More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1946 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  100 
 
 
262 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.82 
 
 
253 aa  249  4e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.43 
 
 
256 aa  243  1.9999999999999999e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.41 
 
 
257 aa  238  5e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.98 
 
 
258 aa  236  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  46.59 
 
 
255 aa  232  6e-60  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.01 
 
 
256 aa  231  1e-59  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.76 
 
 
252 aa  229  3e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  47.97 
 
 
253 aa  223  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.08 
 
 
251 aa  221  7e-57  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  47.56 
 
 
256 aa  221  9e-57  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  46.53 
 
 
253 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  47.39 
 
 
253 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  46.99 
 
 
253 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  46.94 
 
 
253 aa  217  1e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  47.35 
 
 
253 aa  217  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.27 
 
 
248 aa  217  2e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.63 
 
 
265 aa  217  2e-55  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.15 
 
 
251 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
252 aa  214  9e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  47.35 
 
 
253 aa  214  9e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  45.97 
 
 
249 aa  214  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.4 
 
 
253 aa  213  1.9999999999999998e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  0.414505 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 
250 aa  211  1e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.71 
 
 
253 aa  210  2e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.8 
 
 
282 aa  210  2e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.27 
 
 
252 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.82 
 
 
253 aa  206  3e-52  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  46.28 
 
 
246 aa  205  5e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  46.28 
 
 
246 aa  204  1e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.93 
 
 
252 aa  203  2e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.61 
 
 
255 aa  202  4e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.233538  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.26 
 
 
250 aa  202  7e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.36 
 
 
255 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.61 
 
 
255 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00276657  normal  0.102342 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.86 
 
 
252 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.87 
 
 
246 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.67 
 
 
255 aa  199  5e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.86 
 
 
250 aa  196  2.0000000000000003e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
255 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
272 aa  196  3e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.82 
 
 
257 aa  195  7e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3452  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 
250 aa  193  2e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.759326 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.97 
 
 
250 aa  194  2e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.991261  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.08 
 
 
251 aa  192  4e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.439576 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.61 
 
 
263 aa  192  6e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000760103 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43180  short chain dehydrogenase  46.94 
 
 
253 aa  192  6e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.350844 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
260 aa  191  1e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000302146 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.77 
 
 
251 aa  190  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  44.35 
 
 
256 aa  189  2.9999999999999997e-47  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.000927245  normal  0.0200652 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.87 
 
 
258 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.87 
 
 
258 aa  189  5e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 
255 aa  188  5.999999999999999e-47  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.259784  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
251 aa  188  9e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  44.63 
 
 
251 aa  187  1e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
264 aa  187  1e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.2 
 
 
253 aa  187  1e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.024976  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 
258 aa  186  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
258 aa  186  2e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  43.72 
 
 
255 aa  186  2e-46  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 
258 aa  186  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.04 
 
 
246 aa  186  3e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.08 
 
 
251 aa  186  4e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1081  oxidoreductase, putative short-chain alcohol dehydrogenase  45.97 
 
 
253 aa  185  8e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.16 
 
 
250 aa  184  1.0000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
252 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3817  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.68 
 
 
252 aa  183  2.0000000000000003e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.191751  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.18 
 
 
254 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2283  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  44.18 
 
 
251 aa  182  3e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.890359 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.27 
 
 
244 aa  182  6e-45  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.31 
 
 
258 aa  181  7e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
251 aa  181  1e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.76 
 
 
277 aa  181  1e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0429275  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
254 aa  181  1e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
251 aa  181  1e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.96 
 
 
246 aa  180  2e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.25 
 
 
252 aa  180  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.166139  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
262 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00696289  normal  0.955731 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
265 aa  180  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.25 
 
 
253 aa  179  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.895675 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1464  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
262 aa  179  4e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.305305  normal  0.474897 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
246 aa  179  4e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.98 
 
 
245 aa  179  4.999999999999999e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3726  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 
252 aa  177  1e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
258 aa  177  1e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.55 
 
 
330 aa  177  2e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01006  short-chain alcohol dehydrogenase-like protein  40.32 
 
 
255 aa  177  2e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  39.44 
 
 
259 aa  177  2e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
253 aa  176  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.42 
 
 
249 aa  176  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.790867  normal  0.270985 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.37 
 
 
249 aa  175  6e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.66 
 
 
246 aa  175  6e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.28 
 
 
248 aa  175  7e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.849975  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
252 aa  175  7e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.57 
 
 
247 aa  175  7e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 
257 aa  174  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
256 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.39 
 
 
252 aa  174  1.9999999999999998e-42  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2377  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.8 
 
 
249 aa  173  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.496864  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.63 
 
 
254 aa  172  3.9999999999999995e-42  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>