More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01500 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01500  response regulator (activator) in two-component regulatory system wtih UhpB, regulates uhpT expression (LuxR/UhpA family) protein  100 
 
 		 218 aa  443  1.0000000000000001e-124  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3105  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.28 
 
 		 223 aa  132  5e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0622  transcriptional regulator UhpA  36.5 
 
 		 208 aa  125  4.0000000000000003e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1782  two component LuxR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 214 aa  125  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000360675 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0983  two component LuxR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 213 aa  122  3e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0876  two component LuxR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 233 aa  121  8e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.481499  normal  0.345787 
 
 
-
 
NC_002936  DET1063  LuxR family DNA-binding response regulator  36.2 
 
 		 232 aa  121  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.815436  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2482  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.33 
 
 		 211 aa  121  9.999999999999999e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3229  LuxR family DNA-binding response regulator  32.26 
 
 		 229 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1369  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.83 
 
 		 218 aa  118  4.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.380225  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0180  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.43 
 
 		 213 aa  118  6e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0815  two component LuxR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 213 aa  118  6e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3668  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.66 
 
 		 213 aa  118  6e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6032  response regulator receiver protein  33.96 
 
 		 218 aa  118  6e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2402  LuxR family DNA-binding response regulator  34.63 
 
 		 209 aa  118  7e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000137953  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1688  LuxR family DNA-binding response regulator  34.63 
 
 		 209 aa  118  7e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000202542  normal  0.0533619 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2499  two component LuxR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 209 aa  118  7e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.449467  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0829  two component LuxR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 219 aa  117  9.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0121621 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1775  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.83 
 
 		 209 aa  117  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.814588  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1192  transcriptional regulator of LuxR family protein  30.62 
 
 		 214 aa  117  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1547  response regulator  29.19 
 
 		 214 aa  116  3e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000288339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1608  response regulator  29.19 
 
 		 214 aa  116  3e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000660452  normal  0.150334 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2677  response regulator  29.19 
 
 		 214 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0738952  normal  0.957867 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2600  response regulator  29.19 
 
 		 214 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000388579  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3390  LuxR family two component transcriptional regulator  33.18 
 
 		 228 aa  115  3.9999999999999997e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.269937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1782  response regulator  29.19 
 
 		 214 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0381154  hitchhiker  0.0000000750596 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2562  response regulator  29.19 
 
 		 214 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0171044  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0790  two component LuxR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 214 aa  115  5e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.870503  normal  0.997505 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0945  two component LuxR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 232 aa  115  6e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1614  response regulator  29.05 
 
 		 214 aa  115  6e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000746753  normal  0.505035 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1848  response regulator  27.19 
 
 		 218 aa  115  6e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0524957  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1860  response regulator  29.19 
 
 		 214 aa  114  7.999999999999999e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2635  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.12 
 
 		 217 aa  114  8.999999999999998e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000528497  hitchhiker  0.00476816 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1639  response regulator  28.1 
 
 		 226 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00137195  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02748  response regulator  28.23 
 
 		 214 aa  113  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0836  two component LuxR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 210 aa  113  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0590  two component LuxR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 215 aa  113  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2722  two component LuxR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 214 aa  113  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.378798 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2299  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 221 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0603  two component LuxR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 215 aa  113  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0581  two component LuxR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 215 aa  113  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_934  DNA-binding response regulator, LuxR family  34.6 
 
 		 232 aa  112  3e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.717523  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4502  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.86 
 
 		 205 aa  112  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.438194 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1026  response regulator protein  31.55 
 
 		 217 aa  112  3e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1987  two component LuxR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 213 aa  112  5e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.429674  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0342  LuxR family DNA-binding response regulator  31.66 
 
 		 213 aa  112  5e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0601944  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1233  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.25 
 
 		 220 aa  112  5e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.681342  normal  0.792953 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0358  LuxR family DNA-binding response regulator  31.66 
 
