More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_6307 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  100 
 
 		 285 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  98.25 
 
 		 285 aa  554  1e-157  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2059  RpiR family transcriptional regulator  63.16 
 
 		 284 aa  355  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4489  RpiR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 293 aa  218  1e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  43.35 
 
 		 334 aa  188  9e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5528  RpiR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 292 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615969  normal  0.847373 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4755  RpiR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 292 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.207638 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3612  RpiR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 292 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4138  RpiR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 292 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.115522 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0995  RpiR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 292 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4602  RpiR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 292 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0499113  normal  0.0896599 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 292 aa  154  2e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 299 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 292 aa  152  8e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 288 aa  152  8e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 288 aa  151  1e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  33.58 
 
 		 290 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2788  RpiR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 285 aa  146  5e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.293627 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  32.84 
 
 		 290 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 291 aa  142  4e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3194  RpiR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  34.29 
 
 		 279 aa  136  4e-31  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2922  RpiR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 286 aa  129  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0454555 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 276 aa  122  7e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0225  RpiR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 287 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.139658 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0245  RpiR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 287 aa  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.612405 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0235  RpiR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 287 aa  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0836166  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0684  putative transcriptional regulator  28.96 
 
 		 314 aa  114  3e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.615346  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0730  transcriptional regulator, putative  28.57 
 
 		 314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 313 aa  105  6e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3693  RpiR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 286 aa  103  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00637499  normal  0.371267 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  23.49 
 
 		 287 aa  103  4e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 286 aa  101  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 286 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 286 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 286 aa  99.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 286 aa  99.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 286 aa  99.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  24.11 
 
 		 287 aa  97.8  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  22.46 
 
 		 282 aa  97.4  2e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 289 aa  97.1  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1368  RpiR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 314 aa  95.9  6e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.53441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1764  SIS domain-containing protein  31.23 
 
 		 286 aa  92.4  8e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000384783  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  29.14 
 
 		 288 aa  90.9  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 291 aa  90.5  3e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 291 aa  90.5  3e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0051  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  30.27 
 
 		 286 aa  89.7  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000270259  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0831  hypothetical protein  30.27 
 
 		 286 aa  89  9e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.111957  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0959  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  30.27 
 
 		 286 aa  89  9e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00212362  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1569  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  30.27 
 
 		 286 aa  89  9e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00731797  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2209  putative DNA-binding protein  30.27 
 
 		 286 aa  89  9e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00094108  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0867  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  30.27 
 
 		 286 aa  89  9e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1140  RpiR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 284 aa  87.4  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.545053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  21.6 
 
 		 299 aa  86.7  4e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1929  RpiR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 358 aa  82.8  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434448  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  31.2 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  25 
 
 		 285 aa  80.5  0.00000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  28.62 
 
 		 310 aa  80.5  0.00000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 292 aa  78.2  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3429  RpiR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 274 aa  77.4  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5469  transcriptional regulator, RpiR family  30.68 
 
 		 284 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0906  transcriptional regulator, RpiR family  29.28 
 
 		 279 aa  77  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.505749  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3314  transcriptional regulator, RpiR family  28.57 
 
 		 279 aa  77  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  21.72 
 
 		 297 aa  75.5  0.0000000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 298 aa  75.1  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 337 aa  75.1  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3689  hypothetical protein  27.41 
 
 		 309 aa  74.7  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.494088 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2801  RpiR family transcriptional regulator  22.66 
 
 		 284 aa  73.9  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1822  RpiR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 309 aa  73.6  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1394  hypothetical protein  25.87 
 
 		 296 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.061772  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1313  hypothetical protein  25.87 
 
 		 296 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1272  hypothetical protein  25.87 
 
 		 296 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.232861  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2565  hypothetical protein  25.87 
 
 		 296 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1784  RpiR family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 298 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.760228  hitchhiker  0.0000000136615 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0245  hypothetical protein  25.87 
 
 		 296 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.88341  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1052  hypothetical protein  25.87 
 
 		 296 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0516  hypothetical protein  25.87 
 
 		 296 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3484  RpiR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 286 aa  72.4  0.000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1414  hypothetical protein  26.34 
 
 		 286 aa  72.4  0.000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.983802  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2324  RpiR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 290 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6012  transcriptional regulator, RpiR family  26.12 
 
 		 288 aa  71.2  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4885  putative transcriptional regulator, RpiR family  24.66 
 
 		 298 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.586943  normal  0.761042 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3470  transcriptional regulator, RpiR family  27.59 
 
 		 280 aa  70.5  0.00000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0931  RpiR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 279 aa  70.5  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0628212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0160  RpiR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 283 aa  70.5  0.00000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0584  transcriptional regulator, RpiR family  24.62 
 
 		 288 aa  70.5  0.00000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1878  RpiR family transcriptional regulator  25.8 
 
 		 284 aa  70.9  0.00000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289496 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 305 aa  70.1  0.00000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3191  RpiR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 314 aa  69.7  0.00000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3592  RpiR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 307 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3330  RpiR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 277 aa  69.3  0.00000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3450  RpiR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 281 aa  69.7  0.00000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 303 aa  69.3  0.00000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2180  RpiR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 290 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.417228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2807  RpiR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 287 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4477  RpiR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 294 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.600704  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 284 aa  69.3  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>