More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3486 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02686  diaminopimelate decarboxylase, PLP-binding  77.37 
 
 		 420 aa  669    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0852  diaminopimelate decarboxylase  77.37 
 
 		 420 aa  669    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3229  diaminopimelate decarboxylase  78.24 
 
 		 420 aa  657    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000136805 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3158  diaminopimelate decarboxylase  77.62 
 
 		 420 aa  669    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.856232  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2986  diaminopimelate decarboxylase  77.62 
 
 		 420 aa  668    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0454398 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0733  diaminopimelate decarboxylase  85.41 
 
 		 420 aa  751    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3625  diaminopimelate decarboxylase  97.56 
 
 		 420 aa  829    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3024  diaminopimelate decarboxylase  77.13 
 
 		 420 aa  665    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0877  diaminopimelate decarboxylase  77.37 
 
 		 420 aa  669    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3284  diaminopimelate decarboxylase  78.47 
 
 		 420 aa  679    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3181  diaminopimelate decarboxylase  78.24 
 
 		 420 aa  656    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1024  diaminopimelate decarboxylase  79.9 
 
 		 420 aa  697    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3248  diaminopimelate decarboxylase  79.9 
 
 		 420 aa  698    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000168986 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02647  hypothetical protein  77.37 
 
 		 420 aa  669    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0753  diaminopimelate decarboxylase  86.43 
 
 		 420 aa  756    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0244926  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2985  diaminopimelate decarboxylase  77.37 
 
 		 420 aa  669    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3345  diaminopimelate decarboxylase  78.48 
 
 		 420 aa  659    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0295344 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4107  diaminopimelate decarboxylase  77.13 
 
 		 420 aa  665    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.475873  hitchhiker  0.000027959 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3163  diaminopimelate decarboxylase  78.48 
 
 		 420 aa  658    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0973  diaminopimelate decarboxylase  79.9 
 
 		 420 aa  698    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3244  diaminopimelate decarboxylase  78.48 
 
 		 420 aa  658    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000310406 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3486  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 420 aa  863    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.54113  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3836  diaminopimelate decarboxylase  81.19 
 
 		 420 aa  714    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5726  diaminopimelate decarboxylase  67.56 
 
 		 416 aa  552  1e-156  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0837  diaminopimelate decarboxylase  64.88 
 
 		 412 aa  544  1e-154  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.104013 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3725  diaminopimelate decarboxylase  65.61 
 
 		 412 aa  544  1e-154  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0209  diaminopimelate decarboxylase  64.79 
 
 		 412 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0158356  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1645  diaminopimelate decarboxylase  66.26 
 
 		 416 aa  541  9.999999999999999e-153  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.902771 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3483  diaminopimelate decarboxylase  64.88 
 
 		 412 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5403  diaminopimelate decarboxylase  64.88 
 
 		 412 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4246  diaminopimelate decarboxylase  65.12 
 
 		 412 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0343876 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4883  diaminopimelate decarboxylase  64.88 
 
 		 412 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7089  diaminopimelate decarboxylase  64.22 
 
 		 413 aa  537  1e-151  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4766  diaminopimelate decarboxylase  66.25 
 
 		 414 aa  532  1e-150  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.646953  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4771  diaminopimelate decarboxylase  64.49 
 
 		 417 aa  530  1e-149  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1818  diaminopimelate decarboxylase  65.12 
 
 		 431 aa  523  1e-147  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0661432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3663  diaminopimelate decarboxylase  62.78 
 
 		 410 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.555835  normal  0.514134 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2077  diaminopimelate decarboxylase  62.53 
 
 		 410 aa  504  1e-141  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0728152 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1588  diaminopimelate decarboxylase  62.03 
 
 		 410 aa  499  1e-140  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.220702 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2002  diaminopimelate decarboxylase  57.04 
 
 		 415 aa  487  1e-136  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2664  diaminopimelate decarboxylase  35.87 
 
 		 434 aa  231  2e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.287942  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0227  diaminopimelate decarboxylase  33.96 
 
 		 424 aa  229  5e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.690316  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2967  diaminopimelate decarboxylase  35.15 
 
 		 409 aa  223  4e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1595  diaminopimelate decarboxylase  35.37 
 
 		 425 aa  219  6e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000335873  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2136  diaminopimelate decarboxylase  31.63 
 
 		 398 aa  219  7e-56  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.509779  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08531  diaminopimelate decarboxylase  31.57 
 
 		 406 aa  216  5.9999999999999996e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0670  diaminopimelate decarboxylase  34.17 
 
 		 453 aa  216  5.9999999999999996e-55  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00590114 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2534  diaminopimelate decarboxylase  30.99 
 
