60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3620 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3620  general secretion pathway protein C  100 
 
 		 305 aa  615  1e-175  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00688552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4359  general secretion pathway protein C  75.82 
 
 		 303 aa  454  1e-127  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0143  general secretion pathway protein C  72.55 
 
 		 305 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4735  general secretion pathway protein C  74.75 
 
 		 301 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000515077  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0150  general secretion pathway protein C  69.48 
 
 		 308 aa  432  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00215157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0150  general secretion pathway protein C  69.48 
 
 		 308 aa  431  1e-120  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.752354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0155  general secretion pathway protein C  69.81 
 
 		 308 aa  433  1e-120  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0113591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0152  general secretion pathway protein C  68.93 
 
 		 309 aa  429  1e-119  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30752  normal  0.16929 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4207  general secretion pathway protein C  68.93 
 
 		 309 aa  428  1e-119  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000718713  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0165  general secretion pathway protein C  68.18 
 
 		 308 aa  428  1e-119  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0148  general secretion pathway protein C  68.93 
 
 		 309 aa  430  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0152  general secretion pathway protein C  68.93 
 
 		 309 aa  429  1e-119  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.641233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3568  general secretion pathway protein C  67.53 
 
 		 308 aa  427  1e-118  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00690915  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0104  general secretion pathway protein C  68.85 
 
 		 304 aa  427  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0168  general secretion pathway protein C  63.11 
 
 		 307 aa  376  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0176873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0120  type II secretion system protein C  63.28 
 
 		 303 aa  374  1e-102  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000735781  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4592  general secretion pathway protein C  38 
 
 		 316 aa  202  6e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03955  general secretion pathway protein C  40.2 
 
 		 307 aa  201  9e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0096  general secretion pathway protein C  40.45 
 
 		 277 aa  200  1.9999999999999998e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.140441  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2925  general secretion pathway protein C  36.73 
 
 		 303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001893  general secretion pathway protein C  36.95 
 
 		 307 aa  180  2.9999999999999997e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0230  general secretion pathway protein C  35.11 
 
 		 284 aa  179  4e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00600  zinc metallopeptidase  37.06 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2307  general secretion pathway protein C  37.54 
 
 		 305 aa  172  7.999999999999999e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1411  general secretion pathway protein C  32.45 
 
 		 290 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2402  general secretion pathway protein C  28.47 
 
 		 328 aa  122  7e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.237406  hitchhiker  0.00100026 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2861  general secretion pathway protein C  39.13 
 
 		 287 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1298  general secretion pathway protein C  26.74 
 
 		 272 aa  112  7.000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1469  general secretion pathway protein C  29.04 
 
 		 274 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.954989  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3139  putative type II secretion protein GspC  27.61 
 
 		 319 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0002  general secretion pathway protein C  31.14 
 
 		 291 aa  106  4e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.856958  normal  0.237385 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3428  putative type II secretion protein GspC  27.67 
 
 		 319 aa  107  4e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02789  hypothetical protein  27.89 
 
 		 276 aa  106  6e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000559492  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02839  predicted secretion pathway protein, C-type protein  27.89 
 
 		 276 aa  106  6e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000549793  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0224  general secretion pathway protein C  29.03 
 
 		 302 aa  105  8e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3581  general secretion pathway protein C  29.81 
 
 		 323 aa  105  9e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.703805  normal  0.317854 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3248  putative type II secretion protein GspC  27.48 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0726  general secretion pathway protein C  30.61 
 
 		 284 aa  98.6  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2376  general secretion pathway protein C  23.81 
 
 		 359 aa  82.8  0.000000000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.490477  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0140  general secretion pathway protein C  25.09 
 
 		 285 aa  70.5  0.00000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2028  general secretion pathway protein C  25.95 
 
 		 282 aa  70.1  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0249  hypothetical protein  23.86 
 
 		 259 aa  61.2  0.00000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00883556  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4252  hypothetical protein  34.94 
 
 		 177 aa  55.8  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00760837 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1040  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  23.18 
 
 		 293 aa  55.1  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000638276  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2590  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  24.1 
 
 		 273 aa  53.1  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2607  general secretion pathway protein C  23.67 
 
 		 317 aa  52.4  0.000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.144051  normal  0.867603 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1348  hypothetical protein  34.69 
 
 		 218 aa  50.4  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.671423  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1955  putative general secretion pathway protein  23.72 
 
 		 300 aa  47.4  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00138161  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03126  hypothetical protein  24.19 
 
 		 271 aa  46.2  0.0006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.013931  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03175  general secretory pathway component, cryptic  24.19 
 
 		 271 aa  46.2  0.0006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.016563  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0389  general secretion pathway protein C  24.19 
 
 		 271 aa  46.2  0.0006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.125631  normal  0.017456 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3518  general secretion pathway protein C  24.19 
 
 		 271 aa  46.2  0.0006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000156607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0389  general secretion pathway protein C  24.19 
 
 		 271 aa  46.2  0.0006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000776949  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1003  general secretion pathway protein C  25.84 
 
 		 167 aa  45.1  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0952  general secretion pathway protein C-like protein  25.84 
 
 		 167 aa  45.1  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.257011  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3270  general secretion pathway protein C  25.84 
 
 		 91 aa  43.9  0.003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000341885  hitchhiker  0.000000000000343559 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0684  Type II secretory pathway component PulC-like protein  25.17 
 
 		 292 aa  44.3  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000617001  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0731  hypothetical protein  25.53 
 
 		 342 aa  43.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0148909  normal  0.986214 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2926  hypothetical protein  26.11 
 
 		 213 aa  42.7  0.007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.657336  normal  0.332797 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3316  hypothetical protein  24.56 
 
 		 168 aa  42.4  0.009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>