132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2855 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2855  hypothetical protein  100 
 
 		 226 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2834  peptidase C39, bacteriocin processing  99.12 
 
 		 226 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.222444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2926  peptidase C39 bacteriocin processing  95.58 
 
 		 226 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2765  peptidase C39 bacteriocin processing  88.5 
 
 		 226 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2595  peptidase C39, bacteriocin processing  71.68 
 
 		 226 aa  355  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.369961 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39250  putative double-glycine peptidase  62.83 
 
 		 226 aa  309  2e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.050482  normal  0.369017 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2967  peptidase C39, bacteriocin processing  46.46 
 
 		 227 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2091  peptidase C39 bacteriocin processing  49.51 
 
 		 234 aa  216  2.9999999999999998e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0732241 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4127  peptidase C39 bacteriocin processing  47.39 
 
 		 235 aa  201  6e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000936066 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0933  C39 family peptidase  41.71 
 
 		 236 aa  180  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.212685  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2960  peptidase C39 bacteriocin processing  36.12 
 
 		 237 aa  169  4e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0402092  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1024  putative peptidase  36.7 
 
 		 237 aa  168  8e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0531887  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3089  peptidase C39 bacteriocin processing  39.25 
 
 		 238 aa  159  4e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3435  peptidase C39 bacteriocin processing  39.25 
 
 		 238 aa  159  4e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.254055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2446  peptidase C39 bacteriocin processing  41.28 
 
 		 235 aa  153  2e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2175  peptidase C39, bacteriocin processing  36.9 
 
 		 237 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.811326  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3462  peptidase C39, bacteriocin processing  42.22 
 
 		 261 aa  133  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1020  peptidase C39 bacteriocin processing  38.8 
 
 		 235 aa  131  7.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0738  peptidase C39, bacteriocin processing  40.22 
 
 		 234 aa  131  7.999999999999999e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.772162  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1155  peptidase C39, bacteriocin processing  38.61 
 
 		 203 aa  129  3e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0445  putative signal peptide protein  35.98 
 
 		 234 aa  125  4.0000000000000003e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.248925 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2584  peptidase C39, bacteriocin processing  34.69 
 
 		 251 aa  125  7e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5873  peptidase (C39-family, bacteriocin processing)  40.52 
 
 		 232 aa  125  8.000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3210  C39 family peptidase  36.42 
 
 		 231 aa  122  6e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0321  peptidase C39 bacteriocin processing  37.66 
 
 		 227 aa  122  6e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.337286  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0336  peptidase C39 bacteriocin processing  37.66 
 
 		 227 aa  122  7e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.752621 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5392  peptidase C39, bacteriocin processing  40.65 
 
 		 209 aa  119  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0260975  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2316  peptidase C39, bacteriocin processing  35.22 
 
 		 223 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.543976  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1801  peptidase C39, bacteriocin processing  36.6 
 
 		 266 aa  112  4.0000000000000004e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2422  peptidase C39 bacteriocin processing  35.76 
 
 		 251 aa  107  1e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000506928  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41780  hypothetical protein  33.54 
 
 		 253 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0785  peptidase C39 bacteriocin processing  40.65 
 
 		 427 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.297572  normal  0.031231 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3545  hypothetical protein  32.93 
 
 		 253 aa  105  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.101815  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03496  hypothetical protein  34.76 
 
 		 225 aa  105  7e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2536  peptidase C39, bacteriocin processing  32.37 
 
 		 253 aa  104  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.160882  hitchhiker  0.00642935 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3887  peptidase C39, bacteriocin processing  34.25 
 
 		 244 aa  84.7  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000193962  decreased coverage  0.00447347 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0929  bacteriocin-processing peptidase  35.07 
 
 		 1040 aa  75.5  0.0000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.247839  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0475  bacteriocin-processing peptidase  34.75 
 
 		 1018 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.977404  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4002  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporter  34.75 
 
 		 1018 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3834  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporter  34.33 
 
 		 1018 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.823997 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4701  ABC transporter related protein  34.82 
 
 		 728 aa  65.9  0.0000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0115772  normal  0.281049 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3038  peptidase C39 bacteriocin processing  31.08 
 
 		 209 aa  65.1  0.0000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.227483  normal  0.191518 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6118  ABC transporter related  29.33 
 
 		 731 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2431  bacteriocin ABC transporter, ATP-binding/permease protein, putative  29.22 
 
 		 759 aa  60.8  0.00000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00637775  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0406  ABC transporter related  25.9 
 
 		 725 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.330383  n/a   
 
 
-
 
NC_009796  CCC13826_1371  peptidase family protein  29.41 
 
 		 197 aa  59.7  0.00000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0939  ABC transporter related  29.63 
 
 		 721 aa  57  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000202507  normal  0.210316 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0112  ABC transporter related  28.15 
 
 		 727 aa  57.4  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0092  ABC transporter related  24.63 
 
 		 727 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353929  normal  0.0328949 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2265  ABC-type bacteriocin transporter  33.1 
 
