More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1379 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1805  polysaccharide biosynthesis protein CapD  76.82 
 
 		 688 aa  1067    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.287116  normal  0.196663 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1878  polysaccharide biosynthesis protein CapD  70.61 
 
 		 622 aa  895    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.822308  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1756  nucleotide sugar epimerase/dehydratase WbpM  80 
 
 		 664 aa  1092    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0505797  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3636  polysaccharide biosynthesis protein CapD  79.97 
 
 		 664 aa  1097    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.49195 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30080  Polysaccharide biosynthesis protein  62.35 
 
 		 765 aa  785    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.819591  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4051  polysaccharide biosynthesis protein CapD  81.35 
 
 		 664 aa  1130    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.8742  normal  0.411044 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1131  polysaccharide biosynthesis protein CapD  59.17 
 
 		 671 aa  770    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00726608  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1986  nucleotide sugar epimerase/dehydratase WbpM  73.98 
 
 		 670 aa  1031    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1379  polysaccharide biosynthesis protein CapD  100 
 
 		 675 aa  1380    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.136886  hitchhiker  0.000537083 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3936  polysaccharide biosynthesis protein CapD  78.95 
 
 		 670 aa  1084    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.218283 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23470  nucleotide sugar epimerase/dehydratase WbpM  74.25 
 
 		 665 aa  1038    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.00000000136897  hitchhiker  0.00347476 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1414  polysaccharide biosynthesis protein CapD  78.37 
 
 		 669 aa  1095    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.987327  normal  0.0491926 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2645  polysaccharide biosynthesis protein CapD  50.76 
 
 		 649 aa  632  1e-180  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3171  polysaccharide biosynthesis protein  50.45 
 
 		 646 aa  623  1e-177  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2876  polysaccharide biosynthesis protein CapD  50.38 
 
 		 646 aa  618  1e-175  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2527  polysaccharide biosynthesis protein CapD  49.55 
 
 		 646 aa  618  1e-175  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2244  polysaccharide biosynthesis protein  50.99 
 
 		 644 aa  617  1e-175  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36548  normal  0.0653141 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0802  polysaccharide biosynthesis protein CapD  51 
 
 		 676 aa  615  9.999999999999999e-175  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0594  polysaccharide biosynthesis protein  48.33 
 
 		 646 aa  610  1e-173  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0577  polysaccharide biosynthesis protein CapD  52.97 
 
 		 627 aa  611  1e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.155394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1680  polysaccharide biosynthesis protein CapD  50.46 
 
 		 642 aa  611  1e-173  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.981888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3480  polysaccharide biosynthesis protein CapD  49.48 
 
 		 655 aa  607  9.999999999999999e-173  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.179961  normal  0.331186 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1486  polysaccharide biosynthesis protein CapD  50.23 
 
 		 646 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0306155  normal  0.36533 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2679  polysaccharide biosynthesis protein CapD  48.18 
 
 		 647 aa  595  1e-169  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.999244  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1416  polysaccharide biosynthesis protein CapD  50.68 
 
 		 647 aa  596  1e-169  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.181862  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3456  nucleotide sugar epimerase/dehydratase  48.18 
 
 		 635 aa  597  1e-169  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.360155  normal  0.018 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6005  polysaccharide biosynthesis protein CapD  48.41 
 
 		 655 aa  593  1e-168  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.104997  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6495  polysaccharide biosynthesis protein CapD  48.94 
 
 		 646 aa  592  1e-168  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3983  polysaccharide biosynthesis protein CapD  49.77 
 
 		 643 aa  592  1e-167  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2723  polysaccharide biosynthesis protein CapD  47.86 
 
 		 649 aa  585  1e-166  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001764  nucleoside-diphosphate sugar epimerase/dehydratase  49.09 
 
 		 662 aa  588  1e-166  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000353165  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3033  polysaccharide biosynthesis protein, putative epimerase/dehydratase  46.84 
 
 		 644 aa  575  1.0000000000000001e-163  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1939  polysaccharide biosynthesis protein CapD  48.11 
 
 		 664 aa  576  1.0000000000000001e-163  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0813  polysaccharide biosynthesis protein CapD  46.2 
 
 		 659 aa  565  1.0000000000000001e-159  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.32823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2635  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.78 
 
 		 682 aa  564  1.0000000000000001e-159  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2611  polysaccharide biosynthesis protein CapD  46.95 
 
 		 653 aa  561  1e-158  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.116735  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1842  polysaccharide biosynthesis protein CapD type  47.55 
 
 		 684 aa  556  1e-157  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2638  mannosyl-transferase  46.83 
 
 		 621 aa  554  1e-156  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0801  polysaccharide biosynthesis protein CapD  48.62 
 
 		 668 aa  551  1e-155  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.950377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1573  polysaccharide biosynthesis protein CapD  46.69 
 
 		 634 aa  541  9.999999999999999e-153  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.883555  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0605  polysaccharide biosynthesis protein CapD  46.69 
 
 		 666 aa  537  1e-151  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0935812  normal  0.274375 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3273  polysaccharide biosynthesis protein CapD  45.04 
 
