66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0230 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0230  general secretion pathway protein C  100 
 
 		 284 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03955  general secretion pathway protein C  54.7 
 
 		 307 aa  304  1.0000000000000001e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0168  general secretion pathway protein C  38.98 
 
 		 307 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0176873  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4592  general secretion pathway protein C  36 
 
 		 316 aa  182  7e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0104  general secretion pathway protein C  37.85 
 
 		 304 aa  180  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4735  general secretion pathway protein C  36.24 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000515077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0143  general secretion pathway protein C  36.21 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0120  type II secretion system protein C  37.46 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000735781  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4359  general secretion pathway protein C  36.36 
 
 		 303 aa  176  3e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126021  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0152  general secretion pathway protein C  37.37 
 
 		 309 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.641233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0152  general secretion pathway protein C  37.37 
 
 		 309 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30752  normal  0.16929 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0148  general secretion pathway protein C  37.37 
 
 		 309 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4207  general secretion pathway protein C  37.37 
 
 		 309 aa  171  9e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000718713  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001893  general secretion pathway protein C  35.82 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3620  general secretion pathway protein C  35.34 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00688552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00600  zinc metallopeptidase  34.72 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0165  general secretion pathway protein C  36.4 
 
 		 308 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0150  general secretion pathway protein C  36.75 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00215157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0155  general secretion pathway protein C  36.04 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0113591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0150  general secretion pathway protein C  36.04 
 
 		 308 aa  159  4e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.752354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3568  general secretion pathway protein C  34.15 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00690915  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2925  general secretion pathway protein C  33.68 
 
 		 303 aa  146  3e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0096  general secretion pathway protein C  33.58 
 
 		 277 aa  143  3e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.140441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2307  general secretion pathway protein C  35.36 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2402  general secretion pathway protein C  32.38 
 
 		 328 aa  110  2.0000000000000002e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.237406  hitchhiker  0.00100026 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3581  general secretion pathway protein C  27.89 
 
 		 323 aa  107  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.703805  normal  0.317854 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0224  general secretion pathway protein C  31.13 
 
 		 302 aa  95.1  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3428  putative type II secretion protein GspC  26.39 
 
 		 319 aa  92  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3139  putative type II secretion protein GspC  26.91 
 
 		 319 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02789  hypothetical protein  26.02 
 
 		 276 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000559492  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02839  predicted secretion pathway protein, C-type protein  26.02 
 
 		 276 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000549793  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0726  general secretion pathway protein C  25.93 
 
 		 284 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2376  general secretion pathway protein C  27.16 
 
 		 359 aa  87.4  2e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.490477  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3248  putative type II secretion protein GspC  28.19 
 
 		 319 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1469  general secretion pathway protein C  28 
 
 		 274 aa  84.3  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.954989  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1298  general secretion pathway protein C  26.72 
 
 		 272 aa  84  0.000000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1411  general secretion pathway protein C  29.07 
 
 		 290 aa  82  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2861  general secretion pathway protein C  30.43 
 
 		 287 aa  80.9  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0002  general secretion pathway protein C  27.71 
 
 		 291 aa  79  0.00000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.856958  normal  0.237385 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2028  general secretion pathway protein C  29.24 
 
 		 282 aa  68.6  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0140  general secretion pathway protein C  26.19 
 
 		 285 aa  65.1  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1040  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  25.52 
 
 		 293 aa  60.5  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000638276  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0249  hypothetical protein  26.91 
 
 		 259 aa  59.3  0.00000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00883556  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2607  general secretion pathway protein C  25.51 
 
 		 317 aa  58.9  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.144051  normal  0.867603 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1348  hypothetical protein  34.06 
 
 		 218 aa  55.1  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.671423  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3363  PDZ/DHR/GLGF  33.82 
 
 		 290 aa  55.1  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000344087  hitchhiker  0.00365094 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0314  type II secretion system protein C  28.97 
 
 		 288 aa  54.7  0.000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.914338 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1282  type II secretory pathway component PulC-like protein  33.82 
 
 		 288 aa  53.5  0.000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0330  general secretion pathway protein C, putative  29.41 
 
 		 291 aa  51.6  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.70188  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0684  Type II secretory pathway component PulC-like protein  29.41 
 
 		 292 aa  51.6  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000617001  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1178  PDZ/DHR/GLGF domain protein  31.88 
 
 		 261 aa  50.4  0.00003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.803619  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0611  type II secretory pathway component PulC-like protein  29.41 
 
 		 296 aa  50.1  0.00005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.78694e-21 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03126  hypothetical protein  28.85 
 
 		 271 aa  49.7  0.00006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.013931  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0389  general secretion pathway protein C  28.85 
 
 		 271 aa  49.7  0.00006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000776949  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03175  general secretory pathway component, cryptic  28.85 
 
 		 271 aa  49.7  0.00006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.016563  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0597  type II secretory pathway component PulC-like protein  29.41 
 
 		 296 aa  49.7  0.00006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.150612  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0389  general secretion pathway protein C  28.85 
 
 		 271 aa  49.7  0.00006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.125631  normal  0.017456 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3518  general secretion pathway protein C  28.85 
 
 		 271 aa  49.7  0.00006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000156607  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0731  hypothetical protein  28.77 
 
 		 342 aa  47.8  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0148909  normal  0.986214 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1955  putative general secretion pathway protein  22.79 
 
 		 300 aa  47.8  0.0002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00138161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2654  type II secretion system protein C  34.57 
 
 		 279 aa  46.2  0.0006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0687  hypothetical protein  25.44 
 
 		 327 aa  45.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.259816  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0722  hypothetical protein  28.07 
 
 		 327 aa  44.7  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.245485  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0721  hypothetical protein  28.07 
 
 		 327 aa  44.7  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1285  periplasmic serine protease Do; heat shock protein HtrA  33.77 
 
 		 466 aa  42.7  0.007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1284  periplasmic serine protease Do; heat shock protein HtrA  33.77 
 
 		 466 aa  42.7  0.007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>