 		 727 aa  56.2  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0075  ABC transporter-like protein protein  26.85 
 
 		 722 aa  55.8  0.0000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.254201  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1082  bacteriocin ABC transporter, ATP-binding/permease protein, putative  31.11 
 
 		 738 aa  54.7  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.706831  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0904  ABC transporter related  25.58 
 
 		 1717 aa  54.7  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.971104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0622  bacteriocin-processing peptidase  27.34 
 
 		 722 aa  53.9  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.44571  normal  0.575885 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2230  hypothetical protein  26.12 
 
 		 715 aa  53.9  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3040  ABC transporter related  25.48 
 
 		 734 aa  53.5  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.638019 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4383  bacteriocin-processing peptidase  25.76 
 
 		 1011 aa  53.1  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.443877  normal  0.0633498 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0534  bacteriocin-processing peptidase  29.11 
 
 		 727 aa  53.1  0.000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0782715  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4795  ABC transporter related  29.63 
 
 		 741 aa  52  0.000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.112132  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0728  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporters  25.98 
 
 		 1013 aa  52  0.000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.637206  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1129  ABC transporter, transmembrane region  27.7 
 
 		 748 aa  51.6  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00231099  normal  0.125208 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2398  bacteriocin-processing peptidase  27.82 
 
 		 716 aa  51.6  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0391365  hitchhiker  0.0000309205 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0474  ABC transporter related  24.46 
 
 		 695 aa  51.2  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2857  cyclic nucleotide-binding protein  28.68 
 
 		 1038 aa  51.6  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.590453  hitchhiker  0.00593059 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0425  bacteriocin ABC transporter, ATP-binding/permease, putative  30.22 
 
 		 721 aa  50.8  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1296  ABC transporter related  31.46 
 
 		 730 aa  50.8  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2167  ABC transporter related  26.14 
 
 		 696 aa  50.4  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0837291  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1869  ABC transporter related  24.82 
 
 		 726 aa  50.8  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3347  ABC-type bacteriocin transporter  30 
 
 		 721 aa  50.8  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0880292 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1271  ABC transporter related  29.37 
 
 		 737 aa  50.4  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3264  cyclic nucleotide-binding protein  28.68 
 
 		 1038 aa  50.8  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0055  peptidase family protein  27.66 
 
 		 198 aa  50.1  0.00003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0339  ABC transporter-like protein  28.79 
 
 		 695 aa  50.1  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3454  ABC transporter related  26.32 
 
 		 706 aa  49.7  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0167  ABC-type bacteriocin transporter family protein  29.37 
 
 		 739 aa  49.7  0.00004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1000  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  28.24 
 
 		 707 aa  49.3  0.00005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0293  peptidase  28.24 
 
 		 707 aa  49.3  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2503  ATPase  25.56 
 
 		 715 aa  49.3  0.00005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.479102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1133  bacteriocin-processing peptidase  26.62 
 
 		 714 aa  49.3  0.00005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.156219  normal  0.573302 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1138  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  28.46 
 
 		 707 aa  49.3  0.00005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.121272  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4179  ABC transporter related  28.47 
 
 		 706 aa  49.3  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.631711  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2150  peptidase C39, bacteriocin processing  28.15 
 
 		 186 aa  49.3  0.00005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  normal  0.0669823 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0274  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  28.24 
 
 		 707 aa  49.3  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0259681  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1818  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  28.24 
 
 		 707 aa  49.3  0.00005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.263264  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1734  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  28.24 
 
 		 707 aa  49.3  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.304793  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1322  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  28.24 
 
 		 707 aa  49.3  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0655788  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4187  ABC transporter related  28.47 
 
 		 706 aa  48.9  0.00006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.238139 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3424  cyclic nucleotide-binding protein  27.91 
 
 		 906 aa  48.9  0.00006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3330  ABC transporter related  28.47 
 
 		 706 aa  48.9  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.480846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2680  cyclic nucleotide-binding protein  27.91 
 
 		 906 aa  48.9  0.00006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0558  ABC transporter related  26.51 
 
 		 725 aa  48.9  0.00007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.463125 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0225  bacteriocin-processing peptidase  27.13 
 
 		 908 aa  48.5  0.00008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3122  ABC transporter related  26.23 
 
 		 721 aa  48.5  0.00008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.742255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1838  antibiotic ABC transporter permease  27.78 
 
 		 706 aa  47.8  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.804625  normal  0.506284 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0068  peptidase family protein  25.52 
 
 		 199 aa  48.1  0.0001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2946  ABC transporter related  27.21 
 
 		 732 aa  47.4  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.912238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0873  ATPase  26.92 
 
 		 724 aa  47.4  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.536702 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1761  ABC transporter related  26.03 
 
 		 1675 aa  47  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.743128 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2331  ABC transporter-related protein  26.92 
 
 		 724 aa  47.4  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0327  ABC-type bacteriocin transporter  28.57 
 
 		 734 aa  46.6  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>