More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS02337 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS02337  dTDP-glucose 4,6-dehydratase transmembrane protein  100 
 
 
665 aa  1344    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.029341 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.82 
 
 
664 aa  860    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.237133  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2679  polysaccharide biosynthesis protein CapD  47.94 
 
 
647 aa  524  1e-147  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.999244  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1414  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.58 
 
 
669 aa  521  1e-146  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.987327  normal  0.0491926 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6495  polysaccharide biosynthesis protein CapD  46.5 
 
 
646 aa  518  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0802  polysaccharide biosynthesis protein CapD  46.37 
 
 
676 aa  517  1.0000000000000001e-145  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2635  polysaccharide biosynthesis protein CapD  45.21 
 
 
682 aa  516  1.0000000000000001e-145  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6005  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.89 
 
 
655 aa  514  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.104997  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1986  nucleotide sugar epimerase/dehydratase WbpM  43.81 
 
 
670 aa  514  1e-144  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2723  polysaccharide biosynthesis protein CapD  46.21 
 
 
649 aa  513  1e-144  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23470  nucleotide sugar epimerase/dehydratase WbpM  43.81 
 
 
665 aa  514  1e-144  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.00000000136897  hitchhiker  0.00347476 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1805  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.17 
 
 
688 aa  510  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.287116  normal  0.196663 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1131  polysaccharide biosynthesis protein CapD  45.55 
 
 
671 aa  511  1e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00726608  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3480  polysaccharide biosynthesis protein CapD  45.23 
 
 
655 aa  509  1e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.179961  normal  0.331186 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1573  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.9 
 
 
634 aa  507  9.999999999999999e-143  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.883555  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2244  polysaccharide biosynthesis protein  47.95 
 
 
644 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36548  normal  0.0653141 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2611  polysaccharide biosynthesis protein CapD  46.83 
 
 
653 aa  508  9.999999999999999e-143  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.116735  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3171  polysaccharide biosynthesis protein  47.75 
 
 
646 aa  505  1e-141  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4051  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.12 
 
 
664 aa  502  1e-141  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.8742  normal  0.411044 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1379  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.88 
 
 
675 aa  504  1e-141  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.136886  hitchhiker  0.000537083 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0577  polysaccharide biosynthesis protein CapD  48.08 
 
 
627 aa  499  1e-140  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.155394  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3936  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.41 
 
 
670 aa  500  1e-140  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.218283 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2527  polysaccharide biosynthesis protein CapD  47.92 
 
 
646 aa  502  1e-140  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3636  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.89 
 
 
664 aa  496  1e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.49195 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1842  polysaccharide biosynthesis protein CapD type  45.4 
 
 
684 aa  496  1e-139  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0813  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.35 
 
 
659 aa  495  9.999999999999999e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.32823  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3983  polysaccharide biosynthesis protein CapD  47.11 
 
 
643 aa  493  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0594  polysaccharide biosynthesis protein  44.95 
 
 
646 aa  491  1e-137  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2645  polysaccharide biosynthesis protein CapD  46.01 
 
 
649 aa  489  1e-137  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1756  nucleotide sugar epimerase/dehydratase WbpM  43.43 
 
 
664 aa  486  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0505797  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001764  nucleoside-diphosphate sugar epimerase/dehydratase  45.51 
 
 
662 aa  487  1e-136  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000353165  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30080  Polysaccharide biosynthesis protein  44.85 
 
 
765 aa  488  1e-136  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.819591  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3033  polysaccharide biosynthesis protein, putative epimerase/dehydratase  44.57 
 
 
644 aa  484  1e-135  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1680  polysaccharide biosynthesis protein CapD  46.02 
 
 
642 aa  483  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.981888  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1486  polysaccharide biosynthesis protein CapD  46.25 
 
 
646 aa  480  1e-134  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0306155  normal  0.36533 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2876  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.99 
 
 
646 aa  481  1e-134  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0605  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.71 
 
 
666 aa  481  1e-134  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0935812  normal  0.274375 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1939  polysaccharide biosynthesis protein CapD  45.64 
 
 
664 aa  480  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0520  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.85 
 
 
647 aa  476  1e-133  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0371  polysaccharide biosynthesis protein CapD  45.18 
 
 
604 aa  477  1e-133  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1878  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.82 
 
 
622 aa  473  1e-132  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.822308  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3456  nucleotide sugar epimerase/dehydratase  41.85 
 
 
635 aa  475  1e-132  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.360155  normal  0.018 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3273  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.99 
 
 
628 aa  469  1.0000000000000001e-131  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3389  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.25 
 
 
630 aa  467  9.999999999999999e-131  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4002  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.12 
 
