More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_2228 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_2228  regulatory protein GntR HTH  100 
 
 		 228 aa  455  1e-127  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.814458  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2215  regulatory protein GntR HTH  89.47 
 
 		 228 aa  415  9.999999999999999e-116  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3580  GntR domain protein  47.09 
 
 		 240 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.486373 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3259  GntR domain protein  45.45 
 
 		 233 aa  202  4e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.847786  normal  0.0347939 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2628  regulatory protein GntR HTH  50.69 
 
 		 234 aa  199  3.9999999999999996e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.404376  normal  0.597064 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3026  GntR domain protein  43.56 
 
 		 233 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2067  GntR domain protein  27.49 
 
 		 252 aa  79  0.00000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000610321  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  28.7 
 
 		 253 aa  78.2  0.00000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 249 aa  77.8  0.0000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11478  transcriptional regulator, GntR family protein  26.7 
 
 		 233 aa  77  0.0000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4447  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 252 aa  76.3  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.614266  normal  0.249195 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 270 aa  76.3  0.0000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  28.86 
 
 		 227 aa  75.5  0.0000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  29.26 
 
 		 272 aa  74.7  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  29 
 
 		 253 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 268 aa  73.9  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2365  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 251 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0740393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21660  transcriptional regulator, GntR family  37.4 
 
 		 235 aa  73.2  0.000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.716798 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  27.95 
 
 		 243 aa  73.2  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5756  GntR domain protein  26.6 
 
 		 236 aa  73.2  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.294858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  25.35 
 
 		 250 aa  73.2  0.000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 253 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 268 aa  72.4  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  28.02 
 
 		 251 aa  72.4  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  28.07 
 
 		 249 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  28.07 
 
 		 249 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  28.07 
 
 		 249 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2703  GntR domain-containing protein  28.25 
 
 		 225 aa  71.6  0.000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.121781  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5438  transcriptional regulator GntR family  26.42 
 
 		 251 aa  72  0.000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2122  GntR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 255 aa  71.6  0.000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2418  GntR domain-containing protein  30.77 
 
 		 238 aa  71.6  0.000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.211481 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1707  GntR domain protein  29.21 
 
 		 252 aa  71.6  0.000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1728  GntR domain-containing protein  32.34 
 
 		 234 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  27.44 
 
 		 238 aa  70.9  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1263  GntR domain protein  28.12 
 
 		 229 aa  70.9  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3725  transcriptional regulator NanR  26.46 
 
 		 237 aa  71.2  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.235628  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  27.59 
 
 		 251 aa  70.5  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3340  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.15 
 
 		 240 aa  70.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.155868 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4797  GntR domain protein  26.79 
 
 		 247 aa  70.5  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.19028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3662  transcriptional regulator NanR  23.89 
 
 		 260 aa  70.1  0.00000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.215207  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1885  GntR domain-containing protein  31.1 
 
 		 234 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.219739  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1631  GntR domain protein  27.8 
 
 		 267 aa  70.1  0.00000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2218  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  33.12 
 
 		 255 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0409255  hitchhiker  0.007316 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4937  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  28.57 
 
 		 256 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.100111 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5490  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  28.57 
 
 		 256 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.290272  hitchhiker  0.000168771 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5347  transcriptional regulator GntR family  31.33 
 
 		 242 aa  69.3  0.00000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3534  GntR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 248 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0913049  normal  0.268016 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 247 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4621  GntR domain protein  27.6 
 
 		 225 aa  69.3  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.471492  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4353  GntR domain protein  27.15 
 
 		 225 aa  69.7  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.217237 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4413  GntR domain protein  32.54 
 
 		 241 aa  69.3  0.00000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3919  transcriptional regulator GntR family  26.46 
 
 		 231 aa  69.3  0.00000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.375079  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1852  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 252 aa  68.9  0.00000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.232609  normal  0.988084 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2254  GntR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 232 aa  68.6  0.00000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.385472  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  25.71 
 
 		 247 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3282  GntR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 261 aa  68.6  0.00000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2173  GntR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 234 aa  68.6  0.00000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.727858  normal  0.299603 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0693  GntR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 218 aa  68.6  0.00000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.362471  normal  0.707531 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6391  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  32.52 
 
 		 255 aa  68.2  0.00000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  27.31 
 
 		 255 aa  68.2  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4197  GntR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 255 aa  68.2  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.675851  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4681  GntR domain protein  25.89 
 
 		 247 aa  68.2  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  31.33 
 
 		 233 aa  67  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  33.08 
 
 		 241 aa  67.4  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  28.14 
 
 		 253 aa  67  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4555  regulatory protein GntR HTH  30.86 
 
 		 265 aa  67  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0034  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  28.14 
 
 		 256 aa  67  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3484  GntR domain-containing protein  29.94 
 
 		 232 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0607093  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  28.14 
 
 		 253 aa  67  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3609  GntR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 246 aa  67  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.214475 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5644  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  32.48 
 
 		 263 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.181455  normal  0.540253 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  29.08 
 
 		 235 aa  66.6  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 247 aa  66.6  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  29.76 
 
 		 273 aa  66.6  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1606  GntR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 233 aa  66.6  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.360023  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1538  transcriptional regulator, GntR family  23.87 
 
 		 242 aa  67  0.0000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0494418 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 272 aa  66.6  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  28.64 
 
 		 230 aa  66.2  0.0000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0399  GntR domain protein  31.37 
 
 		 224 aa  66.6  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1972  putative pyruvate dehydrogenase complex repressor  31.03 
 
 		 260 aa  66.6  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0510687  normal  0.668194 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1298  GntR domain protein  24.88 
 
 		 242 aa  66.6  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0878835  normal  0.515032 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0307  GntR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 234 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1787  GntR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 239 aa  66.2  0.0000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0160831  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  29.52 
 
 		 239 aa  65.9  0.0000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2470  transcriptional regulator, GntR family  27.52 
 
 		 229 aa  66.2  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.656489  normal  0.0874374 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5932  GntR domain protein  29.01 
 
 		 234 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  26.75 
 
 		 273 aa  66.2  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  32.19 
 
 		 249 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03086  transcriptional regulator NanR  22.32 
 
 		 263 aa  65.9  0.0000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.264497  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0480  regulatory protein GntR HTH  22.22 
 
 		 263 aa  65.9  0.0000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.143431  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03037  hypothetical protein  22.32 
 
 		 263 aa  65.9  0.0000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.359811  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4543  transcriptional regulator NanR  22.32 
 
 		 260 aa  65.9  0.0000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.136259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2241  GntR domain protein  24.74 
 
 		 227 aa  65.9  0.0000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.328409 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3550  transcriptional regulator NanR  22.32 
 
 		 260 aa  65.9  0.0000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0970448  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0480  transcriptional regulator NanR  22.22 
 
 		 263 aa  65.9  0.0000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.426599  normal  0.544762 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3414  transcriptional regulator NanR  22.32 
 
 		 260 aa  65.9  0.0000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0111616  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  27.4 
 
 		 262 aa  65.9  0.0000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0260  GntR domain-containing protein  25.94 
 
 		 233 aa  65.9  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3708  transcriptional regulator NanR  22.32 
 
 		 260 aa  65.9  0.0000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.012881  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4879  GntR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 234 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>