More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0446 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0446  zinc finger, CHC2-family protein  100 
 
 		 345 aa  699    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.417921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1709  zinc finger, CHC2-family protein  31.88 
 
 		 350 aa  155  1e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2458  DNA primase  27.1 
 
 		 567 aa  86.3  7e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00693823  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1625  DNA primase  28.66 
 
 		 599 aa  84.3  0.000000000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.947875 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1214  DNA primase  25.07 
 
 		 626 aa  84.3  0.000000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.008506  normal  0.015083 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12410  DNA primase  27.41 
 
 		 599 aa  82.8  0.000000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.936355  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2739  DNA primase  27.22 
 
 		 641 aa  82  0.00000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4145  DNA primase  24.92 
 
 		 600 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00903359  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0326  DNA primase  21.98 
 
 		 539 aa  80.5  0.00000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3361  DNA primase  28.48 
 
 		 629 aa  80.1  0.00000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0761003  normal  0.0199865 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6451  DNA primase  25.43 
 
 		 662 aa  79.7  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.6099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2265  DNA primase  25.8 
 
 		 595 aa  79  0.0000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0225159  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1976  DNA primase  25.8 
 
 		 595 aa  79  0.0000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00122543  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1086  DNA primase  27.84 
 
 		 580 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.115532  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4374  DNA primase  24.46 
 
 		 571 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000215576  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4195  DNA primase  24.12 
 
 		 598 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0980784  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4033  DNA primase  24.46 
 
 		 598 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0023967  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4043  DNA primase  24.46 
 
 		 598 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4516  DNA primase  24.12 
 
 		 598 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00440133  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4315  DNA primase  24.46 
 
 		 598 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.07467e-58 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4427  DNA primase  24.46 
 
 		 598 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000994887  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1427  DNA primase  23.7 
 
 		 602 aa  77.4  0.0000000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0410677  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0276  DNA primase  24.36 
 
 		 660 aa  76.6  0.0000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.121752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0826  DNA primase  24.46 
 
 		 598 aa  76.6  0.0000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000125124  decreased coverage  1.52163e-21 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3020  DNA primase  23.15 
 
 		 598 aa  76.6  0.0000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0245497  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4410  DNA primase  24.46 
 
 		 598 aa  76.3  0.0000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000156307  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1261  DNA primase  27.59 
 
 		 588 aa  75.5  0.000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0742  DNA primase  25.16 
 
 		 621 aa  75.5  0.000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00012137  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4217  DNA primase  24.31 
 
 		 614 aa  75.9  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000725747  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3106  DNA primase  27.27 
 
 		 641 aa  75.1  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2415  DNA primase  23.66 
 
 		 601 aa  73.9  0.000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000695065  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1034  DNA primase  24.76 
 
 		 598 aa  73.6  0.000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3307  zinc finger, CHC2-type  26.07 
 
 		 389 aa  73.2  0.000000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.112325  normal  0.286809 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0540  DNA primase  25.16 
 
 		 604 aa  73.2  0.000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00398394  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0315  DNA primase  26.97 
 
 		 655 aa  72.8  0.000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1313  DNA primase  26.06 
 
 		 595 aa  72  0.00000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000743307  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1114  DNA primase  22.64 
 
 		 606 aa  72  0.00000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  0.0000000152449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1369  DNA primase  27.74 
 
 		 572 aa  72.4  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0240791  normal  0.628544 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0761  DNA primase  29.48 
 
 		 623 aa  71.2  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0825  DNA primase  26.46 
 
 		 655 aa  71.6  0.00000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.263135  hitchhiker  0.0000451849 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0896  DNA primase  25.08 
 
 		 600 aa  71.6  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16970  DNA primase  27.02 
 
 		 658 aa  71.2  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.522082  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1508  DNA primase, DNAG  24.19 
 
 		 593 aa  71.2  0.00000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.083335  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0495  DNA primase  24.93 
 
 		 599 aa  71.2  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000117226 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3425  DNA primase  27.51 
 
 		 632 aa  70.5  0.00000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.236565 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2128  DNA primase  27.48 
 
 		 624 aa  70.5  0.00000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3370  DNA primase  25.14 
 
 		 674 aa  70.5  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3695  DNA primase  32.54 
 
 		 583 aa  70.1  0.00000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1449  DNA primase  22.88 
 
 		 603 aa  70.5  0.00000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0504  DNA primase  22.15 
 
 		 604 aa  69.7  0.00000000006  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.188131  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1502  DNA primase  26.93 
 
