33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4283 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4283  pectin lyase  100 
 
 		 414 aa  856    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3985  Pectate lyase/Amb allergen  86.89 
 
 		 421 aa  748    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.971043  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_09439  pectin lyase (Eurofung)  42.82 
 
 		 377 aa  250  3e-65  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02569  Pectin lyasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5BA61]  40.36 
 
 		 379 aa  234  2.0000000000000002e-60  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04882  pectin lyase (Eurofung)  39.53 
 
 		 464 aa  221  1.9999999999999999e-56  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.485233 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02331  Pectin lyase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q1HFU6]  40.27 
 
 		 392 aa  218  2e-55  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.37768  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10147  conserved hypothetical protein  34.64 
 
 		 387 aa  196  6e-49  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.705837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1848  Pectate lyase/Amb allergen  32.66 
 
 		 317 aa  73.6  0.000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.233654  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0537  Pectate lyase/Amb allergen  31.28 
 
 		 351 aa  66.6  0.0000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0430  Pectate lyase/Amb allergen  28.96 
 
 		 335 aa  63.9  0.000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202776  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4964  Pectinesterase  27.36 
 
 		 794 aa  62.4  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.467463  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0431  Pectate lyase/Amb allergen  27.62 
 
 		 527 aa  62  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.471187  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4199  Ricin B lectin  27.23 
 
 		 474 aa  61.6  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.876848  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0435  Pectate lyase/Amb allergen  27.93 
 
 		 375 aa  59.3  0.0000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.017738  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5013  Pectate lyase/Amb allergen  28.99 
 
 		 427 aa  57.4  0.0000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6915  Pectate lyase-like protein  30.52 
 
 		 482 aa  55.8  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0496  Pectinesterase  26.42 
 
 		 686 aa  52.4  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00164542 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2436  Pectate lyase/Amb allergen  28.28 
 
 		 327 aa  51.6  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00169439  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00741  Pectate lyase Precursor (EC 4.2.2.2) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00645]  22.5 
 
 		 326 aa  50.4  0.00006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1493  pectate lyase  34.92 
 
 		 435 aa  50.1  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0153  pectate lyase/Amb allergen  25.46 
 
 		 449 aa  49.7  0.00009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07646  Pectate lyasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5AVN4]  24.89 
 
 		 327 aa  49.7  0.0001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.91565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3448  Pectate lyase-like  25.85 
 
 		 594 aa  49.3  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.372442  hitchhiker  0.00149155 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0271  Pectate lyase/Amb allergen  24.91 
 
 		 375 aa  48.5  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.919871  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1089  Pectate lyase/Amb allergen  28.26 
 
 		 385 aa  47.4  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1843  Pectate lyase/Amb allergen  41.98 
 
 		 730 aa  47.4  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.5236  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2764  Pectate lyase/Amb allergen  27.78 
 
 		 402 aa  47  0.0007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.429805  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3958  Pectate lyase/Amb allergen  36.49 
 
 		 365 aa  43.9  0.005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3859  Pectate lyase/Amb allergen  25.09 
 
 		 374 aa  44.3  0.005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1091  Pectate lyase/Amb allergen  28.34 
 
 		 392 aa  43.9  0.006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4036  Pectate lyase/Amb allergen  25.09 
 
 		 374 aa  43.1  0.01  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1090  Pectate lyase/Amb allergen  26.67 
 
 		 405 aa  43.1  0.01  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0270  Pectate lyase/Amb allergen  23.6 
 
 		 375 aa  42.7  0.01  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>