60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3859 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3859  Pectate lyase/Amb allergen  100 
 
 		 374 aa  770    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4036  Pectate lyase/Amb allergen  97.33 
 
 		 374 aa  713    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4035  Pectate lyase/Amb allergen  88.24 
 
 		 374 aa  675    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.634971  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3858  Pectate lyase/Amb allergen  90.64 
 
 		 374 aa  683    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4037  Pectate lyase/Amb allergen  83.65 
 
 		 374 aa  630  1e-180  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3860  Pectate lyase/Amb allergen  82.57 
 
 		 374 aa  625  1e-178  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0270  Pectate lyase/Amb allergen  73.87 
 
 		 375 aa  578  1e-164  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0353  Pectate lyase/Amb allergen  72.8 
 
 		 376 aa  570  1e-161  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0271  Pectate lyase/Amb allergen  72.8 
 
 		 375 aa  563  1.0000000000000001e-159  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.919871  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0352  Pectate lyase/Amb allergen  73.53 
 
 		 375 aa  534  1e-150  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0943  ribosomal protein S5  36.22 
 
 		 1316 aa  141  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000215001 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0942  ribosomal protein L18  34.82 
 
 		 769 aa  139  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000113865  hitchhiker  0.00163221 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3448  Pectate lyase-like  32.97 
 
 		 594 aa  130  4.0000000000000003e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.372442  hitchhiker  0.00149155 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2179  Pectate lyase/Amb allergen  30.99 
 
 		 922 aa  119  6e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0431  Pectate lyase/Amb allergen  37.15 
 
 		 527 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.471187  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2941  Pectate lyase/Amb allergen  33.33 
 
 		 501 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.12002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2243  Pectate lyase/Amb allergen  29.12 
 
 		 462 aa  107  3e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0247929  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3958  Pectate lyase/Amb allergen  28.9 
 
 		 365 aa  105  9e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2168  pectate lyase  30.25 
 
 		 512 aa  105  1e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.108445  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0430  Pectate lyase/Amb allergen  32 
 
 		 335 aa  100  4e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202776  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1848  Pectate lyase/Amb allergen  31.84 
 
 		 317 aa  90.5  4e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.233654  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00741  Pectate lyase Precursor (EC 4.2.2.2) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00645]  36 
 
 		 326 aa  88.6  1e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2436  Pectate lyase/Amb allergen  31.23 
 
 		 327 aa  87.8  3e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00169439  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1612  Pectate lyase/Amb allergen  31.13 
 
 		 1409 aa  87  5e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1089  Pectate lyase/Amb allergen  30.52 
 
 		 385 aa  83.2  0.000000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6915  Pectate lyase-like protein  30.22 
 
 		 482 aa  81.3  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07646  Pectate lyasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5AVN4]  32.82 
 
 		 327 aa  79.7  0.00000000000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.91565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1231  Pectate lyase/Amb allergen  27.25 
 
 		 919 aa  79.3  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.218309  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0511  Pectate lyase/Amb allergen  32.28 
 
 		 365 aa  76.3  0.0000000000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000797817  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2763  Pectate lyase/Amb allergen  26.82 
 
 		 397 aa  74.3  0.000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.329046  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6139  Pectate lyase  30.97 
 
 		 380 aa  70.1  0.00000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5013  Pectate lyase/Amb allergen  30.05 
 
 		 427 aa  68.6  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0496  Pectinesterase  26.98 
 
 		 686 aa  67.4  0.0000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00164542 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1493  pectate lyase  27.78 
 
 		 435 aa  65.5  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1090  Pectate lyase/Amb allergen  29.82 
 
 		 405 aa  65.1  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1087  pectate lyase/Amb allergen  30.99 
 
 		 436 aa  65.1  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0821757  hitchhiker  0.00617992 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2764  Pectate lyase/Amb allergen  37.39 
 
 		 402 aa  63.5  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.429805  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3881  Pectate lyase-like  25.97 
 
 		 747 aa  63.5  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000000360789  normal  0.117799 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1091  Pectate lyase/Amb allergen  26.9 
 
 		 392 aa  62.4  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0153  pectate lyase/Amb allergen  31.79 
 
 		 449 aa  61.6  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2950  Pectate lyase/Amb allergen  31.66 
 
 		 554 aa  62  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.821566  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0435  Pectate lyase/Amb allergen  29.41 
 
 		 375 aa  61.2  0.00000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.017738  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1843  Pectate lyase/Amb allergen  37.29 
 
 		 730 aa  61.2  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.5236  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4964  Pectinesterase  28.96 
 
 		 794 aa  59.7  0.00000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.467463  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4199  Ricin B lectin  27.5 
 
 		 474 aa  59.7  0.00000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.876848  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3821  Pectate lyase/Amb allergen  35.9 
 
 		 456 aa  55.8  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0132  Pectate lyase/Amb allergen  33.83 
 
 		 505 aa  55.1  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2863  Pectate lyase/Amb allergen  26.83 
 
 		 522 aa  52.8  0.000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.707547  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3461  cellulose-binding family II protein  30.65 
 
 		 486 aa  52  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.560967  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02650  pectate lyase  26.74 
 
 		 346 aa  50.4  0.00005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.256465  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02569  Pectin lyasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5BA61]  28.28 
 
 		 379 aa  47.8  0.0003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_09439  pectin lyase (Eurofung)  28.31 
 
 		 377 aa  47.8  0.0003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0495  Pectate lyase/Amb allergen  27.52 
 
 		 427 aa  48.1  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.016328 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3434  Pectate lyase/Amb allergen  25.31 
 
 		 504 aa  46.6  0.0006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.405383 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1178  Pectate lyase/Amb allergen  26.16 
 
 		 498 aa  46.6  0.0008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000219225 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04882  pectin lyase (Eurofung)  27.38 
 
 		 464 aa  46.2  0.0008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.485233 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0281  hypothetical protein  31.58 
 
 		 143 aa  45.8  0.001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.342666  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1162  pectate lyase  28.43 
 
 		 991 aa  45.1  0.002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.211021 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4283  pectin lyase  25.09 
 
 		 414 aa  44.3  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3985  Pectate lyase/Amb allergen  26.64 
 
 		 421 aa  43.5  0.006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.971043  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>