77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0983 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0983  P4 family phage/plasmid primase  100 
 
 		 612 aa  1252    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0353  P4 family phage/plasmid primase  49.67 
 
 		 613 aa  529  1e-149  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.764732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6606  putative Phage / plasmid primase P4  35.02 
 
 		 624 aa  301  3e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2199  P4 family phage/plasmid primase  34.65 
 
 		 554 aa  262  1e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2196  P4 family phage/plasmid primase  32.16 
 
 		 955 aa  239  1e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.319674  hitchhiker  0.00463191 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1367  P4 family phage/plasmid primase  35.88 
 
 		 524 aa  217  5.9999999999999996e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.357272  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2797  P4 family phage/plasmid primase  29.71 
 
 		 782 aa  199  1.0000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1986  P4 family phage/plasmid primase  33.94 
 
 		 717 aa  195  2e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2847  P4 family phage/plasmid primase  33.16 
 
 		 717 aa  190  7e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.318392  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2865  P4 family phage/plasmid primase  32.64 
 
 		 717 aa  186  7e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0870344  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3115  P4 family phage/plasmid primase  32.32 
 
 		 695 aa  186  1.0000000000000001e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00327339  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0490  phage/plasmid primase, P4 family  27.85 
 
 		 882 aa  183  6e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.958319  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0448  Phage-plasmid primase P4-like  36.24 
 
 		 746 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1180  P4 family phage/plasmid primase  27.62 
 
 		 843 aa  182  1e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000898776  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0927  P4 family phage/plasmid primase  36.24 
 
 		 746 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1244  putative Phage / plasmid primase P4  38.23 
 
 		 749 aa  179  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.372159  normal  0.928701 
 
 
-
 
NC_011893  Mnod_8782  hypothetical protein  36.47 
 
 		 482 aa  176  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.242638  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3701  P4 family phage/plasmid primase  32.43 
 
 		 798 aa  172  1e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2648  hypothetical protein  34.52 
 
 		 755 aa  172  1e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1000  Phage/plasmid primase P4-like  27.39 
 
 		 723 aa  171  3e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.760681  hitchhiker  0.00622147 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1160  hypothetical protein  27.02 
 
 		 842 aa  171  3e-41  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0104949  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2363  P4 family phage/plasmid primase  27.5 
 
 		 900 aa  171  5e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.134439  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3229  hypothetical protein  39.06 
 
 		 759 aa  170  8e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000988084 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3221  hypothetical protein  38.28 
 
 		 760 aa  169  1e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.038701  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3437  hypothetical protein  38.25 
 
 		 462 aa  169  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.95376  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0839  hypothetical protein  36.11 
 
 		 765 aa  167  4e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.469557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0879  hypothetical protein  32.26 
 
 		 738 aa  166  9e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1354  hypothetical protein  32.85 
 
 		 470 aa  151  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0809995  normal  0.479035 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4888  P4 family phage/plasmid primase  31.17 
 
 		 697 aa  148  3e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100684  normal  0.121248 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3426  P4 family phage/plasmid primase  32.3 
 
 		 857 aa  146  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00902831  normal  0.0299262 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1166  hypothetical protein  37.74 
 
 		 467 aa  144  5e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010373  M446_7040  hypothetical protein  36.76 
 
 		 450 aa  144  5e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.445259 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1465  hypothetical protein  28.75 
 
 		 770 aa  139  2e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.237309  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0874  nucleoside triphosphatase, D5 family  26.67 
 
 		 774 aa  138  3.0000000000000003e-31  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5167  hypothetical protein  35.86 
 
 		 472 aa  137  7.000000000000001e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0072  phage/plasmid DNA primase, putative  25.27 
 
 		 757 aa  135  9.999999999999999e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.612885  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6272  P4 family phage/plasmid primase  30.03 
 
 		 725 aa  133  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.613455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1974  hypothetical protein  35.29 
 
 		 485 aa  131  3e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3729  P4 family phage/plasmid primase  28.52 
 
