57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0155 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0155  general secretion pathway protein C  100 
 
 		 308 aa  622  1e-177  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0113591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0150  general secretion pathway protein C  99.68 
 
 		 308 aa  620  1e-176  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.752354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0150  general secretion pathway protein C  97.73 
 
 		 308 aa  614  1e-175  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00215157  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0165  general secretion pathway protein C  94.16 
 
 		 308 aa  592  1e-168  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0152  general secretion pathway protein C  87.7 
 
 		 309 aa  553  1e-156  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.641233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0148  general secretion pathway protein C  87.38 
 
 		 309 aa  553  1e-156  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3568  general secretion pathway protein C  88.35 
 
 		 308 aa  552  1e-156  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00690915  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4207  general secretion pathway protein C  87.38 
 
 		 309 aa  551  1e-156  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000718713  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0152  general secretion pathway protein C  87.7 
 
 		 309 aa  553  1e-156  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30752  normal  0.16929 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0104  general secretion pathway protein C  69.81 
 
 		 304 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4735  general secretion pathway protein C  71.2 
 
 		 301 aa  427  1e-118  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000515077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4359  general secretion pathway protein C  69.26 
 
 		 303 aa  421  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0143  general secretion pathway protein C  67.31 
 
 		 305 aa  419  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3620  general secretion pathway protein C  69.48 
 
 		 305 aa  420  1e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00688552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0168  general secretion pathway protein C  65.71 
 
 		 307 aa  408  1e-113  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0176873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0120  type II secretion system protein C  66.23 
 
 		 303 aa  394  1e-109  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000735781  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4592  general secretion pathway protein C  38.61 
 
 		 316 aa  200  3e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0096  general secretion pathway protein C  40 
 
 		 277 aa  194  2e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.140441  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03955  general secretion pathway protein C  37.37 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001893  general secretion pathway protein C  37.58 
 
 		 307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00600  zinc metallopeptidase  40 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2925  general secretion pathway protein C  34.84 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2307  general secretion pathway protein C  37.88 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0230  general secretion pathway protein C  36.04 
 
 		 284 aa  160  3e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2402  general secretion pathway protein C  28.37 
 
 		 328 aa  121  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.237406  hitchhiker  0.00100026 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0224  general secretion pathway protein C  29.7 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1411  general secretion pathway protein C  31.91 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2861  general secretion pathway protein C  35.41 
 
 		 287 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1469  general secretion pathway protein C  29.24 
 
 		 274 aa  103  4e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.954989  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1298  general secretion pathway protein C  25.96 
 
 		 272 aa  102  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3581  general secretion pathway protein C  27.65 
 
 		 323 aa  101  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.703805  normal  0.317854 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3139  putative type II secretion protein GspC  28.04 
 
 		 319 aa  100  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3248  putative type II secretion protein GspC  27.33 
 
 		 319 aa  101  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02839  predicted secretion pathway protein, C-type protein  28.57 
 
 		 276 aa  100  4e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000549793  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3428  putative type II secretion protein GspC  28.18 
 
 		 319 aa  100  4e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02789  hypothetical protein  28.57 
 
 		 276 aa  100  4e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000559492  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0002  general secretion pathway protein C  28.07 
 
 		 291 aa  95.9  8e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.856958  normal  0.237385 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0726  general secretion pathway protein C  28.87 
 
 		 284 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2028  general secretion pathway protein C  26.26 
 
 		 282 aa  73.6  0.000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2376  general secretion pathway protein C  23.42 
 
 		 359 aa  70.5  0.00000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.490477  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03126  hypothetical protein  26.6 
 
 		 271 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.013931  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03175  general secretory pathway component, cryptic  26.6 
 
 		 271 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.016563  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0389  general secretion pathway protein C  26.6 
 
 		 271 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.125631  normal  0.017456 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3518  general secretion pathway protein C  26.6 
 
 		 271 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000156607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0389  general secretion pathway protein C  26.6 
 
 		 271 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000776949  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1348  hypothetical protein  31.07 
 
 		 218 aa  62.4  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.671423  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0140  general secretion pathway protein C  22.42 
 
 		 285 aa  61.2  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0314  type II secretion system protein C  26.21 
 
 		 288 aa  58.2  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.914338 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4252  hypothetical protein  40 
 
 		 177 aa  57.4  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00760837 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2590  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  24.07 
 
 		 273 aa  55.8  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0249  hypothetical protein  24.12 
 
 		 259 aa  52.8  0.000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00883556  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2654  type II secretion system protein C  20.76 
 
 		 279 aa  51.2  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2607  general secretion pathway protein C  23.08 
 
 		 317 aa  51.6  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.144051  normal  0.867603 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1003  general secretion pathway protein C  27.1 
 
 		 167 aa  50.8  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0952  general secretion pathway protein C-like protein  27.1 
 
 		 167 aa  50.8  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.257011  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3270  general secretion pathway protein C  28.09 
 
 		 91 aa  48.1  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000341885  hitchhiker  0.000000000000343559 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0731  hypothetical protein  27.59 
 
 		 342 aa  42.4  0.01  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0148909  normal  0.986214 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>