More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4682 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4682  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 		 192 aa  395  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.706561 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22220  Transcriptional regulator, LuxR family  36.61 
 
 		 188 aa  130  9e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.339277  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2463  LuxR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 423 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3282  LuxR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 202 aa  129  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1564  LuxR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 181 aa  125  5e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1960  LuxR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 181 aa  124  7e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1761  transcriptional regulator, LuxR family  37.21 
 
 		 181 aa  124  7e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247672  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2762  transcriptional regulator, LuxR family  37.5 
 
 		 181 aa  122  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3128  LuxR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 181 aa  122  4e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3273  LuxR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 185 aa  122  4e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4267  LuxR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 180 aa  121  5e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1785  LuxR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 228 aa  121  6e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1268  LuxR family transcriptional regulator  38.42 
 
 		 181 aa  121  7e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.550511  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2686  LuxR family regulatory protein  35.47 
 
 		 203 aa  120  9e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1152  LuxR family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 181 aa  118  3.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2659  putative PAS/PAC sensor protein  36.67 
 
 		 184 aa  117  9e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610305  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1569  putative transcription regulator protein  37.5 
 
 		 181 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1984  transcriptional regulator, LuxR family  36.93 
 
 		 181 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3263  transcriptional regulator, LuxR family  36.61 
 
 		 188 aa  117  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19467  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2636  LuxR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 206 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1365  LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 181 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1654  transcriptional regulator, LuxR family  36.93 
 
 		 181 aa  116  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00914552  normal  0.0273292 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3436  LuxR family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 190 aa  115  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5257  LuxR family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 201 aa  114  6e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272579  normal  0.17702 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0982  LuxR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 228 aa  114  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1464  LuxR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 228 aa  114  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1389  LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 181 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.261896  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1349  LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 181 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4609  LuxR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 181 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187636  normal  0.5658 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1442  LuxR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 181 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1904  LuxR family transcriptional regulator  35 
 
 		 184 aa  112  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1109  LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 181 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0705073  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1876  LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 181 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0402354  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1698  PAS  36.36 
 
 		 181 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.361141  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0949  LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 181 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.359362  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1551  LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 181 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2609  LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 181 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0214  LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 181 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.231548  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1723  sensory box transcriptional regulator  36.36 
 
 		 181 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1985  LuxR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 185 aa  107  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000655544 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1455  LuxR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 197 aa  104  7e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.231735  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1516  LuxR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 182 aa  95.9  3e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0300196  normal  0.667528 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03553  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system wtih UhpB  52.63 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0034  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.63 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3882  DNA-binding transcriptional activator UhpA  52.63 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4034  DNA-binding transcriptional activator UhpA  52.63 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.383338 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03495  hypothetical protein  52.63 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4178  DNA-binding transcriptional activator UhpA  52.63 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5099  DNA-binding transcriptional activator UhpA  52.63 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0828785 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4250  DNA-binding transcriptional activator UhpA  52.63 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0030  DNA-binding transcriptional activator UhpA  52.63 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4000  DNA-binding transcriptional activator UhpA  50.88 
 
 		 196 aa  62  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.348805  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4071  DNA-binding transcriptional activator UhpA  50.88 
 
 		 196 aa  62  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4179  DNA-binding transcriptional activator UhpA  50.88 
 
 		 196 aa  62  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4121  DNA-binding transcriptional activator UhpA  50.88 
 
 		 196 aa  62  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.97066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4016  DNA-binding transcriptional activator UhpA  50.88 
 
 		 196 aa  62  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0700  two component transcriptional regulator, LuxR family  54.55 
 
 		 218 aa  60.5  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00980919  normal  0.316207 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4132  two-component system response regulator  48.28 
 
 		 196 aa  60.8  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.249835 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4080  transcriptional regulatory protein UhpA  48.28 
 
 		 196 aa  60.8  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0027  DNA-binding transcriptional activator UhpA  46.27 
 
 		 197 aa  60.1  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0081  two component LuxR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 196 aa  60.1  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3504  DNA-binding transcriptional activator UhpA  50.88 
 
 		 196 aa  60.5  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0132  two component LuxR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 196 aa  58.5  0.00000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.401597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0294  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.29 
 
 		 1071 aa  58.2  0.00000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.565561 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_934  DNA-binding response regulator, LuxR family  44.44 
 
 		 232 aa  57.4  0.0000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.717523  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0945  two component LuxR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 232 aa  57.4  0.0000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0241  LuxR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 216 aa  56.6  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3357  two component LuxR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 238 aa  56.6  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.1255  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1063  LuxR family DNA-binding response regulator  44.44 
 
 		 232 aa  56.2  0.0000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.815436  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2791  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.62 
 
 		 213 aa  56.2  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0590322  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1317  response regulator  47.37 
 
 		 220 aa  55.5  0.0000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.500574  normal  0.0503905 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3850  two component LuxR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 209 aa  55.1  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1499  LuxR family two component transcriptional regulator  44.64 
 
 		 209 aa  55.1  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1204  two component LuxR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 213 aa  54.7  0.0000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1286  two component LuxR family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 213 aa  54.7  0.0000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0306  two component LuxR family transcriptional regulator  50.94 
 
 		 215 aa  54.7  0.0000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000161342  hitchhiker  0.00000159266 
 
 
-
 
NC_002950  PG1431  LuxR family DNA-binding response regulator  45.28 
 
 		 227 aa  54.3  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.338793 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.48 
 
 		 1093 aa  53.9  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4474  regulatory protein, LuxR  46.43 
 
 		 977 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0017385 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1878  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.64 
 
 		 208 aa  53.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2343  two component LuxR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 211 aa  53.9  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.999882  normal  0.0841394 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01500  response regulator (activator) in two-component regulatory system wtih UhpB, regulates uhpT expression (LuxR/UhpA family) protein  45.9 
 
 		 218 aa  53.1  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3796  two component LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 209 aa  53.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3390  LuxR family two component transcriptional regulator  45.45 
 
 		 228 aa  53.5  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.269937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3517  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 201 aa  53.5  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.751217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3697  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 201 aa  53.5  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1646  two component LuxR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 219 aa  53.1  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.92254 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5409  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.11 
 
 		 223 aa  52.8  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00220575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2041  response regulator receiver protein  47.46 
 
 		 214 aa  53.1  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212509  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5215  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 217 aa  52.8  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1135  two component LuxR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 201 aa  52.4  0.000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.564331  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3082  two component LuxR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 201 aa  52.4  0.000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0470395  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4714  transcriptional regulator, LuxR family  47.06 
 
 		 929 aa  52.4  0.000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4101  two component LuxR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 229 aa  52.4  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.878116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0530  two component LuxR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 211 aa  52  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4157  DNA-binding response regulator  41.82 
 
 		 202 aa  51.6  0.000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0467  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 200 aa  52  0.000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3745  response regulator receiver protein  43.64 
 
 		 203 aa  52  0.000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.311585 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0478  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 200 aa  52  0.000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4471  transcriptional regulator, LuxR family  40.32 
 
 		 680 aa  51.6  0.000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.129361 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>