 		 874 aa  127  7e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3780  P4 family phage/plasmid primase  28.52 
 
 		 874 aa  127  7e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1475  phage DNA polymerase  23.65 
 
 		 788 aa  125  2e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0217  P4 family phage/plasmid primase  31.47 
 
 		 486 aa  125  2e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.01089  unclonable  0.0000111311 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0642  Phage or plasmid primase P4-like  29.21 
 
 		 540 aa  116  1.0000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0349968  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0135  hypothetical protein  35.14 
 
 		 479 aa  111  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3095  P4 family phage/plasmid primase  28.62 
 
 		 486 aa  110  6e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.406256  normal  0.59304 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5359  P4 family phage/plasmid primase  26.76 
 
 		 531 aa  106  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00485157  hitchhiker  0.00000000000000190106 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1052  plasmid/phage primase  25.89 
 
 		 828 aa  105  2e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0990831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1323  hypothetical protein  29.49 
 
 		 526 aa  98.2  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.103734  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0842  hypothetical protein  29.49 
 
 		 526 aa  98.2  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.464315  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2662  Phage/plasmid primase P4-like protein  24.66 
 
 		 632 aa  89.4  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2911  P4 family phage/plasmid primase  23.08 
 
 		 769 aa  89  2e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3752  primase P4-like protein  28.52 
 
 		 799 aa  82.4  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1684  hypothetical protein  22.34 
 
 		 606 aa  63.9  0.000000009  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.521904  hitchhiker  0.00120785 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3269  P4 family phage/plasmid primase  24.38 
 
 		 775 aa  62.4  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5782  P4 family phage/plasmid primase  21.97 
 
 		 978 aa  62.4  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0564  P4 family phage/plasmid primase  24.66 
 
 		 739 aa  61.2  0.00000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.68492  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1315  Phage/plasmid primase P4-like  23.08 
 
 		 771 aa  59.7  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1079  DNA primase small subunit  25.47 
 
 		 1036 aa  59.3  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0710  P4 family phage/plasmid primase  25.51 
 
 		 775 aa  59.7  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4847  bacteriophage P4 DNA primase  25.11 
 
 		 776 aa  58.9  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.645663  normal  0.521901 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0479  ATPase-like protein  24.69 
 
 		 1039 aa  58.2  0.0000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3110  plasmid and phage DNA primase  25.11 
 
 		 777 aa  57.4  0.0000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.926213  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2964  bacteriophage P4 DNA primase  25.31 
 
 		 777 aa  57  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000273638 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0819  phage DNA polymerase  21.99 
 
 		 501 aa  56.2  0.000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.020371  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0533  phage DNA primase-like protein  25.62 
 
 		 636 aa  56.2  0.000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0606801  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0043  P4 family phage/plasmid primase  23.55 
 
 		 777 aa  55.1  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1053  P4 family phage/plasmid primase  24.69 
 
 		 777 aa  55.1  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4012  D5 family nucleoside triphosphatase  23.55 
 
 		 777 aa  54.3  0.000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0320  putative nucleoside triphosphatase, D5 family  24.68 
 
 		 777 aa  52.8  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.382888 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5881  DNA primase catalytic core domain protein  22.32 
 
 		 1117 aa  52.4  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000211197 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1734  P4 family phage/plasmid primase  21.88 
 
 		 624 aa  52  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013208  Aaci_3149  phage/plasmid primase, P4 family  23.32 
 
 		 1061 aa  51.6  0.00004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2258  phage DNA polymerase  18.73 
 
 		 542 aa  49.3  0.0002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5628  P4 family phage/plasmid primase  21.28 
 
 		 1145 aa  48.1  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000865428 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2551  P4 family phage/plasmid primase  21.8 
 
 		 507 aa  47.4  0.0007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00685324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0564  ATPase-like  22.68 
 
 		 902 aa  44.3  0.007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0661178  normal  0.572377 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0665  P4 family phage/plasmid primase  26.72 
 
 		 463 aa  43.5  0.01  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>