  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.41 
 
 
615 aa  522  1e-146  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.63 
 
 
664 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.237133  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0371  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.12 
 
 
604 aa  515  1e-144  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0250  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.16 
 
 
665 aa  511  1e-143  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0234353 
 
 
-
 
NC_003296  RS02337  dTDP-glucose 4,6-dehydratase transmembrane protein  43.81 
 
 
665 aa  507  9.999999999999999e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.029341 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0612  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.55 
 
 
650 aa  508  9.999999999999999e-143  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.301721 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0697  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.99 
 
 
622 aa  477  1e-133  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1585  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.3 
 
 
653 aa  463  1e-129  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.216403  normal  0.968528 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0779  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.24 
 
 
644 aa  461  9.999999999999999e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.649745  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0510  epimerase/dehydratase, putative  43.24 
 
 
622 aa  454  1.0000000000000001e-126  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.798384  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0514  putative epimerase/dehydratase  42.9 
 
 
622 aa  449  1e-125  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2850  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.24 
 
 
655 aa  442  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1188  nucleotide sugar epimerase/dehydratase  44.24 
 
 
628 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2627  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.56 
 
 
628 aa  435  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2582  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.66 
 
 
647 aa  432  1e-120  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3857  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.84 
 
 
630 aa  429  1e-119  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0261396  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14281  nucleotide-diphosphate-sugar epimerase, membrane associated  37.56 
 
 
629 aa  427  1e-118  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1633  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.72 
 
 
647 aa  427  1e-118  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4411  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.35 
 
 
644 aa  420  1e-116  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4432  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.39 
 
 
626 aa  416  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.908556  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08591  nucleotide-diphosphate-sugar epimerase, membrane associated  41.24 
 
 
626 aa  416  9.999999999999999e-116  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000225321 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1306  nucleotide-diphosphate-sugar epimerase, membrane associated  36.64 
 
 
635 aa  414  1e-114  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.238436  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14131  nucleotide-diphosphate-sugar epimerase, membrane-associated protein  45.32 
 
 
520 aa  415  1e-114  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1278  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.57 
 
 
637 aa  410  1e-113  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000704719 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1871  putative epimerase/dehydratase polysaccharide-related biosynthesis protein  43.94 
 
 
614 aa  408  1.0000000000000001e-112  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1338  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.72 
 
 
646 aa  406  1.0000000000000001e-112  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0399433 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2334  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.21 
 
 
614 aa  403  1e-111  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000027  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1513  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.56 
 
 
638 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0299792  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1009  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.11 
 
 
635 aa  398  1e-109  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000685319  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2650  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.11 
 
 
607 aa  395  1e-108  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3385  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.51 
 
 
651 aa  394  1e-108  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2497  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.52 
 
 
613 aa  395  1e-108  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.495773  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1028  hypothetical protein  39.77 
 
 
621 aa  391  1e-107  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0995  hypothetical protein  39.52 
 
 
621 aa  390  1e-107  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3360  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.44 
 
 
642 aa  392  1e-107  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0903  polysaccharide biosynthesis protein  41.93 
 
 
615 aa  389  1e-106  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.999651  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5395  caspsular polysaccharide biosynthesis protein  38.36 
 
 
603 aa  388  1e-106  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.638255  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3403  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.71 
 
 
609 aa  388  1e-106  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.397319  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4081  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.75 
 
 
612 aa  388  1e-106  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5448  caspsular polysaccharide biosynthesis protein  38.36 
 
 
604 aa  388  1e-106  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3994  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.56 
 
 
612 aa  387  1e-106  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.460388 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3127  capsular polysaccharide biosynthesis protein  40 
 
 
637 aa  382  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5070  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.79 
 
 
612 aa  385  1e-105  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1976  polysaccharide synthase family protein  40 
 
 
637 aa  382  1e-105  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.113139  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.1 
 
 
617 aa  385  1e-105  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00235509  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3150  polysaccharide biosynthesis protein  40 
 
 
637 aa  382  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3984  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.11 
 
 
627 aa  382  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.430813 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0937  polysaccharide synthase family protein  40 
 
 
637 aa  382  1e-105  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.217913  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1838  polysaccharide synthase family protein  40 
 
 
637 aa  382  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0039  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.28 
 
 
620 aa  383  1e-105  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0776  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.16 
 
 
627 aa  383  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.905737  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3090  capsular polysaccharide biosynthesis protein  40 
 
 
637 aa  382  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2767  polysaccharide synthase family protein  40 
 
 
637 aa  382  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.149651  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2504  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.78 
 
 
628 aa  381  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.288119  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1997  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.97 
 
 
650 aa  380  1e-104  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.521686 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1272  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.93 
 
 
656 aa  381  1e-104  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>