 		 213 aa  112  5e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.363  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1646  two component LuxR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 219 aa  112  6e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.92254 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0083  two component LuxR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 210 aa  111  7.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3271  response regulator  29.19 
 
 		 214 aa  111  8.000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0222898  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0438  transcriptional regulatory protein UhpA  34.55 
 
 		 209 aa  111  9e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2941  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.28 
 
 		 219 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.911135  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0023  two component LuxR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 221 aa  111  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.273145  hitchhiker  0.00000136124 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1997  two component LuxR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 218 aa  110  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4628  two component LuxR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 219 aa  111  1.0000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2012  response regulator  28.57 
 
 		 218 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000124814  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1732  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.57 
 
 		 218 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000321601  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0901  two component LuxR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 235 aa  110  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2686  response regulator  28.57 
 
 		 218 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000957663  normal  0.053055 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1539  two component LuxR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 230 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1269  response regulator  28.57 
 
 		 218 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000584326  hitchhiker  0.00198125 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1725  response regulator  28.57 
 
 		 218 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000351159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2345  two component transcriptional regulator  32.84 
 
 		 220 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.499423  normal  0.134206 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2147  response regulator  28.57 
 
 		 218 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000040455  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1041  response regulator  28.57 
 
 		 218 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644757  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1450  response regulator  27.65 
 
 		 218 aa  109  3e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1664  two component LuxR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 218 aa  109  3e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.49018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1336  two component LuxR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 208 aa  108  4.0000000000000004e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1643  two component LuxR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 219 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.118638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2141  response regulator  27.27 
 
 		 214 aa  109  4.0000000000000004e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.126922  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1873  response regulator receiver protein  34.12 
 
 		 215 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.56104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1873  two component LuxR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 219 aa  108  5e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4296  two component LuxR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 214 aa  108  5e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.891496  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0127  LuxR family DNA-binding response regulator  32.09 
 
 		 215 aa  108  6e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.914848  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1551  LuxR family DNA-binding response regulator  32.09 
 
 		 215 aa  108  6e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1634  LuxR family DNA-binding response regulator  32.09 
 
 		 215 aa  108  6e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6469  two component LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 		 213 aa  108  6e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.53826 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2071  LuxR family DNA-binding response regulator  30 
 
 		 215 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3248  LuxR family DNA-binding response regulator  30 
 
 		 215 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.780539  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1379  LuxR family DNA-binding response regulator  30 
 
 		 215 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1463  LuxR family DNA-binding response regulator  30 
 
 		 215 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2335  LuxR family DNA-binding response regulator  30 
 
 		 215 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2669  response regulator  28.16 
 
 		 218 aa  108  7.000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000700042  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3133  LuxR family DNA-binding response regulator  31.84 
 
 		 215 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1100  LuxR family DNA-binding response regulator  30 
 
 		 215 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2364  LuxR family DNA-binding response regulator  30 
 
 		 215 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2103  response regulator  28.57 
 
 		 218 aa  108  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0532421  hitchhiker  0.00988724 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0833  response regulator  27.62 
 
 		 227 aa  108  8.000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000189156  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1296  response regulator  28.57 
 
 		 218 aa  108  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0547167  hitchhiker  0.00000564902 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1173  response regulator  28.57 
 
 		 218 aa  108  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000706228  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0894  two component LuxR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 217 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2162  response regulator  28.57 
 
 		 218 aa  108  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.284818  hitchhiker  0.000000016111 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5079  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.86 
 
 		 217 aa  108  8.000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.525358 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0132  two component LuxR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 196 aa  107  9.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.401597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1402  two component LuxR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 211 aa  107  9.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0300  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.84 
 
 		 224 aa  108  9.000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2649  response regulator  26.67 
 
 		 214 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1966  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.52 
 
 		 218 aa  107  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2471  two component LuxR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 220 aa  107  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.55611 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>