 		 628 aa  534  1e-150  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3389  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.85 
 
 		 630 aa  531  1e-149  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0520  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.62 
 
 		 647 aa  525  1e-147  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0371  polysaccharide biosynthesis protein CapD  45.66 
 
 		 604 aa  516  1.0000000000000001e-145  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.21 
 
 		 664 aa  513  1e-144  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.237133  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0612  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.63 
 
 		 650 aa  511  1e-143  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.301721 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0250  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.1 
 
 		 665 aa  506  9.999999999999999e-143  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0234353 
 
 
-
 
NC_003296  RS02337  dTDP-glucose 4,6-dehydratase transmembrane protein  42.88 
 
 		 665 aa  497  1e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.029341 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4002  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.32 
 
 		 615 aa  492  1e-137  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0779  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.74 
 
 		 644 aa  470  1.0000000000000001e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.649745  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0697  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.85 
 
 		 622 aa  460  9.999999999999999e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0510  epimerase/dehydratase, putative  42.43 
 
 		 622 aa  453  1.0000000000000001e-126  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.798384  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0514  putative epimerase/dehydratase  42.1 
 
 		 622 aa  448  1.0000000000000001e-124  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1585  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.61 
 
 		 653 aa  443  1e-123  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.216403  normal  0.968528 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2850  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.27 
 
 		 655 aa  437  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1188  nucleotide sugar epimerase/dehydratase  43.27 
 
 		 628 aa  438  1e-121  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2627  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.88 
 
 		 628 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3857  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.22 
 
 		 630 aa  424  1e-117  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0261396  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2582  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.16 
 
 		 647 aa  419  1e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1633  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.7 
 
 		 647 aa  415  1e-114  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1338  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.16 
 
 		 646 aa  414  1e-114  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0399433 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08591  nucleotide-diphosphate-sugar epimerase, membrane associated  41.07 
 
 		 626 aa  410  1e-113  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000225321 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1306  nucleotide-diphosphate-sugar epimerase, membrane associated  37.71 
 
 		 635 aa  408  1.0000000000000001e-112  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.238436  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14281  nucleotide-diphosphate-sugar epimerase, membrane associated  37.37 
 
 		 629 aa  407  1.0000000000000001e-112  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3994  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.22 
 
 		 612 aa  404  1e-111  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.460388 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3360  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.81 
 
 		 642 aa  404  1e-111  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1871  putative epimerase/dehydratase polysaccharide-related biosynthesis protein  42.24 
 
 		 614 aa  401  9.999999999999999e-111  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2497  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.72 
 
 		 613 aa  400  9.999999999999999e-111  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.495773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14131  nucleotide-diphosphate-sugar epimerase, membrane-associated protein  44.49 
 
 		 520 aa  402  9.999999999999999e-111  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4081  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.03 
 
 		 612 aa  402  9.999999999999999e-111  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2334  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.01 
 
 		 614 aa  395  1e-108  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000027  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3385  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.9 
 
 		 651 aa  395  1e-108  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4432  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.53 
 
 		 626 aa  389  1e-107  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.908556  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1278  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.41 
 
 		 637 aa  390  1e-107  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000704719 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4411  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.59 
 
 		 644 aa  391  1e-107  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1028  hypothetical protein  38.17 
 
 		 621 aa  387  1e-106  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3268  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.03 
 
 		 629 aa  389  1e-106  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3403  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.95 
 
 		 609 aa  386  1e-106  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.397319  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0995  hypothetical protein  38.01 
 
 		 621 aa  385  1e-105  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2281  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.77 
 
 		 630 aa  385  1e-105  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2650  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.45 
 
 		 607 aa  384  1e-105  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1513  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.5 
 
 		 638 aa  383  1e-105  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0299792  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3780  putative epimerase/dehydratase polysaccharide- related biosynthesis protein  41.02 
 
 		 625 aa  383  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00473075  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5448  caspsular polysaccharide biosynthesis protein  39.79 
 
 		 604 aa  384  1e-105  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5395  caspsular polysaccharide biosynthesis protein  39.45 
 
 		 603 aa  381  1e-104  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.638255  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3984  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.6 
 
 		 627 aa  382  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.430813 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0408  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.47 
 
 		 627 aa  382  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0857  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.47 
 
 		 627 aa  381  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0887  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.47 
 
 		 627 aa  382  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2289  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.5 
 
 		 629 aa  376  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.195008  normal  0.481233 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0138  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.23 
 
 		 607 aa  377  1e-103  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5070  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.2 
 
 		 612 aa  377  1e-103  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3494  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.36 
 
 		 627 aa  377  1e-103  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000299529  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1009  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.73 
 
 		 635 aa  379  1e-103  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000685319  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0143  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.23 
 
 		 611 aa  377  1e-103  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0902  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.27 
 
 		 625 aa  376  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2504  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.69 
 
 		 628 aa  375  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.288119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0128  hypothetical protein  39.2 
 
 		 635 aa  374  1e-102  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0776  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40 
 
 		 627 aa  375  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.905737  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>