50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2861 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2861  general secretion pathway protein C  100 
 
 		 287 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1411  general secretion pathway protein C  90.94 
 
 		 290 aa  502  1e-141  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1298  general secretion pathway protein C  52.99 
 
 		 272 aa  287  1e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1469  general secretion pathway protein C  50.79 
 
 		 274 aa  248  1e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.954989  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0143  general secretion pathway protein C  37.67 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0002  general secretion pathway protein C  37.02 
 
 		 291 aa  153  4e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.856958  normal  0.237385 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0104  general secretion pathway protein C  32.9 
 
 		 304 aa  143  3e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0148  general secretion pathway protein C  32.13 
 
 		 309 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0152  general secretion pathway protein C  32.13 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.641233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0152  general secretion pathway protein C  32.13 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30752  normal  0.16929 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4735  general secretion pathway protein C  35.48 
 
 		 301 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000515077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4207  general secretion pathway protein C  31.8 
 
 		 309 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000718713  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3620  general secretion pathway protein C  32.79 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00688552  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001893  general secretion pathway protein C  33.81 
 
 		 307 aa  136  3.0000000000000003e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4359  general secretion pathway protein C  35.27 
 
 		 303 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0168  general secretion pathway protein C  31.07 
 
 		 307 aa  135  9e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0176873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2925  general secretion pathway protein C  32.14 
 
 		 303 aa  132  6e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0150  general secretion pathway protein C  30.92 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00215157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2307  general secretion pathway protein C  35 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00600  zinc metallopeptidase  38.5 
 
 		 307 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0150  general secretion pathway protein C  30.92 
 
 		 308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.752354  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0165  general secretion pathway protein C  31.37 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0155  general secretion pathway protein C  30.92 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0113591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0120  type II secretion system protein C  29.77 
 
 		 303 aa  124  3e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000735781  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3568  general secretion pathway protein C  35.24 
 
 		 308 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00690915  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0096  general secretion pathway protein C  34.12 
 
 		 277 aa  121  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.140441  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03955  general secretion pathway protein C  31.7 
 
 		 307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4592  general secretion pathway protein C  28.34 
 
 		 316 aa  115  6e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3581  general secretion pathway protein C  31.02 
 
 		 323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.703805  normal  0.317854 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2402  general secretion pathway protein C  30.77 
 
 		 328 aa  97.4  2e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.237406  hitchhiker  0.00100026 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0230  general secretion pathway protein C  27.62 
 
 		 284 aa  97.1  3e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0224  general secretion pathway protein C  27.2 
 
 		 302 aa  92  9e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3428  putative type II secretion protein GspC  27.34 
 
 		 319 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3139  putative type II secretion protein GspC  26.92 
 
 		 319 aa  85.5  9e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3248  putative type II secretion protein GspC  27.87 
 
 		 319 aa  85.5  9e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02789  hypothetical protein  26.69 
 
 		 276 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000559492  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02839  predicted secretion pathway protein, C-type protein  26.69 
 
 		 276 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000549793  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0726  general secretion pathway protein C  29.5 
 
 		 284 aa  82.4  0.000000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0140  general secretion pathway protein C  26.32 
 
 		 285 aa  72  0.00000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03126  hypothetical protein  26.96 
 
 		 271 aa  61.6  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.013931  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0389  general secretion pathway protein C  26.96 
 
 		 271 aa  61.6  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.125631  normal  0.017456 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0389  general secretion pathway protein C  26.96 
 
 		 271 aa  61.6  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000776949  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3518  general secretion pathway protein C  26.96 
 
 		 271 aa  61.6  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000156607  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03175  general secretory pathway component, cryptic  26.96 
 
 		 271 aa  61.6  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.016563  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2028  general secretion pathway protein C  28.52 
 
 		 282 aa  57.4  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0249  hypothetical protein  23.05 
 
 		 259 aa  56.6  0.0000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00883556  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2376  general secretion pathway protein C  28.48 
 
 		 359 aa  50.4  0.00004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.490477  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3316  hypothetical protein  31.94 
 
 		 168 aa  45.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0314  type II secretion system protein C  27.93 
 
 		 288 aa  42.7  0.007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.914338 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1178  PDZ/DHR/GLGF domain protein  21.24 
 
 		 261 aa  42.4  0.008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.803619  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>