 
615 aa  462  1e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0697  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.75 
 
 
622 aa  460  9.999999999999999e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1585  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.15 
 
 
653 aa  461  9.999999999999999e-129  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.216403  normal  0.968528 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2638  mannosyl-transferase  43.13 
 
 
621 aa  456  1e-127  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0250  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.29 
 
 
665 aa  456  1e-127  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0234353 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1416  polysaccharide biosynthesis protein CapD  45.77 
 
 
647 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.181862  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0801  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.33 
 
 
668 aa  451  1e-125  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.950377  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0612  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.77 
 
 
650 aa  442  1e-123  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.301721 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2582  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.37 
 
 
647 aa  443  1e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1633  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.6 
 
 
647 aa  440  9.999999999999999e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14281  nucleotide-diphosphate-sugar epimerase, membrane associated  38.96 
 
 
629 aa  439  9.999999999999999e-123  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0779  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.29 
 
 
644 aa  436  1e-121  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.649745  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0510  epimerase/dehydratase, putative  42.47 
 
 
622 aa  429  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.798384  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08591  nucleotide-diphosphate-sugar epimerase, membrane associated  43.67 
 
 
626 aa  426  1e-118  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000225321 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0514  putative epimerase/dehydratase  42.29 
 
 
622 aa  426  1e-118  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2334  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.61 
 
 
614 aa  423  1e-117  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000027  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1338  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.96 
 
 
646 aa  422  1e-116  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0399433 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4432  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.08 
 
 
626 aa  419  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.908556  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3403  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.62 
 
 
609 aa  414  1e-114  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.397319  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4411  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.19 
 
 
644 aa  409  1e-113  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14131  nucleotide-diphosphate-sugar epimerase, membrane-associated protein  41.02 
 
 
520 aa  407  1.0000000000000001e-112  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1871  putative epimerase/dehydratase polysaccharide-related biosynthesis protein  41.16 
 
 
614 aa  399  9.999999999999999e-111  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1306  nucleotide-diphosphate-sugar epimerase, membrane associated  40.11 
 
 
635 aa  400  9.999999999999999e-111  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.238436  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3050  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.12 
 
 
613 aa  397  1e-109  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2650  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.97 
 
 
607 aa  397  1e-109  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3268  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.33 
 
 
629 aa  397  1e-109  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3857  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.64 
 
 
630 aa  396  1e-109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0261396  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0910  capsular polysaccharide biosynthesis protein  36.79 
 
 
614 aa  394  1e-108  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.143929  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1188  nucleotide sugar epimerase/dehydratase  41.93 
 
 
628 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5070  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.71 
 
 
612 aa  390  1e-107  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2850  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.03 
 
 
655 aa  391  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0903  polysaccharide biosynthesis protein  39.03 
 
 
615 aa  388  1e-106  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.999651  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2627  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.43 
 
 
628 aa  386  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0128  hypothetical protein  38.72 
 
 
635 aa  387  1e-106  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5448  caspsular polysaccharide biosynthesis protein  40.98 
 
 
604 aa  384  1e-105  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1513  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.4 
 
 
638 aa  383  1e-105  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0299792  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3385  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.97 
 
 
651 aa  384  1e-105  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5395  caspsular polysaccharide biosynthesis protein  40.39 
 
 
603 aa  380  1e-104  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.638255  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1272  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.46 
 
 
656 aa  380  1e-104  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3994  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.53 
 
 
612 aa  379  1e-104  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.460388 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1009  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.22 
 
 
635 aa  376  1e-103  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000685319  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.86 
 
 
617 aa  378  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00235509  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3984  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.78 
 
 
627 aa  379  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.430813 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1278  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.52 
 
 
637 aa  376  1e-103  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000704719 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3780  putative epimerase/dehydratase polysaccharide- related biosynthesis protein  41.78 
 
 
625 aa  376  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00473075  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4081  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.36 
 
 
612 aa  378  1e-103  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4505  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.19 
 
 
610 aa  378  1e-103  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000203589  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0857  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.84 
 
 
627 aa  375  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0776  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.52 
 
 
627 aa  375  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.905737  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0573  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.75 
 
 
633 aa  373  1e-102  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1483  capsular polysaccharide biosynthesis  42.8 
 
 
656 aa  373  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0902  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.59 
 
 
625 aa  373  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0408  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.84 
 
 
627 aa  375  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0887  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.84 
 
 
627 aa  375  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3360  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.48 
 
 
642 aa  375  1e-102  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3090  capsular polysaccharide biosynthesis protein  39.63 
 
 
637 aa  371  1e-101  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>