 		 416 aa  215  9.999999999999999e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73799  n/a   
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_28310  Diaminopimelate decarboxylase  35.39 
 
 		 471 aa  215  1.9999999999999998e-54  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0114023  hitchhiker  0.00277036 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1010  diaminopimelate decarboxylase  34.62 
 
 		 421 aa  213  5.999999999999999e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.905477 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1409  diaminopimelate decarboxylase  34.14 
 
 		 406 aa  212  7.999999999999999e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2159  diaminopimelate decarboxylase  32.12 
 
 		 407 aa  209  9e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  34.99 
 
 		 429 aa  202  9.999999999999999e-51  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0681  diaminopimelate decarboxylase  32.23 
 
 		 421 aa  202  9.999999999999999e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.238588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  33.25 
 
 		 401 aa  198  2.0000000000000003e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  33.1 
 
 		 420 aa  197  2.0000000000000003e-49  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_21592  diaminopimelate decarboxylase  35.56 
 
 		 481 aa  196  5.000000000000001e-49  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3289  diaminopimelate decarboxylase  30.36 
 
 		 410 aa  196  6e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.721852 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2740  diaminopimelate decarboxylase  31.63 
 
 		 411 aa  195  1e-48  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  33.81 
 
 		 447 aa  195  2e-48  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  31.91 
 
 		 412 aa  194  3e-48  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  31.03 
 
 		 399 aa  193  5e-48  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0744  diaminopimelate decarboxylase  35.94 
 
 		 438 aa  192  7e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  32.22 
 
 		 407 aa  190  4e-47  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  33.81 
 
 		 430 aa  188  2e-46  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0791  diaminopimelate decarboxylase  32.02 
 
 		 466 aa  187  4e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  34.99 
 
 		 416 aa  187  4e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0318  diaminopimelate decarboxylase  33.66 
 
 		 394 aa  186  6e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.833211 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  32.37 
 
 		 402 aa  185  2.0000000000000003e-45  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  35.5 
 
 		 412 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0425  diaminopimelate decarboxylase  32.05 
 
 		 393 aa  183  5.0000000000000004e-45  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  32.37 
 
 		 402 aa  183  6e-45  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  32.13 
 
 		 402 aa  182  1e-44  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1774  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  31.38 
 
 		 859 aa  182  1e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  33.9 
 
 		 419 aa  181  2e-44  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  33.41 
 
 		 430 aa  180  2.9999999999999997e-44  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  33.89 
 
 		 421 aa  180  4e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0314  diaminopimelate decarboxylase  33.88 
 
 		 417 aa  179  8e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2384  diaminopimelate decarboxylase  33.89 
 
 		 421 aa  179  8e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.193755  normal  0.99015 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3059  diaminopimelate decarboxylase  34.38 
 
 		 431 aa  179  8e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.038181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3213  diaminopimelate decarboxylase  32.39 
 
 		 432 aa  179  9e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.399743 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3495  diaminopimelate decarboxylase  32.62 
 
 		 421 aa  179  9e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.844313 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1775  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  31.2 
 
 		 859 aa  179  1e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0396  diaminopimelate decarboxylase  35.04 
 
 		 425 aa  178  2e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0943424  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1656  aspartate kinase  33.51 
 
 		 878 aa  177  2e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  34.04 
 
 		 415 aa  177  3e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2472  diaminopimelate decarboxylase  29.67 
 
 		 412 aa  176  5e-43  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.255967  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02010  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  33.24 
 
 		 850 aa  176  5e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3166  diaminopimelate decarboxylase  30.73 
 
 		 413 aa  176  6e-43  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.603838 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2448  diaminopimelate decarboxylase  33.57 
 
 		 421 aa  176  6e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.147668  normal  0.347917 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2020  diaminopimelate decarboxylase  33.49 
 
 		 421 aa  176  6e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0398534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0609  diaminopimelate decarboxylase  32.57 
 
 		 437 aa  176  8e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.357283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0693  diaminopimelate decarboxylase  32.87 
 
 		 417 aa  176  8e-43  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0357164  unclonable  3.07983e-19 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1199  diaminopimelate decarboxylase  34.04 
 
 		 418 aa  175  9.999999999999999e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0292186  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  32.39 
 
 		 433 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  32.94 
 
 		 434 aa  174  2.9999999999999996e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5498  diaminopimelate decarboxylase  32.7 
 
 		 415 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1983  diaminopimelate decarboxylase  34.55 
 
 		 421 aa  173  5e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0523  diaminopimelate decarboxylase  31.18 
 
 		 402 aa  173  5e-42  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1908  diaminopimelate decarboxylase  34.55 
 
 		 421 aa  173  5e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>