 		 583 aa  69.7  0.00000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00809258  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl269  DNA primase  25.83 
 
 		 626 aa  69.7  0.00000000007  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000470008  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0712  DNA primase  23.82 
 
 		 617 aa  69.7  0.00000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2156  DNA primase  28.37 
 
 		 642 aa  69.3  0.00000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0912  hypothetical protein  24.36 
 
 		 640 aa  69.3  0.00000000009  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.121689 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3790  DNA primase  31.75 
 
 		 582 aa  68.9  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1654  DNA primase  23.69 
 
 		 605 aa  69.3  0.0000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000285307  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12367  DNA primase  27.78 
 
 		 639 aa  68.9  0.0000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0995  DNA primase  27.52 
 
 		 610 aa  68.9  0.0000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0027576  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1620  DNA primase  23.69 
 
 		 605 aa  69.3  0.0000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0393306  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3090  DNA primase  26.48 
 
 		 587 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13800  DNA primase  26.44 
 
 		 657 aa  68.6  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0288236  normal  0.281432 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0997  DNA primase  26.69 
 
 		 601 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.941593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0961  DNA primase  25.76 
 
 		 579 aa  68.2  0.0000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6392  DNA primase  25.72 
 
 		 605 aa  67  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3802  DNA primase  27.18 
 
 		 627 aa  67  0.0000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0345876 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0623  DNA primase  26.92 
 
 		 605 aa  67  0.0000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3142  DNA primase  28 
 
 		 639 aa  66.6  0.0000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5973  DNA primase  25.15 
 
 		 703 aa  66.2  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.328857 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0866  DNA primase  29.04 
 
 		 656 aa  66.2  0.0000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1282  DNA primase  28.32 
 
 		 629 aa  66.2  0.0000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1910  DNA primase  25.91 
 
 		 587 aa  65.5  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.351058  normal  0.0156727 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0570  DNA primase  21.88 
 
 		 637 aa  65.9  0.000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2351  DNA primase  29.29 
 
 		 616 aa  64.7  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1727  DNA primase  25.68 
 
 		 611 aa  64.7  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13980  DNA primase  27.86 
 
 		 656 aa  65.1  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3814  DNA primase  29.44 
 
 		 649 aa  65.1  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.280828  normal  0.471338 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7022  DNA primase  25 
 
 		 700 aa  63.9  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.210771  normal  0.1359 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1014  DNA primase  24.19 
 
 		 588 aa  63.9  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.394769  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2053  DNA primase  24.92 
 
 		 576 aa  63.9  0.000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.399908  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1154  DNA primase  26.09 
 
 		 575 aa  63.9  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000263916  normal  0.0506591 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3488  DNA primase  24.92 
 
 		 584 aa  63.9  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00314359  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3442  DNA primase  27.98 
 
 		 640 aa  63.5  0.000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.605916  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0045  DNA primase  25 
 
 		 609 aa  63.5  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000233993  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3505  DNA primase  27.98 
 
 		 640 aa  63.5  0.000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.663406 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1932  DNA primase  26.6 
 
 		 648 aa  63.2  0.000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0456378  hitchhiker  0.00240757 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001623  DNA primase  24.46 
 
 		 588 aa  63.2  0.000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00199304  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0959  DNA primase  25.34 
 
 		 576 aa  63.2  0.000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000094448  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3453  DNA primase  27.98 
 
 		 640 aa  62.8  0.000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.293123 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0977  DNA primase  23.89 
 
 		 619 aa  62.8  0.000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00849  DNA primase  23.84 
 
 		 586 aa  62.8  0.000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0014  DNA primase  25.5 
 
 		 645 aa  62.8  0.000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0081672  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0313  DNA primase  23.85 
 
 		 578 aa  62.8  0.000000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166585 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2722  DNA primase  28.46 
 
 		 647 aa  62.4  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0720  DNA primase  23.33 
 
 		 647 aa  62.4  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.205397  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0432  DNA primase  27.92 
 
 		 623 aa  62.4  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.401206  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0213  DNA primase  25.45 
 
 		 677 aa  62  0.00000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.387013  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0617  DNA primase  25.68 
 
 		 595 aa  62.4  0.00000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.912448  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1895  DNA primase  24.86 
 
 		 573 aa  62.4  0.00000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.158344  normal  0.0137969 
 
 
-
 
NC_002950  PG1814  DNA primase  23.19 
 
 		 673 aa  61.2  0.00000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>