49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_3248 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_3248  putative type II secretion protein GspC  100 
 
 		 319 aa  653    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3428  putative type II secretion protein GspC  95.3 
 
 		 319 aa  625  1e-178  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3139  putative type II secretion protein GspC  94.98 
 
 		 319 aa  622  1e-177  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02789  hypothetical protein  94.2 
 
 		 276 aa  533  1e-150  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000559492  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02839  predicted secretion pathway protein, C-type protein  94.2 
 
 		 276 aa  533  1e-150  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000549793  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0726  general secretion pathway protein C  92.28 
 
 		 284 aa  510  1e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2925  general secretion pathway protein C  31.47 
 
 		 303 aa  127  3e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00600  zinc metallopeptidase  34.04 
 
 		 307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001893  general secretion pathway protein C  32.76 
 
 		 307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4592  general secretion pathway protein C  28.43 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0168  general secretion pathway protein C  29.25 
 
 		 307 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0176873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0096  general secretion pathway protein C  31.84 
 
 		 277 aa  112  1.0000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.140441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2307  general secretion pathway protein C  29.62 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0152  general secretion pathway protein C  27.57 
 
 		 309 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30752  normal  0.16929 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0152  general secretion pathway protein C  27.57 
 
 		 309 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.641233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0148  general secretion pathway protein C  27.57 
 
 		 309 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4207  general secretion pathway protein C  27.24 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000718713  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0150  general secretion pathway protein C  27.33 
 
 		 308 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.752354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0155  general secretion pathway protein C  27.33 
 
 		 308 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0113591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4735  general secretion pathway protein C  26.96 
 
 		 301 aa  101  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000515077  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0150  general secretion pathway protein C  26.67 
 
 		 308 aa  100  4e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00215157  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0165  general secretion pathway protein C  26.06 
 
 		 308 aa  99.8  5e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3620  general secretion pathway protein C  31.28 
 
 		 305 aa  99.4  7e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00688552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3568  general secretion pathway protein C  27.24 
 
 		 308 aa  99.4  7e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00690915  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0104  general secretion pathway protein C  27.68 
 
 		 304 aa  95.1  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0143  general secretion pathway protein C  26.8 
 
 		 305 aa  93.2  5e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03955  general secretion pathway protein C  27.24 
 
 		 307 aa  92.4  1e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4359  general secretion pathway protein C  26.86 
 
 		 303 aa  89.7  5e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0230  general secretion pathway protein C  28.19 
 
 		 284 aa  86.3  6e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3581  general secretion pathway protein C  29.23 
 
 		 323 aa  85.5  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.703805  normal  0.317854 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0120  type II secretion system protein C  24.32 
 
 		 303 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000735781  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1411  general secretion pathway protein C  27.92 
 
 		 290 aa  80.5  0.00000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0224  general secretion pathway protein C  31.28 
 
 		 302 aa  79  0.00000000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0002  general secretion pathway protein C  25.78 
 
 		 291 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.856958  normal  0.237385 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2861  general secretion pathway protein C  29.5 
 
 		 287 aa  76.6  0.0000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2376  general secretion pathway protein C  24.36 
 
 		 359 aa  72.8  0.000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.490477  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1298  general secretion pathway protein C  25.52 
 
 		 272 aa  69.3  0.00000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2402  general secretion pathway protein C  27.86 
 
 		 328 aa  67.4  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.237406  hitchhiker  0.00100026 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0140  general secretion pathway protein C  26.27 
 
 		 285 aa  62.4  0.00000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0249  hypothetical protein  23.44 
 
 		 259 aa  55.1  0.000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00883556  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1469  general secretion pathway protein C  24.31 
 
 		 274 aa  55.8  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.954989  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0389  general secretion pathway protein C  23.83 
 
 		 271 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000776949  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03126  hypothetical protein  23.83 
 
 		 271 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.013931  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0389  general secretion pathway protein C  23.83 
 
 		 271 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.125631  normal  0.017456 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3518  general secretion pathway protein C  23.83 
 
 		 271 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000156607  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03175  general secretory pathway component, cryptic  23.83 
 
 		 271 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.016563  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2590  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  26.92 
 
 		 273 aa  47.4  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1178  PDZ/DHR/GLGF domain protein  22.51 
 
 		 261 aa  44.3  0.003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.803619  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0342  2-alkenal reductase  30.91 
 
 		 402 aa  43.5  0.004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.35857  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>